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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0863 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of HEV VLP | |||||||||
![]() | The cryo-EM structure of HEV VLP | |||||||||
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![]() | HEV / virus like particle / T=1 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / RNA binding ...T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / RNA binding / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Zheng Q / He M / Li S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Viral neutralization by antibody-imposed physical disruption. 著者: Qingbing Zheng / Jie Jiang / Maozhou He / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tingting Li / Wenhui Xue / Zimin Tang / Dong Ying / Zekai Li / Shuo Song / Xinlin Liu / Kaihang Wang / Zhiqing Zhang / ...著者: Qingbing Zheng / Jie Jiang / Maozhou He / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tingting Li / Wenhui Xue / Zimin Tang / Dong Ying / Zekai Li / Shuo Song / Xinlin Liu / Kaihang Wang / Zhiqing Zhang / Daning Wang / Yingbin Wang / Xiaodong Yan / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia / ![]() ![]() 要旨: In adaptive immunity, organisms produce neutralizing antibodies (nAbs) to eliminate invading pathogens. Here, we explored whether viral neutralization could be attained through the physical ...In adaptive immunity, organisms produce neutralizing antibodies (nAbs) to eliminate invading pathogens. Here, we explored whether viral neutralization could be attained through the physical disruption of a virus upon nAb binding. We report the neutralization mechanism of a potent nAb 8C11 against the hepatitis E virus (HEV), a nonenveloped positive-sense single-stranded RNA virus associated with abundant acute hepatitis. The 8C11 binding flanks the protrusion spike of the HEV viruslike particles (VLPs) and leads to tremendous physical collision between the antibody and the capsid, dissociating the VLPs into homodimer species within 2 h. Cryo-electron microscopy reconstruction of the dissociation intermediates at an earlier (15-min) stage revealed smeared protrusion spikes and a loss of icosahedral symmetry with the capsid core remaining unchanged. This structural disruption leads to the presence of only a few native HEV virions in the ultracentrifugation pellet and exposes the viral genome. Conceptually, we propose a strategy to raise collision-inducing nAbs against single spike moieties that feature in the context of the entire pathogen at positions where the neighboring space cannot afford to accommodate an antibody. This rationale may facilitate unique vaccine development and antimicrobial antibody design. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 227.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 113.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryo-EM structure of HEV VLP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.128 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Hepatitis E virus
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Hepatitis E virus
超分子 | 名称: Hepatitis E virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12461 / 生物種: Hepatitis E virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Protein ORF2
分子 | 名称: Protein ORF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 51.303062 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GAILRRQYNL STSPLTSSVA TGTNLVLYAA PLSSLLPLQD GTNTHIMATE ASNYAQYRVA RATIRYRPLV PSAVGGYAIS ISFWPQTTT TPTSVDMNSI TSTDVRILVQ PGIASELVIP SERLHYRNQG WRSVETSGVA EEEATSGLVM LCIHGSPVNS Y TNTPYTGA ...文字列: GAILRRQYNL STSPLTSSVA TGTNLVLYAA PLSSLLPLQD GTNTHIMATE ASNYAQYRVA RATIRYRPLV PSAVGGYAIS ISFWPQTTT TPTSVDMNSI TSTDVRILVQ PGIASELVIP SERLHYRNQG WRSVETSGVA EEEATSGLVM LCIHGSPVNS Y TNTPYTGA LGLLDFALEL EFRNLTPGNT NTRVSRYSST ARHRLRRGAD GTAELTTTAA TRFMKDLYFT STNGVGEIGR GI ALTLFNL ADTLLGGLPT ELISSAGGQL FYSRPVVSAN GEPTVKLYTS VENAQQDKGI AIPHDIDLGE SRVVIQDYDN QHE QDRPTP SPAPSRPFSV LRANDVLWLS LTAAEYDQST YGSSTGPVYV SDSVTLVNVA TGAQAVSRSL DWTKVTLDGR PLST IQQYS KTFFVLPLRG KLSFWEAGTT KAGYPYNYNT TASDQILVEN AAGHRVAIST YTTSLGAGPV SISAVAVLAP HS UniProtKB: Pro-secreted protein ORF2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13759 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |