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万見

- PDB-8khu: Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with THPP ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8khu

タイトル

Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with THPP derivatives 48

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / HBV capsid assembly mudulator / ANTIVIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis B virus adw/991 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhou, Z. / Xu, Z.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of 4,5,6,7-Tetrahydropyrazolo[1.5-a]pyrizine Derivatives as Core Protein Allosteric Modulators (CpAMs) for the Inhibition of Hepatitis B Virus.
著者: Kou, B. / Zhang, Z. / Han, X. / Zhou, Z. / Xu, Z. / Zhou, X. / Shen, F. / Zhou, Y. / Tian, X. / Yang, G. / Young, J.A.T. / Qiu, H. / Ottaviani, G. / Mayweg, A. / Zhu, W. / Shen, H.C. / Liu, H. / Hu, T.

履歴

登録	2023年8月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8khu.cif.gz	457.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8khu.ent.gz	313.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8khu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/8khu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/8khu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

F: Capsid protein

G: Capsid protein

ヘテロ分子

125 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.207, 65.983, 86.412
Angle α, β, γ (deg.)	68.620, 68.420, 83.330
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1

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要素

#1: タンパク質	Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 分子量: 17486.916 Da / 分子数: 7 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis B virus adw/991 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P03147
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-VX0 / (6~{S},7~{R})-6,7-dimethyl-3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-~{N}-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[1,5-a]pyrazine-5-carboxamide 分子量: 407.390 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀F₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM citrate, 21%(vol/vol) isopropanol, 1%(W/V) PEG 10000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 81798 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.09 Å² / CC_1/2: 0.5 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	3.4	0.689	4005	0.748	0.925	0.427	0.814	0.484	94.4
2.03-2.07	3.4	0.61	3998	0.746	0.924	0.379	0.722	0.513	94.8
2.07-2.11	3.5	0.523	4015	0.841	0.956	0.325	0.619	0.539	95.1
2.11-2.15	3.3	0.427	4037	0.872	0.965	0.275	0.51	0.587	95.6
2.15-2.2	3.4	0.408	4105	0.879	0.967	0.258	0.486	0.578	95.6
2.2-2.25	3.6	0.35	4024	0.915	0.978	0.212	0.411	0.634	95.7
2.25-2.31	3.8	0.278	4035	0.958	0.989	0.161	0.322	0.701	95.8
2.31-2.37	3.8	0.247	4112	0.966	0.991	0.143	0.286	0.744	96.4
2.37-2.44	3.8	0.22	4081	0.966	0.991	0.128	0.255	0.766	95.7
2.44-2.52	3.8	0.201	4112	0.969	0.992	0.119	0.235	0.79	96.8
2.52-2.61	3.7	0.156	4086	0.983	0.996	0.092	0.181	0.908	97.3
2.61-2.71	3.6	0.139	4117	0.981	0.995	0.084	0.163	1.02	97.3
2.71-2.84	3.4	0.113	4145	0.987	0.997	0.072	0.135	1.186	97.5
2.84-2.99	3.7	0.103	4141	0.988	0.997	0.061	0.12	1.342	97.6
2.99-3.17	3.9	0.09	4106	0.99	0.998	0.052	0.104	1.548	97.7
3.17-3.42	3.8	0.077	4170	0.991	0.998	0.044	0.089	1.896	97.7
3.42-3.76	3.7	0.067	4087	0.993	0.998	0.04	0.079	2.172	97.1
3.76-4.31	3.4	0.062	4137	0.991	0.998	0.039	0.074	2.606	97.5
4.31-5.43	3.9	0.06	4136	0.992	0.998	0.035	0.07	2.472	97.2
5.43-50	3.7	0.063	4149	0.995	0.999	0.037	0.073	2.559	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→43.04 Å / SU ML: 0.2137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.3764
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	2016	2.47 %
R_work	0.1792	79561	-
obs	0.18	81577	95.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7005	0	208	301	7514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0189	7491
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4937	10293
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0802	1151
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0147	1298
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2063	2615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3053	113	0.2816	4556	X-RAY DIFFRACTION	76.6
2.05-2.1	0.2768	144	0.2505	5666	X-RAY DIFFRACTION	94.56
2.1-2.17	0.2782	146	0.2381	5657	X-RAY DIFFRACTION	95.05
2.17-2.23	0.2791	147	0.23	5741	X-RAY DIFFRACTION	95.55
2.23-2.31	0.2565	145	0.2016	5680	X-RAY DIFFRACTION	95.48
2.31-2.41	0.2084	141	0.1883	5747	X-RAY DIFFRACTION	96.04
2.41-2.52	0.2654	149	0.1941	5754	X-RAY DIFFRACTION	96.06
2.52-2.65	0.2273	150	0.1888	5821	X-RAY DIFFRACTION	96.77
2.65-2.82	0.2245	144	0.1887	5800	X-RAY DIFFRACTION	97.31
2.82-3.03	0.2606	144	0.1872	5831	X-RAY DIFFRACTION	97.33
3.03-3.34	0.1959	149	0.1768	5823	X-RAY DIFFRACTION	97.65
3.34-3.82	0.2204	146	0.1651	5821	X-RAY DIFFRACTION	97.34
3.82-4.81	0.1663	148	0.1457	5819	X-RAY DIFFRACTION	97.45
4.81-43.04	0.191	150	0.1724	5845	X-RAY DIFFRACTION	97.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.19997580229	-0.432019768681	-2.00095531178	0.23496475556	0.806092333562	4.23991194243	-0.372471263266	-0.34952829261	-0.225738120227	0.416939354097	0.236988266134	-0.213094209828	0.572247063957	0.944213890191	0.104283094578	0.43292232617	0.108904614903	-0.0177123712812	0.519329368403	0.00981397587348	0.318840848356	-32.1260735929	-5.3308922549	23.1357794816
2	2.72359317613	-2.43715063929	1.92189927115	2.33776660924	-1.35702612359	2.65947107252	-0.476915253189	-0.88778721347	-0.943454581219	0.68400497169	0.763435654199	0.289435091603	-0.10461156097	-0.776540041711	-0.199321143145	0.559460969116	0.142146871216	0.0695906559075	0.621850000352	0.159034763271	0.393071241712	-46.1508697906	-1.08761718138	29.5815122263
3	4.46973841574	0.62748410005	-2.91076424466	5.92565851604	-3.11547782137	7.2208662056	0.140284594711	0.243411977192	0.77235151941	0.104541276556	0.379480390291	0.331059667341	-1.00398651864	-0.888490537263	-0.383525043879	0.423666097456	0.0535922576242	0.0272279884806	0.327135649914	-0.0181347149219	0.291788088706	-46.3835749925	9.78524241275	16.2664283721
4	2.62783944436	-0.725900922726	-0.483898300837	2.52349450851	-0.36171087181	2.46927644503	0.0571536858416	0.197825349184	-0.0327393327309	-0.100939856797	0.158595624106	0.231352301548	-0.281783274798	-0.186477749255	-0.233058306064	0.347395668994	0.00290425656789	0.0332476793269	0.345469473417	0.00646880515075	0.339635362259	-43.1422438111	1.30849340917	9.60849344942
5	1.8979686615	-0.221696839673	-0.520071646093	0.153766813877	-0.151865864823	0.437966542032	0.414390664996	-0.797812126376	0.523363542976	0.0342340269933	-0.473180539442	1.78823604319	0.56843873101	-0.601890297095	-0.053989526168	0.661974574943	-0.0884456983525	0.00554409438803	0.891005266689	-0.185261684905	1.54016018875	-58.4757781877	-12.6683772264	14.9652161892
6	1.90955581217	-1.05151592718	0.327897575104	2.22305371276	-0.629044920027	3.72782988432	-0.453782099593	-0.385283117981	-0.144662414048	0.734045342175	0.685805244828	-0.730314493176	-0.198621219249	0.39611097235	-0.181485205638	0.465117796686	0.135354326686	-0.0475929519814	0.40758440458	-0.0505930985297	0.297092731341	-38.5770158842	2.46404042476	28.3548883272
7	1.05471961618	0.130581518299	0.355444827359	0.0136536793756	-0.0198420400454	1.21689977005	0.580138753171	-0.169951858024	1.05155210802	0.432450112836	0.406981021848	0.380094472948	-1.14229327539	-0.5750801278	-0.741483117713	1.00520113409	0.469410964318	0.141098253428	1.01433215282	-0.000729717809336	0.659390077334	-43.2797433441	4.27602797447	43.3578681366
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ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 18 )	A	A	1 - 18	1 - 18
2	2	chain 'A' and (resid 19 through 26 )	A	A	19 - 26	19 - 26
3	3	chain 'A' and (resid 27 through 42 )	A	A	27 - 42	27 - 42
4	4	chain 'A' and (resid 43 through 74 )	A	A	43 - 74	43 - 74
5	5	chain 'A' and (resid 75 through 92 )	A	A	75 - 92	75 - 92
6	6	chain 'A' and (resid 93 through 127 )	A	A	93 - 127	93 - 127
7	7	chain 'A' and (resid 128 through 141 )	A	A	128 - 141	128 - 141
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 26 )	B	B	1 - 26	1 - 26
9	9	chain 'B' and (resid 27 through 42 )	B	B	27 - 42	27 - 42
10	10	chain 'B' and (resid 43 through 75 )	B	B	43 - 75	43 - 75
11	11	chain 'B' and (resid 76 through 92 )	B	B	76 - 92	76 - 92
12	12	chain 'B' and (resid 93 through 110 )	B	B	93 - 110	93 - 110
13	13	chain 'B' and (resid 111 through 127 )	B	B	111 - 127	111 - 127
14	14	chain 'B' and (resid 128 through 142 )	B	B	128 - 142	128 - 142
15	15	chain 'B' and (resid 150 through 155 )	B	B	150 - 155	143 - 148
16	16	chain 'C' and (resid 1 through 6 )	C	C	1 - 6	1 - 6
17	17	chain 'C' and (resid 7 through 12 )	C	C	7 - 12	7 - 12
18	18	chain 'C' and (resid 13 through 18 )	C	C	13 - 18	13 - 18
19	19	chain 'C' and (resid 19 through 26 )	C	C	19 - 26	19 - 26
20	20	chain 'C' and (resid 27 through 42 )	C	C	27 - 42	27 - 42
21	21	chain 'C' and (resid 43 through 49 )	C	C	43 - 49	43 - 49
22	22	chain 'C' and (resid 50 through 75 )	C	C	50 - 75	50 - 75
23	23	chain 'C' and (resid 76 through 92 )	C	C	76 - 92	76 - 92
24	24	chain 'C' and (resid 93 through 110 )	C	C	93 - 110	93 - 110
25	25	chain 'C' and (resid 111 through 127 )	C	C	111 - 127	111 - 127
26	26	chain 'C' and (resid 128 through 141 )	C	C	128 - 141	128 - 141
27	27	chain 'D' and (resid 1 through 49 )	D	D	1 - 49	1 - 49
28	28	chain 'D' and (resid 50 through 75 )	D	D	50 - 75	50 - 75
29	29	chain 'D' and (resid 76 through 93 )	D	D	76 - 93	76 - 93
30	30	chain 'D' and (resid 94 through 137 )	D	D	94 - 137	94 - 137
31	31	chain 'D' and (resid 138 through 155 )	D	D	138 - 155	138 - 155
32	32	chain 'E' and (resid 1 through 12 )	E	E	1 - 12	1 - 12
33	33	chain 'E' and (resid 13 through 18 )	E	E	13 - 18	13 - 18
34	34	chain 'E' and (resid 19 through 49 )	E	E	19 - 49	19 - 49
35	35	chain 'E' and (resid 50 through 75 )	E	E	50 - 75	50 - 75
36	36	chain 'E' and (resid 76 through 92 )	E	E	76 - 92	76 - 92
37	37	chain 'E' and (resid 93 through 110 )	E	E	93 - 110	93 - 110
38	38	chain 'E' and (resid 111 through 127 )	E	E	111 - 127	111 - 127
39	39	chain 'E' and (resid 128 through 142 )	E	E	128 - 142	128 - 142
40	40	chain 'F' and (resid 1 through 18 )	F	F	1 - 18	1 - 18
41	41	chain 'F' and (resid 19 through 26 )	F	F	19 - 26	19 - 26
42	42	chain 'F' and (resid 27 through 42 )	F	F	27 - 42	27 - 42
43	43	chain 'F' and (resid 43 through 75 )	F	F	43 - 75	43 - 75
44	44	chain 'F' and (resid 76 through 92 )	F	F	76 - 92	76 - 92
45	45	chain 'F' and (resid 93 through 110 )	F	F	93 - 110	93 - 110
46	46	chain 'F' and (resid 111 through 127 )	F	F	111 - 127	111 - 127
47	47	chain 'F' and (resid 128 through 147 )	F	F	128 - 147	128 - 142
48	48	chain 'F' and (resid 148 through 155 )	F	F	148 - 155	143 - 150
49	49	chain 'G' and (resid 151 through 155 )	G	U	151 - 155	1 - 5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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