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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7sne | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD | ||||||
Components | Pertussis toxin subunit 1 | ||||||
Keywords | TOXIN / TRANSFERASE / Whooping cough / Pertussis / pertussis toxin / S1 / ADP ribosyltransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsymbiont-mediated activation of host G protein-coupled receptor signal transduction / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Bordetella pertussis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.00010998749 Å | ||||||
Authors | Littler, D.R. / Beddoe, T. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022Title: Crystal structures of pertussis toxin with NAD + and analogs provide structural insights into the mechanism of its cytosolic ADP-ribosylation activity. Authors: Sakari, M. / Tran, M.T. / Rossjohn, J. / Pulliainen, A.T. / Beddoe, T. / Littler, D.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7sne.cif.gz | 513.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7sne.ent.gz | 386.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7sne.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7sne_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7sne_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
| Data in XML | 7sne_validation.xml.gz | 36.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 7sne_validation.cif.gz | 53.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7sne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7sne | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7skiC ![]() 7skkC ![]() 7skySC ![]() 7u6zC ![]() 7smy S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20725.354 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C41S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis (bacteria) / Gene: ptxA, BP3783 / Production host: ![]() References: UniProt: P04977, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases, NAD+ ADP-ribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-9XR / [( #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.42 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 14, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1→34.7 Å / Num. obs: 307206 / % possible obs: 87.6 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 6.67286052023 Å2 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 8.8 |
| Reflection shell | Resolution: 1→1.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 112134 / Rpim(I) all: 0.42 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7SKY Resolution: 1.00010998749→34.6785802103 Å / SU ML: 0.121677591248 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96032326264 / Phase error: 22.460495507 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 13.5177530941 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.00010998749→34.6785802103 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Bordetella pertussis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 1items
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