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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6euu | |||||||||
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タイトル | The Transcriptional Regulator PrfA from Listeria Monocytogenes in complex with a ring-fused 2-pyridone (KSK29) | |||||||||
要素 | Listeriolysin positive regulatory factor A | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Transcription regulator / DNA binding / 2-pyridone / drug design / Listeria monocytogenes | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Begum, A. / Hall, M. / Grundstrom, C. / Kulen, M. / Lindgren, M. / Johansson, J. / Almqvist, F. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018 タイトル: Structure-Based Design of Inhibitors Targeting PrfA, the Master Virulence Regulator of Listeria monocytogenes. 著者: Kulen, M. / Lindgren, M. / Hansen, S. / Cairns, A.G. / Grundstrom, C. / Begum, A. / van der Lingen, I. / Brannstrom, K. / Hall, M. / Sauer, U.H. / Johansson, J. / Sauer-Eriksson, A.E. / Almqvist, F. #1: ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016 タイトル: Attenuating Listeria monocytogenes Virulence by Targeting the Regulatory Protein PrfA. 著者: Good, J.A. / Andersson, C. / Hansen, S. / Wall, J. / Krishnan, K.S. / Begum, A. / Grundstrom, C. / Niemiec, M.S. / Vaitkevicius, K. / Chorell, E. / Wittung-Stafshede, P. / Sauer, U.H. / Sauer- ...著者: Good, J.A. / Andersson, C. / Hansen, S. / Wall, J. / Krishnan, K.S. / Begum, A. / Grundstrom, C. / Niemiec, M.S. / Vaitkevicius, K. / Chorell, E. / Wittung-Stafshede, P. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E. / Almqvist, F. / Johansson, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6euu.cif.gz | 107.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6euu.ent.gz | 82.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6euu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6euu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6euu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27457.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: prfA, AJN46_04535, BWI22_01025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4TVQ0, UniProt: P22262*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IPA / #4: 化合物 | ChemComp-K29 / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PrfA was co-crystallized with complex (5 mol excess) using the hanging-drop vapor-diffusion technique. Crystals grew in 5 days after 2 microL of the protein solution (3.2-3.5 mg per ml PrfA, ...詳細: PrfA was co-crystallized with complex (5 mol excess) using the hanging-drop vapor-diffusion technique. Crystals grew in 5 days after 2 microL of the protein solution (3.2-3.5 mg per ml PrfA, 200 mM NaCl, 20 mM NaP buffer, pH 6.5) was mixed with an equal volume of precipitant solution containing 20-24% PEG-4000, 17% isopropanol, 100 mM Na citrate pH 5.5 and allowed to equilibrate over a 1 ml solution of the precipitant in a Linbro plate (Hampton Research). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.973 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.973 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→45.5 Å / Num. obs: 15110 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1F1R 解像度: 2.6→45.5 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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