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- PDB-5x33: Leukotriene B4 receptor BLT1 in complex with BIIL260 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x33
タイトルLeukotriene B4 receptor BLT1 in complex with BIIL260
要素LTB4 receptor,Lysozyme,LTB4 receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / helix
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene receptor activity / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / defense response to bacterium / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukotriene B4 receptor / Leukotriene B4 type 1 receptor / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Leukotriene B4 receptor / Leukotriene B4 type 1 receptor / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7Y9 / Endolysin / LTB4 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
Enterobacteria phage RB55 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Hori, T. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Na+-mimicking ligands stabilize the inactive state of leukotriene B4receptor BLT1.
著者: Hori, T. / Okuno, T. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Hato, M. / Nakamura, M. / Shimizu, T. / Yokomizo, T. / Miyano, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2017年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LTB4 receptor,Lysozyme,LTB4 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2222
ポリマ－57,7551
非ポリマー4671
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.560, 77.620, 135.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 LTB4 receptor,Lysozyme,LTB4 receptor / Leukotriene B4 receptor


分子量: 57755.121 Da / 分子数: 1 / 変異: H83G,K88G,V212A,C1054T,C1097A,S102A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of UNP residues 15-213 from Q9WTK1, UNP residues 2-161 from A0A097J792, UNP residues 214-348 from Q9WTK1.
由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類), (組換発現) Enterobacteria phage RB55 (ファージ)
遺伝子: Ltb4r, e, RB55_p125 / 発現宿主: Komagataella pastoris CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: Q9WTK1, UniProt: A0A097J792, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-7Y9 / 4-[[3-[[4-[2-(4-hydroxyphenyl)propan-2-yl]phenoxy]methyl]phenyl]methoxy]benzenecarboximidamide / BIIL-260


分子量: 466.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H30N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG 300, Bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→48.5 Å / Num. obs: 8291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 34.6 % / CC1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.7→3.92 Å / 冗長度: 31.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.535 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBS and 4K5Y

4mbs

4k5y


解像度: 3.7→48.539 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2958 414 5.01 %
Rwork0.2484 --
obs0.2508 8262 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→48.539 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3340 0 35 0 3375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8014693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0042015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7002-4.23530.35331340.27452542X-RAY DIFFRACTION100
4.2353-5.3350.26641370.23752594X-RAY DIFFRACTION100
5.335-48.54340.28161430.24042712X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.420.6852-1.06731.4328-0.01611.4670.02950.2746-0.556-0.44650.08360.28060.0671-0.1825-0.02910.0138-0.15050.02140.84970.02771.0676101.9104183.8565283.8529
21.6149-0.1861-0.57690.3542-0.26620.528-0.0057-0.2322-0.39220.1086-0.06090.144-0.12780.44890.0804-0.0142-0.0537-0.0271.09350.05080.9258101.2925183.0013299.1973
30.6544-0.15160.02090.5786-0.42060.63530.0104-0.04770.4890.1199-0.0243-0.1988-0.0985-0.30080.01130.01630.10670.04070.76310.10781.142174.7894178.9009319.7136
42.57850.9608-0.31551.027-0.5250.3012-0.00860.39570.0206-0.1560.3848-0.05350.0685-0.5876-0.25680.2732-0.0334-0.00670.7165-0.05180.88773.0932168.6446312.5627
50.2302-0.5823-0.41631.52310.44534.34930.22720.3327-0.30910.19110.016-0.53140.12460.5083-0.0980.11320.02110.10050.88460.31211.3744112.2995174.5409291.0606
68.23430.37541.95730.01580.09010.46520.0274-0.7150.8858-0.21590.1442-1.02260.18560.5857-0.15780.48180.22840.2371.2104-0.14391.0363114.0156178.7942283.4466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 148 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 149 through 213 or resid 900 through 1021 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1022 through 1136 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1137 through 1203 or resid 214 through 229 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 230 through 287 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 2001 through 2001 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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