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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mji | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of RosB with bound intermediate OHC-RP (8-demethyl-8-formylriboflavin-5'-phosphate) | ||||||
要素 | BRAMP domain protein | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / Flavodoxin-like / roseoflavin / electron transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 8-demethyl-8-aminoriboflavin-5'-phosphate synthase / antibiotic metabolic process / transaminase activity / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces davawensis JCM 4913 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Konjik, V. / Bruenle, S. / Demmer, U. / Vanselow, A. / Sandhoff, R. / Mack, M. / Ermler, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017 タイトル: The Crystal Structure of RosB: Insights into the Reaction Mechanism of the First Member of a Family of Flavodoxin-like Enzymes. 著者: Konjik, V. / Brunle, S. / Demmer, U. / Vanselow, A. / Sandhoff, R. / Ermler, U. / Mack, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mji.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mji.ent.gz | 49.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mji | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28899.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces davawensis JCM 4913 (バクテリア) 遺伝子: BN159_7989 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4REZ6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-7O6 / [( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.3 M sodium formate, 25 % (v/v) Silver Bullet 49, 17 % (v/v) PEG 3350 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 36244 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 2.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.806 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.69
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→46.806 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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