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万見
- PDB-4hej: Discovery of Selective and Potent Inhibitors of Gram-positive Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hej
タイトルDiscovery of Selective and Potent Inhibitors of Gram-positive Bacterial Thymidylate Kinase (TMK): Compund 16
要素Thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TMK / inhibitor / TMP / antibacterial / DNA repair / kinase / dTMP ATP / phosphorylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-14D / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Martinez-Botella, G. / Breen, J. / Duffy, J. / Dumas, J. / Geng, B. / Gowers, I. / Green, O. / Guler, S. / Hentemann, M. / Hernandez-Juan, F. ...Martinez-Botella, G. / Breen, J. / Duffy, J. / Dumas, J. / Geng, B. / Gowers, I. / Green, O. / Guler, S. / Hentemann, M. / Hernandez-Juan, F. / Joseph-McCarthy, D. / Kawatkar, S. / Larsen, N. / Lazari, O. / Loch, J. / Macritchie, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of Selective and Potent Inhibitors of Gram-Positive Bacterial Thymidylate Kinase (TMK).
著者: Martinez-Botella, G. / Breen, J.N. / Duffy, J.E. / Dumas, J. / Geng, B. / Gowers, I.K. / Green, O.M. / Guler, S. / Hentemann, M.F. / Hernandez-Juan, F.A. / Joseph-McCarthy, D. / Kawatkar, S. ...著者: Martinez-Botella, G. / Breen, J.N. / Duffy, J.E. / Dumas, J. / Geng, B. / Gowers, I.K. / Green, O.M. / Guler, S. / Hentemann, M.F. / Hernandez-Juan, F.A. / Joseph-McCarthy, D. / Kawatkar, S. / Larsen, N.A. / Lazari, O. / Loch, J.T. / Macritchie, J.A. / McKenzie, A.R. / Newman, J.V. / Olivier, N.B. / Otterson, L.G. / Owens, A.P. / Read, J. / Sheppard, D.W. / Keating, T.A.
履歴
登録2012年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3693
ポリマ－46,9092
非ポリマー4591
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.348, 90.308, 50.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 23454.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: SA0440, tmk / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon + / 参照: UniProt: P65249, dTMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-14D / 5-methyl-1-[(3S)-1-{3-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]benzyl}piperidin-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 459.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24F3N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: To obtain the inhibitor bound crystal form of TMK-S.aureus crystals were initially grown in the absence of compound using the sitting drop method at 20 C with a reservoir solution of 100 mM ...詳細: To obtain the inhibitor bound crystal form of TMK-S.aureus crystals were initially grown in the absence of compound using the sitting drop method at 20 C with a reservoir solution of 100 mM PCPT (propionate-cacodylate-bistris propane buffer) pH 7-8, 21-24% PEG 3350, 200 mM Mg2Cl using 1:1 protein:reservoir solution with the protein solution at 13 mg/mL. Crystals were harvested and soaked overnight in a solution containing 100 mM PCPT, 35% PEG 3350, 200 mM Mg2Cl and 1-2 mM TK-666 from a 100 mM DMSO stock. After soaking the crystals were cryoprotected by soaking for 15 minutes in compound-soak solution supplemented with 20% ethylene glycol. Cryoprotected crystals were mounted on nylon loops and flash-cooled in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月29日 / 詳細: microfocus rotating anode with 70 uM focal spot
放射モノクロメーター: Varimax confocal X-ray optical assembly
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25.68 Å / Num. all: 26805 / Num. obs: 20571 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 28.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2-2.071.750.1473.32669123.5
2.07-2.152.150.1154.12679136.7
2.15-2.252.570.1634.32658149.9
2.25-2.372.890.1085.62688169
2.37-2.523.40.0946.92689194.8
2.52-2.713.740.0798.12636198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirectorデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.2精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9336 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9059 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 987 5.03 %RANDOM, 5%
Rwork0.1929 ---
obs0.195 19634 73.24 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0116 Å20 Å2-4.3585 Å2
2--2.7813 Å20 Å2
3----2.7929 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.245 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3147 0 33 193 3373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013243HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.154382HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1162SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes470HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3243HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.26
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion423SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3967SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.11 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1143 4 3.25 %
Rwork0.219 119 -
all0.2149 123 -
obs--73.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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