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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fgj | ||||||
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タイトル | Oxidized quinone reductase 2 in complex with primaquine | ||||||
要素 | Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] | ||||||
キーワード | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / primaquine / FMN reductase superfamily / metallo-flavoprotein / Rossmann fold / two-electron reduction of quinones to hydroquinones / FAD binding / Zn binding / cytosol / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding ...ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.346 Å | ||||||
データ登録者 | Leung, K.K. / Shilton, B.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Crystal structures of quinone reductase 2 bound to antimalarial drugs reveal conformational change upon reduction 著者: Leung, K.K. / Shilton, B.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fgj.cif.gz | 304.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fgj.ent.gz | 249.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fgj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 26108.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Coding region of NQO2 was inserted into vector pProEXhta (Invitrogen) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMOR2, NQO2 / プラスミド: pProNQO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16083, EC: 1.10.99.2 |
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-非ポリマー , 5種, 566分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE CONFLICT BETWEEN RESIDUE F46 IN THE COORDINATES AND L47, FROM THE ...AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE CONFLICT BETWEEN RESIDUE F46 IN THE COORDINATE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7M Ammonium sulfate, 0.1M Hepes pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.033217 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月18日 / 詳細: 16 CCDs, 16 tiled fiber-optic tapers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator (DCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033217 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.346→30.057 Å / Num. all: 110793 / Num. obs: 110793 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 12.124 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.346→30.057 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.31 Å2 / Biso mean: 14.6476 Å2 / Biso min: 1.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.346→30.057 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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