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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide; focused refinement 3 | |||||||||
![]() | Sharpened map from cryoSPARC | |||||||||
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![]() | Clathrin-mediated endocytosis / peripheral membrane protein / ENDOCYTOSIS | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Baker RW / Sarsam R / Cannon KS | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Lipid nanodiscs as a template for high-resolution cryo-EM structures of peripheral membrane proteins. 著者: Kevin S Cannon / Reta D Sarsam / Tanita Tedamrongwanish / Kevin Zhang / Richard W Baker / ![]() 要旨: Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient ...Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient binding to the membrane has a profound impact on protein function, serving to induce conformational changes and alter biochemical and biophysical parameters by increasing the local concentration of factors and restricting diffusion to two dimensions. Despite the centrality of the membrane in serving as a template for cell biology, there are few reported high-resolution structures of peripheral membrane proteins bound to the membrane. We analyzed the utility of lipid nanodiscs to serve as a template for cryo-EM analysis of peripheral membrane proteins. We tested a variety of nanodiscs and we report a 3.3 Å structure of the AP2 clathrin adaptor complex bound to a 17-nm nanodisc, with sufficient resolution to visualize a bound lipid head group. Our data demonstrate that lipid nanodiscs are amenable to high-resolution structure determination of peripheral membrane proteins and provide a framework for extending this analysis to other systems. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 44.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 188.8 MB 108.1 MB 1.8 MB 1.9 MB 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map from cryoSPARC | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map from deepEMhancer
ファイル | emd_40965_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map from deepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_40965_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: LocRes file for coloring by local resolution
ファイル | emd_40965_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | LocRes file for coloring by local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map filtered by local resolution
ファイル | emd_40965_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Map filtered by local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_40965_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_40965_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide
全体 | 名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide |
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要素 |
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-超分子 #1: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide
超分子 | 名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 詳細: Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Two applications of sample.. |
詳細 | Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 45000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |