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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34716 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ComC bound ComA C17A at inward-facing state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / PCAT / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Lin Y / Xin X / Min L | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of peptide secretion for Quorum sensing by ComA. 著者: Lin Yu / Xin Xu / Wan-Zhen Chua / Hao Feng / Zheng Ser / Kai Shao / Jian Shi / Yumei Wang / Zongli Li / Radoslaw M Sobota / Lok-To Sham / Min Luo / 要旨: Quorum sensing (QS) is a crucial regulatory mechanism controlling bacterial signalling and holds promise for novel therapies against antimicrobial resistance. In Gram-positive bacteria, such as ...Quorum sensing (QS) is a crucial regulatory mechanism controlling bacterial signalling and holds promise for novel therapies against antimicrobial resistance. In Gram-positive bacteria, such as Streptococcus pneumoniae, ComA is a conserved efflux pump responsible for the maturation and secretion of peptide signals, including the competence-stimulating peptide (CSP), yet its structure and function remain unclear. Here, we functionally characterize ComA as an ABC transporter with high ATP affinity and determined its cryo-EM structures in the presence or absence of CSP or nucleotides. Our findings reveal a network of strong electrostatic interactions unique to ComA at the intracellular gate, a putative binding pocket for two CSP molecules, and negatively charged residues facilitating CSP translocation. Mutations of these residues affect ComA's peptidase activity in-vitro and prevent CSP export in-vivo. We demonstrate that ATP-Mg triggers the outward-facing conformation of ComA for CSP release, rather than ATP alone. Our study provides molecular insights into the QS signal peptide secretion, highlighting potential targets for QS-targeting drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34716.map.gz | 59 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34716-v30.xml emd-34716.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34716.png | 82.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34716.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_34716_half_map_1.map.gz emd_34716_half_map_2.map.gz | 52 MB 51.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34716 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34716 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34716.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.858 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34716_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34716_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ComC-bound ComA C17A
全体 | 名称: ComC-bound ComA C17A |
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要素 |
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-超分子 #1: ComC-bound ComA C17A
超分子 | 名称: ComC-bound ComA C17A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) |
-分子 #1: ComA
分子 | 名称: ComA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKFGKRHYRP QVDQMDAGVA SLAMVFGYYG SYYFLAHLRE LAKTTMDGTT ALGLVKVAEE IGFETRAIKA DMTLFDLPDL TFPFVAHVL KEGKLLHYYV VTGQDKDSIH IADPDPGVKL TKLPRERFEE EWTGVTLFMA PSPDYKPHKE QKNGLLSFIP I LVKQRGLI ...文字列: MKFGKRHYRP QVDQMDAGVA SLAMVFGYYG SYYFLAHLRE LAKTTMDGTT ALGLVKVAEE IGFETRAIKA DMTLFDLPDL TFPFVAHVL KEGKLLHYYV VTGQDKDSIH IADPDPGVKL TKLPRERFEE EWTGVTLFMA PSPDYKPHKE QKNGLLSFIP I LVKQRGLI ANIVLATLLV TVINIVGSYY LQSIIDTYVP DQMRSTLGII SIGLVIVYIL QQILSYAQEY LLLVLGQRLS ID VILSYIK HVFHLPMSFF ATRRTGEIVS RFTDANSIID ALASTILSIF LDVSTVVIIS LVLFSQNTNL FFMTLLALPI YTV IIFAFM KPFEKMNRDT MEANAVLSSS IIEDINGIET IKSLTSESQR YQKIDKEFVD YLKKSFTYSR AESQQKALKK VAHL LLNVG ILWMGAVLVM DGKMSLGQLI TYNTLLVYFT NPLENIINLQ TKLQTAQVAN NRLNEVYLVA SEFEEKKTVE DLSLM KGDM TFKQVHYKYG YGRDVLSDIN LTVPQGSKVA FVGISGSGKT TLAKMMVNFY DPSQGEISLG GVNLNQIDKK ALRQYI NYL PQQPYVFNGT ILENLLLGAK EGTTQEDILR AVELAEIRED IERMPLNYQT ELTSDGAGIS GGQRQRIALA RALLTDA PV IILDEATSSL DILTEKRIVD NLIALDKTLI FIAHRLTIAE RTEKVVVLDQ GKIVEEGKHA DLLAQGGFYA HLVNS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25560 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |