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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30430 | |||||||||
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タイトル | the authentic SARS-CoV-2 virus | |||||||||
マップデータ | the authentic SARS-CoV-2 virus | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / RNA stem-loop binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MHC class I protein binding ...cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / RNA stem-loop binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MHC class I protein binding / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / molecular condensate scaffold activity / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / NOD1/2 Signaling Pathway / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / カプシド / Interferon alpha/beta signaling / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell surface receptor binding / ribonucleoprotein complex / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Song Y / Li S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus. 著者: Hangping Yao / Yutong Song / Yong Chen / Nanping Wu / Jialu Xu / Chujie Sun / Jiaxing Zhang / Tianhao Weng / Zheyuan Zhang / Zhigang Wu / Linfang Cheng / Danrong Shi / Xiangyun Lu / Jianlin ...著者: Hangping Yao / Yutong Song / Yong Chen / Nanping Wu / Jialu Xu / Chujie Sun / Jiaxing Zhang / Tianhao Weng / Zheyuan Zhang / Zhigang Wu / Linfang Cheng / Danrong Shi / Xiangyun Lu / Jianlin Lei / Max Crispin / Yigong Shi / Lanjuan Li / Sai Li / 要旨: SARS-CoV-2 is an enveloped virus responsible for the COVID-19 pandemic. Despite recent advances in the structural elucidation of SARS-CoV-2 proteins, the detailed architecture of the intact virus ...SARS-CoV-2 is an enveloped virus responsible for the COVID-19 pandemic. Despite recent advances in the structural elucidation of SARS-CoV-2 proteins, the detailed architecture of the intact virus remains to be unveiled. Here we report the molecular assembly of the authentic SARS-CoV-2 virus using cryoelectron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA). Native structures of the S proteins in pre- and postfusion conformations were determined to average resolutions of 8.7-11 Å. Compositions of the N-linked glycans from the native spikes were analyzed by mass spectrometry, which revealed overall processing states of the native glycans highly similar to that of the recombinant glycoprotein glycans. The native conformation of the ribonucleoproteins (RNPs) and their higher-order assemblies were revealed. Overall, these characterizations revealed the architecture of the SARS-CoV-2 virus in exceptional detail and shed light on how the virus packs its ∼30-kb-long single-segmented RNA in the ∼80-nm-diameter lumen. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30430.map.gz | 304.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30430-v30.xml emd-30430.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30430.png | 143.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30430 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | the authentic SARS-CoV-2 virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Envelope / 直径: 120.0 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 64000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-8 / 平均露光時間: 0.8 sec. / 平均電子線量: 3.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 319 / 使用した粒子像数: 2294 / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.333) |
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CTF補正 | ソフトウェア: (名称: Gctf, NOVACTF) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.333) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.333) / 詳細: Subtomogram averaging |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.333) 詳細: A combined virus model by projection of refined structures of its spikes and RNPs. 使用したサブトモグラム数: 2294 |