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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28692 | |||||||||
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タイトル | 30S_delta_ksgA_h44_inactive_conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome / KsgA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding ...misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Ortega J / Sun J | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: KsgA facilitates ribosomal small subunit maturation by proofreading a key structural lesion. 著者: Jingyu Sun / Laurel F Kinman / Dushyant Jahagirdar / Joaquin Ortega / Joseph H Davis / 要旨: Ribosome assembly is orchestrated by many assembly factors, including ribosomal RNA methyltransferases, whose precise role is poorly understood. Here, we leverage the power of cryo-EM and machine ...Ribosome assembly is orchestrated by many assembly factors, including ribosomal RNA methyltransferases, whose precise role is poorly understood. Here, we leverage the power of cryo-EM and machine learning to discover that the E. coli methyltransferase KsgA performs a 'proofreading' function in the assembly of the small ribosomal subunit by recognizing and partially disassembling particles that have matured but are not competent for translation. We propose that this activity allows inactive particles an opportunity to reassemble into an active state, thereby increasing overall assembly fidelity. Detailed structural quantifications in our datasets additionally enabled the expansion of the Nomura assembly map to highlight rRNA helix and r-protein interdependencies, detailing how the binding and docking of these elements are tightly coupled. These results have wide-ranging implications for our understanding of the quality-control mechanisms governing ribosome biogenesis and showcase the power of heterogeneity analysis in cryo-EM to unveil functionally relevant information in biological systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28692.map.gz | 18.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28692-v30.xml emd-28692.xml | 36.2 KB 36.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28692_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28692.png | 108.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28692.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_28692_additional_1.map.gz emd_28692_additional_2.map.gz emd_28692_additional_3.map.gz emd_28692_half_map_1.map.gz emd_28692_half_map_2.map.gz | 191.9 MB 195 MB 196.1 MB 168.9 MB 168.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28692 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8eyqMC 8eytC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 212.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #3
ファイル | emd_28692_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_28692_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_28692_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28692_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28692_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Ribosome
+超分子 #1: Ribosome
+分子 #1: 30S ribosomal protein S4
+分子 #2: 30S ribosomal protein S5
+分子 #3: 30S ribosomal protein S6
+分子 #4: 30S ribosomal protein S8
+分子 #5: 30S ribosomal protein S11
+分子 #6: 30S ribosomal protein S12
+分子 #7: 30S ribosomal protein S15
+分子 #8: 30S ribosomal protein S16
+分子 #9: 30S ribosomal protein S17
+分子 #10: 30S ribosomal protein S18
+分子 #11: 30S ribosomal protein S20
+分子 #13: 30S ribosomal protein S3
+分子 #14: 30S ribosomal protein S9
+分子 #15: 30S ribosomal protein S10
+分子 #16: 30S ribosomal protein S13
+分子 #17: 30S ribosomal protein S14
+分子 #18: 30S ribosomal protein S19
+分子 #12: 16S_rRNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |