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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kbo | ||||||
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タイトル | Complex of Human recombinant NAD(P)H:Quinone Oxide reductase type 1 with 5-methoxy-1,2-dimethyl-3-(phenoxymethyl)indole-4,7-dione (ES1340) | ||||||
![]() | NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / PRODRUG-ENZYME COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / cellular response to metal ion / NADH oxidation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H ...response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / cellular response to metal ion / NADH oxidation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADPH oxidation / response to tetrachloromethane / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / response to hydrogen sulfide / response to alkaloid / response to carbohydrate / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / negative regulation of ferroptosis / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to testosterone / response to amine / superoxide dismutase activity / response to nutrient / response to electrical stimulus / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / removal of superoxide radicals / response to hormone / cell redox homeostasis / response to ischemia / negative regulation of protein catabolic process / protein catabolic process / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / response to ethanol / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / innate immune response / neuronal cell body / synapse / dendrite / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Faig, M. / Bianchet, M.A. / Amzel, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of a mechanism-based inhibitor of NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 by biochemical, X-ray crystallographic, and mass spectrometric approaches. 著者: Winski, S.L. / Faig, M. / Bianchet, M.A. / Siegel, D. / Swann, E. / Fung, K. / Duncan, M.W. / Moody, C.J. / Amzel, L.M. / Ross, D. #1: ![]() タイトル: Structure-based Development of Anticancer Drugs: Complexes of NAD(P)H:Quinone Reductase 1 with Chemotherapeutic Quinones 著者: Faig, M. / Bianchet, M.A. / Winski, S. / Hargreaves, R. / Moody, C.J. / Hudnott, A.R. / Ross, D. / Amzel, L.M. #2: ![]() タイトル: Structures of Recombinant Mouse and Human NAD(P)H:Quinone Oxidoreductases: Species Comparison and Structural Changes with Substrate Binding and Release 著者: Faig, M. / Bianchet, M.A. / Chen, S. / Winski, S.L. / Ross, D. / Talalay, P. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 225.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 183.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30776.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-340 / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4K, Na Acetate, pH 8.5, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Faig, M., (2000) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 97, 3177. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月1日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→35.5 Å / Num. obs: 47881 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.57 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 94.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.098 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.7923 Å2 / ksol: 0.305857 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.341 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.278 |