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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18496 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba | ||||||||||||||||||
マップデータ | Composite Map (Map G). | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription / Chloroplasts / Gene Expression / RNA / Polymerase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / chloroplast / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | do Prado PFV / Ahrens FM / Pfannschmidt T / Hillen HS | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Structure of the multi-subunit chloroplast RNA polymerase. 著者: Paula F V do Prado / Frederik M Ahrens / Monique Liebers / Noah Ditz / Hans-Peter Braun / Thomas Pfannschmidt / Hauke S Hillen / 要旨: Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase ...Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase (PEP), a nearly 1 MDa complex composed of core subunits with homology to eubacterial RNA polymerases (RNAPs) and at least 12 additional chloroplast-specific PEP-associated proteins (PAPs). However, the architecture of this complex and the functions of the PAPs remain unknown. Here, we report the cryo-EM structure of a 19-subunit PEP complex from Sinapis alba (white mustard). The structure reveals that the PEP core resembles prokaryotic and nuclear RNAPs but contains chloroplast-specific features that mediate interactions with the PAPs. The PAPs are unrelated to known transcription factors and arrange around the core in a unique fashion. Their structures suggest potential functions during transcription in the chemical environment of chloroplasts. These results reveal structural insights into chloroplast transcription and provide a framework for understanding photosynthesis gene expression. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18496.map.gz | 291 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18496-v30.xml emd-18496.xml | 36.1 KB 36.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18496.png | 72.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18496.cif.gz | 12.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18496 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18496 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qmaMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18496.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite Map (Map G). | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
+超分子 #1: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
+分子 #1: PAP4
+分子 #2: PAP5
+分子 #3: PAP8
+分子 #4: PAP9
+分子 #5: PAP10
+分子 #6: PAP11
+分子 #7: PAP12 (DNA-directed RNA polymerase subunit omega)
+分子 #8: PTAC18
+分子 #9: PAP6
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #13: PAP1
+分子 #14: PAP3
+分子 #15: FLN2
+分子 #16: PAP7
+分子 #17: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #18: FE (III) ION
+分子 #19: ZINC ION
+分子 #20: S-ADENOSYLMETHIONINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.7 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123874 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |