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タイトルStructural Insights into the Roles of Metazoan-Specific Splicing Factors in the Human Step 1 Spliceosome.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 80, Issue 1, Page 127-139.e6, Year 2020
掲載日2020年10月1日
著者Karl Bertram / Leyla El Ayoubi / Olexandr Dybkov / Dmitry E Agafonov / Cindy L Will / Klaus Hartmuth / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
PubMed 要旨Human spliceosomes contain numerous proteins absent in yeast, whose functions remain largely unknown. Here we report a 3D cryo-EM structure of the human spliceosomal C complex at 3.4 Å core ...Human spliceosomes contain numerous proteins absent in yeast, whose functions remain largely unknown. Here we report a 3D cryo-EM structure of the human spliceosomal C complex at 3.4 Å core resolution and 4.5-5.7 Å at its periphery, and aided by protein crosslinking we determine its molecular architecture. Our structure provides additional insights into the spliceosome's architecture between the catalytic steps of splicing, and how proteins aid formation of the spliceosome's catalytically active RNP (ribonucleoprotein) conformation. It reveals the spatial organization of the metazoan-specific proteins PPWD1, WDR70, FRG1, and CIR1 in human C complexes, indicating they stabilize functionally important protein domains and RNA structures rearranged/repositioned during the B to C transition. Structural comparisons with human B, C, and P complexes reveal an intricate cascade of RNP rearrangements during splicing catalysis, with intermediate RNP conformations not found in yeast, and additionally elucidate the structural basis for the sequential recruitment of metazoan-specific spliceosomal proteins.
リンクMol Cell / PubMed:33007253
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 5.7 Å
構造データ

11569

6zym

EMDB-11569, PDB-6zym:
Human C Complex Spliceosome - High-resolution CORE
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

11570

7a5p

EMDB-11570: Human C Complex Spliceosome - MultiBody refined EXTENDED CORE
PDB-7a5p: Human C Complex Spliceosome - Medium-resolution PERIPHERY
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-11571:
Human C Complex Spliceosome - MultiBody refined BRR2/PRP16 region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-11572:
Human C Complex Spliceosome - MultiBody refined AQR/SYF1 region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-11573:
Human C Complex Spliceosome - MultiBody refined U2 Proteins region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-11574:
Human C Complex Spliceosome - MultiBody refined PRP19/Helical-Bundle region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
キーワードSPLICING / human C complex / spliceosome (スプライセオソーム) / hC / human step 1 spliceosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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