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Structure paper

タイトルLigand recognition and gating mechanism through three ligand-binding sites of human TRPM2 channel.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年9月12日
著者Yihe Huang / Becca Roth / Wei Lü / Juan Du /
PubMed 要旨TRPM2 is critically involved in diverse physiological processes including core temperature sensing, apoptosis, and immune response. TRPM2's activation by Ca and ADP ribose (ADPR), an NAD-metabolite ...TRPM2 is critically involved in diverse physiological processes including core temperature sensing, apoptosis, and immune response. TRPM2's activation by Ca and ADP ribose (ADPR), an NAD-metabolite produced under oxidative stress and neurodegenerative conditions, suggests a role in neurological disorders. We provide a central concept between triple-site ligand binding and the channel gating of human TRPM2. We show consecutive structural rearrangements and channel activation of TRPM2 induced by binding of ADPR in two indispensable locations, and the binding of Ca in the transmembrane domain. The 8-Br-cADPR-an antagonist of cADPR-binds only to the MHR1/2 domain and inhibits TRPM2 by stabilizing the channel in an apo-like conformation. We conclude that MHR1/2 acts as a orthostatic ligand-binding site for TRPM2. The NUDT9-H domain binds to a second ADPR to assist channel activation in vertebrates, but not necessary in invertebrates. Our work provides insights into the gating mechanism of human TRPM2 and its pharmacology.
リンクElife / PubMed:31513012 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.4 Å
構造データ

20478

6puo

EMDB-20478, PDB-6puo:
Human TRPM2 in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

20479

6pur

EMDB-20479, PDB-6pur:
Human TRPM2 bound to ADPR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

20480

6pus

EMDB-20480, PDB-6pus:
Human TRPM2 bound to ADPR and calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

20482

6puu

EMDB-20482, PDB-6puu:
Human TRPM2 bound to 8-Br-cADPR and calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-APR:
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-CV1:
(2R,3R,4S,5R,13R,14S,15R,16R)-24-amino-18-bromo-3,4,14,15-tetrahydroxy-7,9,11,25,26-pentaoxa-17,19,22-triaza-1-azonia-8 / 1,5-[1-デオキシ-β-D-リボフラノ-ス-1,5-O-ジイル(オキシラトホスフィニリデン)オキシ(オキシラトホス(以下略)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TRPM2 channel / apo state / ADPR (ADPリボース) / calcium (カルシウム) / 8-Br-cADPR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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