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タイトルCENP-C unwraps the human CENP-A nucleosome through the H2A C-terminal tail.
ジャーナル・号・ページEMBO Rep, Vol. 20, Issue 10, Page e48913, Year 2019
掲載日2019年10月4日
著者Ahmad Ali-Ahmad / Silvija Bilokapić / Ingmar B Schäfer / Mario Halić / Nikolina Sekulić /
PubMed 要旨Centromeres are defined epigenetically by nucleosomes containing the histone H3 variant CENP-A, upon which the constitutive centromere-associated network of proteins (CCAN) is built. CENP-C is ...Centromeres are defined epigenetically by nucleosomes containing the histone H3 variant CENP-A, upon which the constitutive centromere-associated network of proteins (CCAN) is built. CENP-C is considered to be a central organizer of the CCAN. We provide new molecular insights into the structure of human CENP-A nucleosomes, in isolation and in complex with the CENP-C central region (CENP-C ), the main CENP-A binding module of human CENP-C. We establish that the short αN helix of CENP-A promotes DNA flexibility at the nucleosome ends, independently of the sequence it wraps. Furthermore, we show that, in vitro, two regions of human CENP-C (CENP-C and CENP-C ) both bind exclusively to the CENP-A nucleosome. We find CENP-C to bind with high affinity due to an extended hydrophobic area made up of CENP-A and CENP-A . Importantly, we identify two key conformational changes within the CENP-A nucleosome upon CENP-C binding. First, the loose DNA wrapping of CENP-A nucleosomes is further exacerbated, through destabilization of the H2A C-terminal tail. Second, CENP-C rigidifies the N-terminal tail of H4 in the conformation favoring H4 monomethylation, essential for a functional centromere.
リンクEMBO Rep / PubMed:31475439 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.4 Å
構造データ

10151

6se0

EMDB-10151, PDB-6se0:
Class 1 : CENP-A nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

10152

6se6

EMDB-10152, PDB-6se6:
Class2 : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

10153

6see

EMDB-10153, PDB-6see:
Class2A : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

10154

6sef

EMDB-10154, PDB-6sef:
Class2C : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

10155

6seg

EMDB-10155, PDB-6seg:
Class1: CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10156:
Class 2B : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-10157:
Class 1A : CENP-A nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-10158:
Class 1B : CENP-A nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-10159:
Class 1C : CENP-A nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / CENP-A (CENP-A) / nucleosome (ヌクレオソーム) / centromere (セントロメア) / centromeric chromatin / CCAN / CENP-C

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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