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タイトルDNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 178, Issue 6, Page 1329-1343.e12, Year 2019
掲載日2019年9月5日
著者Danyang Gong / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Yun-Tao Liu / Guo-Qiang Bi / Ren Sun / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes ...Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes (CATCs) and facilitates translocation of an ∼150-kb dsDNA genome, followed by acquisition of a pleomorphic tegument and envelope. Because of deviation from icosahedral symmetry, KSHV portal and tegument structures have largely been obscured in previous studies. Using symmetry-relaxed cryo-EM, we determined the in situ structure of the KSHV portal and its interactions with surrounding capsid proteins, CATCs, and the terminal end of KSHV's dsDNA genome. Our atomic models of the portal and capsid/CATC, together with visualization of CATCs' variable occupancy and alternate orientation of CATC-interacting vertex triplexes, suggest a mechanism whereby the portal orchestrates procapsid formation and asymmetric long-range determination of CATC attachment during DNA packaging prior to pleomorphic tegumentation/envelopment. Structure-based mutageneses confirm that a triplex deep binding groove for CATCs is a hotspot that holds promise for antiviral development.
リンクCell / PubMed:31447177 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 7.6 Å
構造データ

EMDB-20430:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 virion capsid reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-20431:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 portal vertex reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

20432

6ppb

EMDB-20432, PDB-6ppb:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C5 portal vertex structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

20433

6ppd

EMDB-20433, PDB-6ppd:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 penton vertex register, CATC-absent structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

20436

6pph

EMDB-20436, PDB-6pph:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 penton vertex register, CATC-binding structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

20437

6ppi

EMDB-20437, PDB-6ppi:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C12 portal dodecamer structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

由来
  • HHV-8 (ヘルペスウイルス)
  • human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / genome (ゲノム) / portal / capsid (カプシド) / genome packaging (ウイルス) / VIRUS (ウイルス) / tegument / vertex / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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