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タイトルArchitecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 364, Issue 6438, Page 355-362, Year 2019
掲載日2019年4月26日
著者Yan Zhao / Shanshuang Chen / Adam C Swensen / Wei-Jun Qian / Eric Gouaux /
PubMed 要旨Glutamate-gated AMPA receptors mediate the fast component of excitatory signal transduction at chemical synapses throughout all regions of the mammalian brain. AMPA receptors are tetrameric ...Glutamate-gated AMPA receptors mediate the fast component of excitatory signal transduction at chemical synapses throughout all regions of the mammalian brain. AMPA receptors are tetrameric assemblies composed of four subunits, GluA1-GluA4. Despite decades of study, the subunit composition, subunit arrangement, and molecular structure of native AMPA receptors remain unknown. Here we elucidate the structures of 10 distinct native AMPA receptor complexes by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that receptor subunits are arranged nonstochastically, with the GluA2 subunit preferentially occupying the B and D positions of the tetramer and with triheteromeric assemblies comprising a major population of native AMPA receptors. Cryo-EM maps define the structure for S2-M4 linkers between the ligand-binding and transmembrane domains, suggesting how neurotransmitter binding is coupled to ion channel gating.
リンクScience / PubMed:30975770 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 32.0 Å
構造データ

EMDB-0426:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.8 Å

EMDB-0427:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-0428:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 32.0 Å

EMDB-0429:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.8 Å

EMDB-0430:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-0431:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-0432:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-20085:
structure of a complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-9387, PDB-6njl:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-9388, PDB-6njm:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-9389, PDB-6njn:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

化合物

ChemComp-ZK1:
{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / ZK-200775 / アンタゴニスト, 薬剤*YM / Fanapanel

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • Rat (クマネズミ属)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (生体膜) / AMPA receptor (AMPA型グルタミン酸受容体) / ligand gated ion channel (リガンド依存性イオンチャネル) / neurotransmitter (神経伝達物質) / synapse (シナプス) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (生体膜)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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