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タイトルStructural Snapshots of 26S Proteasome Reveal Tetraubiquitin-Induced Conformations.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 73, Issue 6, Page 1150-11161.e6, Year 2019
掲載日2019年3月21日
著者Zhanyu Ding / Cong Xu / Indrajit Sahu / Yifan Wang / Zhenglin Fu / Min Huang / Catherine C L Wong / Michael H Glickman / Yao Cong /
PubMed 要旨The 26S proteasome is the ATP-dependent protease responsible for regulating the proteome of eukaryotic cells through degradation of mainly ubiquitin-tagged substrates. In order to understand how ...The 26S proteasome is the ATP-dependent protease responsible for regulating the proteome of eukaryotic cells through degradation of mainly ubiquitin-tagged substrates. In order to understand how proteasome responds to ubiquitin signal, we resolved an ensemble of cryo-EM structures of proteasome in the presence of K48-Ub, with three of them resolved at near-atomic resolution. We identified a conformation with stabilized ubiquitin receptors and a previously unreported orientation of the lid, assigned as a Ub-accepted state C1-b. We determined another structure C3-b with localized K48-Ub to the toroid region of Rpn1, assigned as a substrate-processing state. Our structures indicate that tetraUb induced conformational changes in proteasome could initiate substrate degradation. We also propose a CP gate-opening mechanism involving the propagation of the motion of the lid to the gate through the Rpn6-α2 interaction. Our results enabled us to put forward a model of a functional cycle for proteasomes induced by tetraUb and nucleotide.
リンクMol Cell / PubMed:30792173
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 7.5 Å
構造データ

EMDB-9769, PDB-6j2c:
Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-9770, PDB-6j2n:
yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-9771, PDB-6j2q:
Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-9772, PDB-6j2x:
Yeast proteasome in resting state (C1-a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-9773, PDB-6j30:
yeast proteasome in Ub-engaged state (C2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Proteasome (プロテアソーム) / K48-Ub4 / Ub-bound / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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