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Structure paper

タイトルHistone octamer rearranges to adapt to DNA unwrapping.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 25, Issue 1, Page 101-108, Year 2018
掲載日2017年12月11日
著者Silvija Bilokapic / Mike Strauss / Mario Halic /
PubMed 要旨Nucleosomes, the basic units of chromatin, package and regulate expression of eukaryotic genomes. Although the structure of the intact nucleosome is well characterized, little is known about ...Nucleosomes, the basic units of chromatin, package and regulate expression of eukaryotic genomes. Although the structure of the intact nucleosome is well characterized, little is known about structures of partially unwrapped, transient intermediates. In this study, we present nine cryo-EM structures of distinct conformations of nucleosome and subnucleosome particles. These structures show that initial DNA breathing induces conformational changes in the histone octamer, particularly in histone H3, that propagate through the nucleosome and prevent symmetrical DNA opening. Rearrangements in the H2A-H2B dimer strengthen interaction with the unwrapping DNA and promote nucleosome stability. In agreement with this, cross-linked H2A-H2B that cannot accommodate unwrapping of the DNA is not stably maintained in the nucleosome. H2A-H2B release and DNA unwrapping occur simultaneously, indicating that DNA is essential in stabilizing the dimer in the nucleosome. Our structures reveal intrinsic nucleosomal plasticity that is required for nucleosome stability and might be exploited by extrinsic protein factors.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:29323273 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 10.5 Å
構造データ

EMDB-3925:
Nucleosome breathing : Class 9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-3926:
Nucleosome breathing : Class 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.5 Å

EMDB-3929:
Nucleosome breathing : Class 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.5 Å

EMDB-3930:
Nucleosome breathing : Class 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.5 Å

EMDB-3931:
Nucleosome breathing : Class 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

3947

6esf

EMDB-3947, PDB-6esf:
Nucleosome : Class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

3948

6esg

EMDB-3948, PDB-6esg:
Nucleosome breathing : Class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

3949

6esh

EMDB-3949, PDB-6esh:
Nucleosome breathing : Class 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

3950

6esi

EMDB-3950, PDB-6esi:
Nucleosome breathing : Class 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / nucleosome (ヌクレオソーム) / nucleosome breathing / hexasome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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