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タイトルCryo-EM structure of the extended type VI secretion system sheath-tube complex.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 2, Issue 11, Page 1507-1512, Year 2017
掲載日2017年9月25日
著者Jing Wang / Maximilian Brackmann / Daniel Castaño-Díez / Mikhail Kudryashev / Kenneth N Goldie / Timm Maier / Henning Stahlberg / Marek Basler /
PubMed 要旨The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited ...The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited structural information is available about the inherently unstable precontraction state of the T6SS. Here, we obtain a 3.7 Å resolution structure of a non-contractile sheath-tube complex using cryo-electron microscopy and show that it resembles the extended T6SS inside Vibrio cholerae cells. We build a pseudo-atomic model of the complete sheath-tube assembly, which provides a mechanistic understanding of coupling sheath contraction with pushing and rotating the inner tube for efficient target membrane penetration. Our data further show that sheath contraction exposes a buried recognition domain to specifically trigger the disassembly and recycling of the T6SS sheath by the cognate ATP-dependent unfoldase ClpV.
リンクNat Microbiol / PubMed:28947741
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (らせん対称)
解像度3.7 - 17.4 Å
構造データ

EMDB-3563:
Subtomogram average of type VI secretion system (T6SS) extended sheath
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.9 Å

EMDB-3564:
Subtomogram average of type VI secretion system (T6SS) contracted sheath
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.4 Å

3566

5mxn

5ojq

EMDB-3566: VipA-N3, non-contractile sheath of the type VI secretion system
PDB-5mxn: Atomic model of the VipA/VipB/Hcp, the type six secretion system non-contractile sheath-tube of Vibrio cholerae from cryo-EM
PDB-5ojq: The modeled structure of of wild type extended type VI secretion system sheath/tube complex in vibrio cholerae based on cryo-EM reconstruction of the non-contractile sheath/tube complex
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

3567

5myu

EMDB-3567, PDB-5myu:
VipA-N2/VipB contracted sheath of type VI secretion system
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.0 Å

由来
  • vibrio cholerae (コレラ菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Type IV secretion system / protein export / PROTEIN TRANSPORT / Bacterial type VI secretion system / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / T6SS / extended conformation / vibrio cholerae (コレラ菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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