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タイトルChannel opening and gating mechanism in AMPA-subtype glutamate receptors.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 549, Issue 7670, Page 60-65, Year 2017
掲載日2017年9月7日
著者Edward C Twomey / Maria V Yelshanskaya / Robert A Grassucci / Joachim Frank / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid)-subtype ionotropic glutamate receptors mediate fast excitatory neurotransmission throughout the central nervous system. Gated by the ...AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid)-subtype ionotropic glutamate receptors mediate fast excitatory neurotransmission throughout the central nervous system. Gated by the neurotransmitter glutamate, AMPA receptors are critical for synaptic strength, and dysregulation of AMPA receptor-mediated signalling is linked to numerous neurological diseases. Here we use cryo-electron microscopy to solve the structures of AMPA receptor-auxiliary subunit complexes in the apo, antagonist- and agonist-bound states and determine the iris-like mechanism of ion channel opening. The ion channel selectivity filter is formed by the extended portions of the re-entrant M2 loops, while the helical portions of M2 contribute to extensive hydrophobic interfaces between AMPA receptor subunits in the ion channel. We show how the permeation pathway changes upon channel opening and identify conformational changes throughout the entire AMPA receptor that accompany activation and desensitization. Our findings provide a framework for understanding gating across the family of ionotropic glutamate receptors and the role of AMPA receptors in excitatory neurotransmission.
リンクNature / PubMed:28737760 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.2 - 6.8 Å
構造データ

8819

5wek

EMDB-8819, PDB-5wek:
GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

8820

5wel

EMDB-8820, PDB-5wel:
GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

8821

5wem

EMDB-8821, PDB-5wem:
GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

8822

5wen

EMDB-8822, PDB-5wen:
GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

8823

5weo

EMDB-8823, PDB-5weo:
Activated GluA2 complex bound to glutamate, cyclothiazide, and STZ in digitonin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-ZK1:
{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / ZK-200775 / アンタゴニスト, 薬剤*YM / Fanapanel

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM / ジギトニン

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸

ChemComp-CYZ:
CYCLOTHIAZIDE / (3S)-6-クロロ-3,4-ジヒドロ-3-[(1S,4S,5S)-ビシクロ[2.2.1]ヘプタ-2-エン-5-イル](以下略) / Cyclothiazide

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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