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タイトルCryo-EM structures of the triheteromeric NMDA receptor and its allosteric modulation.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 355, Issue 6331, Year 2017
掲載日2017年3月24日
著者Wei Lü / Juan Du / April Goehring / Eric Gouaux /
PubMed 要旨-methyl-d-aspartate receptors (NMDARs) are heterotetrameric ion channels assembled as diheteromeric or triheteromeric complexes. Here, we report structures of the triheteromeric GluN1/GluN2A/GluN2B ...-methyl-d-aspartate receptors (NMDARs) are heterotetrameric ion channels assembled as diheteromeric or triheteromeric complexes. Here, we report structures of the triheteromeric GluN1/GluN2A/GluN2B receptor in the absence or presence of the GluN2B-specific allosteric modulator Ro 25-6981 (Ro), determined by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). In the absence of Ro, the GluN2A and GluN2B amino-terminal domains (ATDs) adopt "closed" and "open" clefts, respectively. Upon binding Ro, the GluN2B ATD clamshell transitions from an open to a closed conformation. Consistent with a predominance of the GluN2A subunit in ion channel gating, the GluN2A subunit interacts more extensively with GluN1 subunits throughout the receptor, in comparison with the GluN2B subunit. Differences in the conformation of the pseudo-2-fold-related GluN1 subunits further reflect receptor asymmetry. The triheteromeric NMDAR structures provide the first view of the most common NMDA receptor assembly and show how incorporation of two different GluN2 subunits modifies receptor symmetry and subunit interactions, allowing each subunit to uniquely influence receptor structure and function, thus increasing receptor complexity.
リンクScience / PubMed:28232581 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 6.0 Å
構造データ

8579

5uow

EMDB-8579, PDB-5uow:
Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2B in complex with glycine, glutamate, MK-801 and a GluN2B-specific Fab, at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8580:
membrane protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

8581

5up2

EMDB-8581, PDB-5up2:
Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2B in complex with glycine, glutamate, Ro 25-6981, MK-801 and a GluN2B-specific Fab, at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-8583:
membrane protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸

ChemComp-BMK:
(5S,10R)-5-methyl-10,11-dihydro-5H-5,10-epiminodibenzo[a,d][7]annulene / MK-801 / 神経伝達物質*YM / ジゾシルピン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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