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タイトルThe box C/D sRNP dimeric architecture is conserved across domain Archaea.
ジャーナル・号・ページRNA, Vol. 18, Issue 8, Page 1527-1540, Year 2012
掲載日2012年6月29日
著者Kathleen R Bower-Phipps / David W Taylor / Hong-Wei Wang / Susan J Baserga /
PubMed 要旨Box C/D small (nucleolar) ribonucleoproteins [s(no)RNPs] catalyze RNA-guided 2'-O-ribose methylation in two of the three domains of life. Recent structural studies have led to a controversy over ...Box C/D small (nucleolar) ribonucleoproteins [s(no)RNPs] catalyze RNA-guided 2'-O-ribose methylation in two of the three domains of life. Recent structural studies have led to a controversy over whether box C/D sRNPs functionally assemble as monomeric or dimeric macromolecules. The archaeal box C/D sRNP from Methanococcus jannaschii (Mj) has been shown by glycerol gradient sedimentation, gel filtration chromatography, native gel analysis, and single-particle electron microscopy (EM) to adopt a di-sRNP architecture, containing four copies of each box C/D core protein and two copies of the Mj sR8 sRNA. Subsequently, investigators used a two-stranded artificial guide sRNA, CD45, to assemble a box C/D sRNP from Sulfolobus solfataricus with a short RNA methylation substrate, yielding a crystal structure of a mono-sRNP. To more closely examine box C/D sRNP architecture, we investigate the role of the omnipresent sRNA loop as a structural determinant of sRNP assembly. We show through sRNA mutagenesis, native gel electrophoresis, and single-particle EM that a di-sRNP is the near exclusive architecture obtained when reconstituting box C/D sRNPs with natural or artificial sRNAs containing an internal loop. Our results span three distantly related archaeal species--Sulfolobus solfataricus, Pyrococcus abyssi, and Archaeoglobus fulgidus--indicating that the di-sRNP architecture is broadly conserved across the entire archaeal domain.
リンクRNA / PubMed:22753779 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度25.0 - 26.0 Å
構造データ

EMDB-5419:
Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-5420:
Pyrococcus abyssi methylation-guide sRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5421:
Archaeoglobus fulgidus methylation-guide sRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

由来
  • Sulfolobus solfataricus (古細菌)
  • Pyrococcus abyssi (古細菌)
  • Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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