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タイトルStructural insights into preinitiation complex assembly on core promoters.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 372, Issue 6541, Year 2021
掲載日2021年4月30日
著者Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu /
PubMed 要旨Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters.
リンクScience / PubMed:33795473
手法EM (単粒子)
解像度2.77 - 19.3 Å
構造データ

EMDB-31075, PDB-7edx:
p53-bound TFIID-based core PIC on HDM2 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-31107, PDB-7eg7:
TFIID-based core PIC on SCP promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-31108, PDB-7eg8:
TFIID-based core PIC on PUMA promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-31109, PDB-7eg9:
TFIID-based intermediate PIC on SCP promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-31110, PDB-7ega:
TFIID-based intermediate PIC on PUMA promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-31111, PDB-7egb:
TFIID-based holo PIC on SCP promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-31112, PDB-7egc:
p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-31113, PDB-7egd:
SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in initial TBP-loading state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.75 Å

EMDB-31114, PDB-7ege:
TFIID in canonical conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-31115, PDB-7egf:
TFIID lobe A subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-31116, PDB-7egg:
TFIID lobe B subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

EMDB-31117, PDB-7egh:
TFIID lobe C subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-31118, PDB-7egi:
TFIID in rearranged conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.82 Å

EMDB-31119, PDB-7egj:
SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in post TBP-loading state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.64 Å

EMDB-31120:
TFIID-based core PIC on RPLP1 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.6 Å

EMDB-31121:
TFIID-based core PIC on SCP+3 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-31122:
TFIID-based core PIC on SCP+6 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.7 Å

EMDB-31123:
TFIID-based core PIC on PUMA-10 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-31124:
TFIID-based core PIC on SCP+10 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.72 Å

EMDB-31125:
TFIID-based core PIC on CLAM2 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-31126:
TFIID-based core PIC on POLB promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-31127:
TFIID-based core PIC on JUNB promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-31128:
TFIID-based core PIC on TAF7 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.3 Å

EMDB-31129:
TFIID-based core PIC on PUMA-GC promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.1 Å

EMDB-31130:
TFIID-based holo PIC on PUMA promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

EMDB-31131:
TFIID-based holo PIC on SCP promoter in pre-assembled state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-31132:
3.5 Angstrom CAK module
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-31133:
PUMA promoter-bound TFIID-TFIIA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.85 Å

EMDB-31134:
HDM2 promoter-bound TFIID-TFIIA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.77 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • sus scrofa (ブタ)
  • pig (ブタ)
  • Human (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TFIID (TFIID) / preinitiation complex / core promoter (プロモーター) / transcription initiation (転写 (生物学)) / TRANSLATION (翻訳 (生物学))

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

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  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
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関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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