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タイトルStructural basis of transcription-translation coupling and collision in bacteria.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6509, Page 1355-1359, Year 2020
掲載日2020年9月11日
著者Michael William Webster / Maria Takacs / Chengjin Zhu / Vita Vidmar / Ayesha Eduljee / Mo'men Abdelkareem / Albert Weixlbaumer /
PubMed 要旨Prokaryotic messenger RNAs (mRNAs) are translated as they are transcribed. The lead ribosome potentially contacts RNA polymerase (RNAP) and forms a supramolecular complex known as the expressome. The ...Prokaryotic messenger RNAs (mRNAs) are translated as they are transcribed. The lead ribosome potentially contacts RNA polymerase (RNAP) and forms a supramolecular complex known as the expressome. The basis of expressome assembly and its consequences for transcription and translation are poorly understood. Here, we present a series of structures representing uncoupled, coupled, and collided expressome states determined by cryo-electron microscopy. A bridge between the ribosome and RNAP can be formed by the transcription factor NusG, which stabilizes an otherwise-variable interaction interface. Shortening of the intervening mRNA causes a substantial rearrangement that aligns the ribosome entrance channel to the RNAP exit channel. In this collided complex, NusG linkage is no longer possible. These structures reveal mechanisms of coordination between transcription and translation and provide a framework for future study.
リンクScience / PubMed:32820062
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.9 Å
構造データ

EMDB-11418, PDB-6ztj:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (38 nt intervening mRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-11419, PDB-6ztl:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state bound to NusG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-11420, PDB-6ztm:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state without NusG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-11421, PDB-6ztn:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (42 nt intervening mRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-11422, PDB-6zto:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-11423, PDB-6ztp:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-11426, PDB-6zu1:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Transcription (転写 (生物学)) / Translation (翻訳) / Expressome / Ribosome (リボソーム) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ)

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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