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タイトルA neutralizing human antibody binds to the N-terminal domain of the Spike protein of SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6504, Page 650-655, Year 2020
掲載日2020年8月7日
著者Xiangyang Chi / Renhong Yan / Jun Zhang / Guanying Zhang / Yuanyuan Zhang / Meng Hao / Zhe Zhang / Pengfei Fan / Yunzhu Dong / Yilong Yang / Zhengshan Chen / Yingying Guo / Jinlong Zhang / Yaning Li / Xiaohong Song / Yi Chen / Lu Xia / Ling Fu / Lihua Hou / Junjie Xu / Changming Yu / Jianmin Li / Qiang Zhou / Wei Chen /
PubMed 要旨Developing therapeutics against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) could be guided by the distribution of epitopes, not only on the receptor binding domain (RBD) of the ...Developing therapeutics against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) could be guided by the distribution of epitopes, not only on the receptor binding domain (RBD) of the Spike (S) protein but also across the full Spike (S) protein. We isolated and characterized monoclonal antibodies (mAbs) from 10 convalescent COVID-19 patients. Three mAbs showed neutralizing activities against authentic SARS-CoV-2. One mAb, named 4A8, exhibits high neutralization potency against both authentic and pseudotyped SARS-CoV-2 but does not bind the RBD. We defined the epitope of 4A8 as the N-terminal domain (NTD) of the S protein by determining with cryo-eletron microscopy its structure in complex with the S protein to an overall resolution of 3.1 angstroms and local resolution of 3.3 angstroms for the 4A8-NTD interface. This points to the NTD as a promising target for therapeutic mAbs against COVID-19.
リンクScience / PubMed:32571838 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.3 Å
構造データ

30276

7c2l

EMDB-30276: cryo EM map of the S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with 4A8
PDB-7c2l: S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with 4A8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-30277:
Cryo EM map of the interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (生体膜) / ACE2-B0AT1 complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (生体膜)

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は？ / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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