[日本語] English
EMN文献
- 3DEM構造データから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルDNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 178, Issue 6, Page 1329-1343.e12, Year 2019
掲載日2019年9月5日
著者Danyang Gong / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Yun-Tao Liu / Guo-Qiang Bi / Ren Sun / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes ...Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes (CATCs) and facilitates translocation of an ∼150-kb dsDNA genome, followed by acquisition of a pleomorphic tegument and envelope. Because of deviation from icosahedral symmetry, KSHV portal and tegument structures have largely been obscured in previous studies. Using symmetry-relaxed cryo-EM, we determined the in situ structure of the KSHV portal and its interactions with surrounding capsid proteins, CATCs, and the terminal end of KSHV's dsDNA genome. Our atomic models of the portal and capsid/CATC, together with visualization of CATCs' variable occupancy and alternate orientation of CATC-interacting vertex triplexes, suggest a mechanism whereby the portal orchestrates procapsid formation and asymmetric long-range determination of CATC attachment during DNA packaging prior to pleomorphic tegumentation/envelopment. Structure-based mutageneses confirm that a triplex deep binding groove for CATCs is a hotspot that holds promise for antiviral development.
リンクCell / PubMed:31447177 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 7.6 Å
構造データ

EMDB-20430:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 virion capsid reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-20431:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 portal vertex reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-20432, PDB-6ppb:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C5 portal vertex structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-20433, PDB-6ppd:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 penton vertex register, CATC-absent structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-20436, PDB-6pph:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 penton vertex register, CATC-binding structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-20437, PDB-6ppi:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C12 portal dodecamer structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

由来
  • Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
  • HHV-8 (ヘルペスウイルス)
  • human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
キーワードCapsid (カプシド) / Capsid Proteins (カプシド) / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / DNA Packaging (染色体) / DNA, Viral (デオキシリボ核酸) / Genome, Viral (ゲノム) / Herpesvirus 8, Human (ヘルペスウイルス科) / Humans (ヒト) / Models, Molecular / Sarcoma, Kaposi / Virus Assembly (ウイルス) / VIRAL PROTEIN / genome (ゲノム) / portal / genome packaging / VIRUS (ウイルス) / tegument / vertex / complex

+
EMN文献について

-
お知らせ

-
2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

-
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

  • EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。Excelなどでダウンロードしたデータを読み込むことができます。
    ページデータフォーマット
    EM Navigator 検索検索結果 CSV, TSV, JSON
    EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

+
2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

すべてのお知らせ

-
EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る