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タイトルCryo-EM Structure of Chikungunya Virus in Complex with the Mxra8 Receptor.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 177, Issue 7, Page 1725-1737.e16, Year 2019
掲載日2019年6月13日
著者Katherine Basore / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Rong Zhang / Brittany K Smith / Carla Uranga / Lo Vang / Ming Cheng / Michael L Gross / Jonathan Smith / Michael S Diamond / Daved H Fremont /
PubMed 要旨Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal ...Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal structure of Mxra8 and 4 to 5 Å resolution cryo-electron microscopy reconstructions of Mxra8 bound to chikungunya (CHIKV) virus-like particles and infectious virus. The Mxra8 ectodomain contains two strand-swapped Ig-like domains oriented in a unique disulfide-linked head-to-head arrangement. Mxra8 binds by wedging into a cleft created by two adjacent CHIKV E2-E1 heterodimers in one trimeric spike and engaging a neighboring spike. Two binding modes are observed with the fully mature VLP, with one Mxra8 binding with unique contacts. Only the high-affinity binding mode was observed in the complex with infectious CHIKV, as viral maturation and E3 occupancy appear to influence receptor binding-site usage. Our studies provide insight into how Mxra8 binds CHIKV and creates a path for developing alphavirus entry inhibitors.
リンクCell / PubMed:31080061 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.2 - 4.99 Å
構造データ

EMDB-9393, PDB-6nk5:
Electron Cryo-Microscopy Of Chikungunya VLP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.16 Å

EMDB-9394, PDB-6nk6:
Electron Cryo-Microscopy Of Chikungunya VLP in complex with mouse Mxra8 receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.06 Å

EMDB-9395, PDB-6nk7:
Electron Cryo-Microscopy of Chikungunya in Complex with Mouse Mxra8 Receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.99 Å

PDB-6nk3:
Crystal structure of murine Mxra8 ectodomain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • chikungunya virus (strain 37997) (チクングニア熱)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • chikungunya virus strain senegal 37997 (チクングニア熱)
  • chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
キーワードCELL INVASION / Chikungunya (チクングニア熱) / virus receptor / Immunoglobulin-like (抗体) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / virus-like particle (ウイルス様粒子) / VIRUS LIKE PARTICLE/SIGNALING PROTEIN / viral receptor / Mxra8 / VIRUS LIKE PARTICLE-SIGNALING PROTEIN complex / VIRUS (ウイルス)

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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