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タイトルCalicivirus VP2 forms a portal-like assembly following receptor engagement.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 565, Issue 7739, Page 377-381, Year 2019
掲載日2019年1月9日
著者Michaela J Conley / Marion McElwee / Liyana Azmi / Mads Gabrielsen / Olwyn Byron / Ian G Goodfellow / David Bhella /
PubMed 要旨To initiate infection, many viruses enter their host cells by triggering endocytosis following receptor engagement. However, the mechanisms by which non-enveloped viruses escape the endosome are ...To initiate infection, many viruses enter their host cells by triggering endocytosis following receptor engagement. However, the mechanisms by which non-enveloped viruses escape the endosome are poorly understood. Here we present near-atomic-resolution cryo-electron microscopy structures for feline calicivirus both undecorated and labelled with a soluble fragment of its cellular receptor, feline junctional adhesion molecule A. We show that VP2, a minor capsid protein encoded by all caliciviruses, forms a large portal-like assembly at a unique three-fold axis of symmetry, following receptor engagement. This assembly-which was not detected in undecorated virions-is formed of twelve copies of VP2, arranged with their hydrophobic N termini pointing away from the virion surface. Local rearrangement at the portal site leads to the opening of a pore in the capsid shell. We hypothesize that the portal-like assembly functions as a channel for the delivery of the calicivirus genome, through the endosomal membrane, into the cytoplasm of a host cell, thereby initiating infection. VP2 was previously known to be critical for the production of infectious virus; our findings provide insights into its structure and function that advance our understanding of the Caliciviridae.
リンクNature / PubMed:30626974
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.75 Å
構造データ

EMDB-0054, PDB-6gsh:
Feline Calicivirus Strain F9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-0056, PDB-6gsi:
Feline Calicivirus Strain F9 bound to a soluble ectodomain fragment of feline junctional adhesion molecule A - leading to assembly of a portal structure at a unique three-fold axis.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • feline calicivirus (ネコカリシウイルス)
  • felis catus (イエネコ)
  • feline calicivirus strain f9 (ネコカリシウイルス)
  • FCV (ネコカリシウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / Capsid (カプシド) / Calicivirus (カリシウイルス科) / Vesivirus / Vp1 / portal / Vp2 / junctional-adhesion molecule A

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

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EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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