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タイトルCryo-EM structures of KdpFABC suggest a K transport mechanism via two inter-subunit half-channels.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 4971, Year 2018
掲載日2018年11月26日
著者C Stock / L Hielkema / I Tascón / D Wunnicke / G T Oostergetel / M Azkargorta / C Paulino / I Hänelt /
PubMed 要旨P-type ATPases ubiquitously pump cations across biological membranes to maintain vital ion gradients. Among those, the chimeric K uptake system KdpFABC is unique. While ATP hydrolysis is accomplished ...P-type ATPases ubiquitously pump cations across biological membranes to maintain vital ion gradients. Among those, the chimeric K uptake system KdpFABC is unique. While ATP hydrolysis is accomplished by the P-type ATPase subunit KdpB, K has been assumed to be transported by the channel-like subunit KdpA. A first crystal structure uncovered its overall topology, suggesting such a spatial separation of energizing and transporting units. Here, we report two cryo-EM structures of the 157 kDa, asymmetric KdpFABC complex at 3.7 Å and 4.0 Å resolution in an E1 and an E2 state, respectively. Unexpectedly, the structures suggest a translocation pathway through two half-channels along KdpA and KdpB, uniting the alternating-access mechanism of actively pumping P-type ATPases with the high affinity and selectivity of K channels. This way, KdpFABC would function as a true chimeric complex, synergizing the best features of otherwise separately evolved transport mechanisms.
リンクNat Commun / PubMed:30478378 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 4.0 Å
構造データ

EMDB-0257, PDB-6hra:
Cryo-EM structure of the KdpFABC complex in an E1 outward-facing state (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-0258, PDB-6hrb:
Cryo-EM structure of the KdpFABC complex in an E2 inward-facing state (state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • Escherichia coli K-12 (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / P-type ATPase superfamily of K+ transporters (SKT) potassium uptake system four subunit complex

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
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