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タイトルArchitecture of the CBF3-centromere complex of the budding yeast kinetochore.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 25, Issue 12, Page 1103-1110, Year 2018
掲載日2018年11月26日
著者Kaige Yan / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford /
PubMed 要旨Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into ...Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into three centromeric determining elements (CDEs), and are associated with the centromere-specific nucleosome Cse4. Deposition of Cse4 at CEN loci is dependent on the CBF3 complex that engages CDEIII to direct Cse4 nucleosomes to CDEII. To understand how CBF3 recognizes CDEIII and positions Cse4, we determined a cryo-EM structure of a CBF3-CEN complex. CBF3 interacts with CEN DNA as a head-to-head dimer that includes the whole of CDEIII and immediate 3' regions. Specific CEN-binding of CBF3 is mediated by a Cep3 subunit of one of the CBF3 protomers that forms major groove interactions with the conserved and essential CCG and TGT motifs of CDEIII. We propose a model for a CBF3-Cse4-CEN complex with implications for understanding CBF3-directed deposition of the Cse4 nucleosome at CEN loci.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:30478265 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 8.5 Å
構造データ

EMDB-0095, PDB-6gyp:
Cryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the budding yeast kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-0096, PDB-6gys:
Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-0097, PDB-6gyu:
Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-11626:
Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex (Cenp-HIKTW)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

化合物

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン / メチオニン

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン

ChemComp-ASN:
ASPARAGINE / アスパラギン / アスパラギン

ChemComp-ARG:
ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン / アルギニン

ChemComp-THR:
THREONINE / トレオニン / トレオニン

ChemComp-GLN:
GLUTAMINE / グルタミン / グルタミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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