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タイトルPromoter Distortion and Opening in the RNA Polymerase II Cleft.
ジャーナル・号・ページMol. Cell, Vol. 73, Issue 1, Page 97-106.e4, Year 2019
掲載日2019年1月3日
著者Christian Dienemann / Björn Schwalb / Sandra Schilbach / Patrick Cramer
External linksPubMed:30472190 / Publisher's page
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Rna polymerase II / transcription initiation (転写 (生物学)) / promoter opening / rna polymerase II / promoter dna opening / rna polymerase ii
手法EM (単粒子)
分解能4.8 - 6.7 A
構造データ

EMDB-0090:
Structure of a yeast closed complex (core CC1)

EMDB-0091:
Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist)

EMDB-0092:
Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist)

PDB-6gyk:
Structure of a yeast closed complex (core CC1)

PDB-6gyl:
Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist)

PDB-6gym:
Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist)

化合物

ChemComp-ZN:
ZINC ION亜鉛

ChemComp-MG:
MAGNESIUM IONマグネシウム

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)

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EMN文献について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報: EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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