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Structure paper

タイトルEvolutionary shift toward protein-based architecture in trypanosomal mitochondrial ribosomes.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 362, Issue 6413, Year 2018
掲載日2018年10月26日
著者David J F Ramrath / Moritz Niemann / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Céline Prange / Elke K Horn / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
PubMed 要旨Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , ...Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , a unicellular parasite that causes sleeping sickness in humans. The trypanosomal mitoribosome features the smallest rRNAs and contains more proteins than all known ribosomes. The structure shows how the proteins have taken over the role of architectural scaffold from the rRNA: They form an autonomous outer shell that surrounds the entire particle and stabilizes and positions the functionally important regions of the rRNA. Our results also reveal the "minimal" set of conserved rRNA and protein components shared by all ribosomes that help us define the most essential functional elements.
リンクScience / PubMed:30213880
手法EM (単粒子)
解像度3.08 - 7.8 Å
構造データ

EMDB-0229, PDB-6hiv:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the complete mitoribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-0230, PDB-6hiw:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the complete small mitoribosomal subunit in complex with mt-IF-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

EMDB-0231, PDB-6hix:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the large mitoribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-0232, PDB-6hiy:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the body of the small mitoribosomal subunit in complex with mt-IF-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

EMDB-0233, PDB-6hiz:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the head of the small mitoribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン / スペルミジン

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM / ウリジン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン / スペルミン

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

ChemComp-SER:
SERINE / セリン / セリン

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitoribosome / translation (翻訳 (生物学)) / Trypanosoma (トリパノソーマ) / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 12S rRNA / 9S rRNA / ribosomal protein / mitochondrial initiation factor IF-3

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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