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Structure paper

タイトルAtomic-level evidence for packing and positional amyloid polymorphism by segment from TDP-43 RRM2.
ジャーナル・号・ページNat. Struct. Mol. Biol., Vol. 25, Issue 4, Page 311-319, Year 2018
掲載日--
著者Elizabeth L Guenther / Peng Ge / Hamilton Trinh / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / David R Boyer / Tamir Gonen / Z Hong Zhou / David S Eisenberg
External linksPubMed:29531287 / Publisher's page
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid (アミロイド) / steric zipper
手法EM (電子線結晶学) / EM (らせん対称) / X線回折
分解能1.4 - 3.8 A
構造データ

EMDB-8765:
MicroED structure of the segment, DLIIKGISVHI, from the RRM2 of TDP-43, residues 247-257

EMDB-8781:
CryoEM structure of the segment, DLIIKGISVHI, assembled into a triple-helical fibril

PDB-5w50:
Crystal structure of the segment, LIIKGI, from the RRM2 of TDP-43, residues 248-253

PDB-5w52:
MicroED structure of the segment, DLIIKGISVHI, from the RRM2 of TDP-43, residues 247-257

PDB-5w7v:
CryoEM structure of the segment, DLIIKGISVHI, assembled into a triple-helical fibril

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • homo sapiens (ヒト)

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EMN文献について

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お知らせ

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2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会のの資料

2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会のの資料

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報: EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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