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タイトルIn vitro evolution of an influenza broadly neutralizing antibody is modulated by hemagglutinin receptor specificity.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 8, Page 15371, Year 2017
掲載日2017年5月15日
著者Nicholas C Wu / Geramie Grande / Hannah L Turner / Andrew B Ward / Jia Xie / Richard A Lerner / Ian A Wilson /
PubMed 要旨The relatively recent discovery and characterization of human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza virus provide valuable insights into antiviral and vaccine development. ...The relatively recent discovery and characterization of human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza virus provide valuable insights into antiviral and vaccine development. However, the factors that influence the evolution of high-affinity bnAbs remain elusive. We therefore explore the functional sequence space of bnAb C05, which targets the receptor-binding site (RBS) of influenza haemagglutinin (HA) via a long CDR H3. We combine saturation mutagenesis with yeast display to enrich for C05 variants of CDR H3 that bind to H1 and H3 HAs. The C05 variants evolve up to 20-fold higher affinity but increase specificity to each HA subtype used in the selection. Structural analysis reveals that the fine specificity is strongly influenced by a highly conserved substitution that regulates receptor binding in different subtypes. Overall, this study suggests that subtle natural variations in the HA RBS between subtypes and species may differentially influence the evolution of high-affinity bnAbs.
リンクNat Commun / PubMed:28504265 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.97 - 18.0 Å
構造データ

EMDB-8578:
Negative Stain EM of C05 mutant Fab (VPGSGW) and CR9114 Fab in complex with H1 HA Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

PDB-5umn:
Crystal structure of C05 VPGSGW mutant bound to H3 influenza hemagglutinin, HA1 subunit
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-FLC:
CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Influenza (インフルエンザ) / Fab / Hemagglutinin (ヘマグルチニン)

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

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