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タイトルStructural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 169, Issue 1, Page 120-131.e22, Year 2017
掲載日2017年3月23日
著者Christoph Engel / Tobias Gubbey / Simon Neyer / Sarah Sainsbury / Christiane Oberthuer / Carlo Baejen / Carrie Bernecky / Patrick Cramer /
PubMed 要旨Transcription initiation at the ribosomal RNA promoter requires RNA polymerase (Pol) I and the initiation factors Rrn3 and core factor (CF). Here, we combine X-ray crystallography and cryo-electron ...Transcription initiation at the ribosomal RNA promoter requires RNA polymerase (Pol) I and the initiation factors Rrn3 and core factor (CF). Here, we combine X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to obtain a molecular model for basal Pol I initiation. The three-subunit CF binds upstream promoter DNA, docks to the Pol I-Rrn3 complex, and loads DNA into the expanded active center cleft of the polymerase. DNA unwinding between the Pol I protrusion and clamp domains enables cleft contraction, resulting in an active Pol I conformation and RNA synthesis. Comparison with the Pol II system suggests that promoter specificity relies on a distinct "bendability" and "meltability" of the promoter sequence that enables contacts between initiation factors, DNA, and polymerase.
リンクCell / PubMed:28340337
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.2 - 7.7 Å
構造データ

EMDB-3590, PDB-5n5y:
Cryo-EM structure of RNA polymerase I in complex with Rrn3 and Core Factor (Orientation III)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-3591, PDB-5n5z:
Cryo-EM structure of RNA polymerase I in complex with Rrn3 and Core Factor (Orientation II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-3592, PDB-5n60:
Cryo-EM structure of RNA polymerase I in complex with Rrn3 and Core Factor (Orientation I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-3593, PDB-5n61:
RNA polymerase I initially transcribing complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-3594: RNA polymerase I initially transcribing complex with visible tandem Winged Helix domain
PDB-5n61: RNA polymerase I initially transcribing complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

PDB-5o7x:
CRYSTAL STRUCTURE OF S. CEREVISIAE CORE FACTOR AT 3.2A RESOLUTION
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase I initiation / TRANSFERASE (転移酵素) / RNA polymerase I (RNAポリメラーゼI) / initially transcribing complex / CORE FACTOR

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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