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万見
- EMDB-5903: 3D Reconstruction of Membrane Protein Complex ExbB4-ExbD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5903
タイトル3D Reconstruction of Membrane Protein Complex ExbB4-ExbD2
マップデータExbB4-ExbD2 complex with ExbD periplasmic domains dimerized in the membrane-parallel position
試料
  • 試料: Membrane protein complex ExbB4-ExbD2 from Escherichia coli生体膜
  • タンパク質・ペプチド: Biopolymer Transport Protein ExbB
  • タンパク質・ペプチド: Biopolymer Transport Protein ExbD
キーワードMembrane protein complex (生体膜) / coordinated rearrangement / flexible domain
機能・相同性
機能・相同性情報


energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / protein import / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter complex / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein transport ...energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / protein import / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter complex / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein transport / intracellular iron ion homeostasis / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / protein homodimerization activity / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
TonB-system energizer ExbB type-1 / TonB-system energizer ExbB type-1 / TonB system transport protein ExbD type-1 / TonB system transport protein ExbD type-1 / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family
類似検索 - ドメイン・相同性
Biopolymer transport protein ExbB / Biopolymer transport protein ExbD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Sverzhinsky A / Fabre L / Cottreau AL / Biot-Pelletier DMP / Khalil S / Bostina M / Rouiller I / Coulton JW
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Coordinated rearrangements between cytoplasmic and periplasmic domains of the membrane protein complex ExbB-ExbD of Escherichia coli.
著者: Aleksandr Sverzhinsky / Lucien Fabre / Andrew L Cottreau / Damien M P Biot-Pelletier / Sofia Khalil / Mihnea Bostina / Isabelle Rouiller / James W Coulton /
要旨: Gram-negative bacteria rely on the ExbB-ExbD-TonB system for the import of essential nutrients. Despite decades of research, the stoichiometry, subunit organization, and mechanism of action of the ...Gram-negative bacteria rely on the ExbB-ExbD-TonB system for the import of essential nutrients. Despite decades of research, the stoichiometry, subunit organization, and mechanism of action of the membrane proteins of the Ton system remain unclear. We copurified ExbB with ExbD as an ∼240 kDa protein-detergent complex, measured by light scattering and by native gels. Quantitative Coomassie staining revealed a stoichiometry of ExbB4-ExbD2. Negative stain electron microscopy and 2D analysis showed particles of ∼10 nm diameter in multiple structural states. Nanogold labeling identified the position of the ExbD periplasmic domain. Random conical tilt was used to reconstruct the particles in three structural states followed by sorting of the single particles and refinement of each state. The different states are interpreted by coordinated structural rearrangements between the cytoplasmic domain and the periplasmic domain, concordant with in vivo predictions.
履歴
登録2014年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月5日-
マップ公開2014年4月9日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5903.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ExbB4-ExbD2 complex with ExbD periplasmic domains dimerized in the membrane-parallel position
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.036 / ムービー #1: 0.036
最小 - 最大-0.08121978 - 0.09978295
平均 (標準偏差)-0.00111288 (±0.01272697)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z281.600281.600281.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0810.100-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Membrane protein complex ExbB4-ExbD2 from Escherichia coli

全体名称: Membrane protein complex ExbB4-ExbD2 from Escherichia coli生体膜
要素
  • 試料: Membrane protein complex ExbB4-ExbD2 from Escherichia coli生体膜
  • タンパク質・ペプチド: Biopolymer Transport Protein ExbB
  • タンパク質・ペプチド: Biopolymer Transport Protein ExbD

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超分子 #1000: Membrane protein complex ExbB4-ExbD2 from Escherichia coli

超分子名称: Membrane protein complex ExbB4-ExbD2 from Escherichia coli
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Four ExbB in complex with two ExbD / Number unique components: 2
分子量理論値: 139 KDa

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分子 #1: Biopolymer Transport Protein ExbB

分子名称: Biopolymer Transport Protein ExbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ExbB / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 細胞中の位置: Cytoplasmic Membrane
分子量理論値: 26 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: M15 / 組換プラスミド: pQE60
配列UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbB / GO: membrane => GO:0016020 / InterPro: TonB-system energizer ExbB type-1

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分子 #2: Biopolymer Transport Protein ExbD

分子名称: Biopolymer Transport Protein ExbD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: ExbD / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 細胞中の位置: Cytoplasmic Membrane
分子量理論値: 17 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: M15 / 組換プラスミド: pQE60
配列UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbD / GO: membrane => GO:0016020 / InterPro: TonB system transport protein ExbD type-1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.01% DDM
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein were stained with 1.5% uranyl formate for 1 minute.
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 67147 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 67000
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 50,000x magnification
日付2013年3月27日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each Micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp, EMAN2, SPARX / 使用した粒子像数: 5562
詳細Manual particle picking from random conical tilt pairs, 3D classification, projection matching angular refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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