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- EMDB-1269: Structure of bacteriophage SPP1 tail reveals trigger for DNA ejection. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1269
タイトルStructure of bacteriophage SPP1 tail reveals trigger for DNA ejection.
マップデータccp4 map of the tip of the bacteriophage spp1
試料
  • 試料: Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1
  • タンパク質・ペプチド: interface tail-tip
  • タンパク質・ペプチド: tip fiber
生物種Bacillus phage SPP1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Plisson C / White HE / Auzat I / Sao-jose C / Lhuillier S / Tavares P / Orlova EV
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2007
タイトル: Structure of bacteriophage SPP1 tail reveals trigger for DNA ejection.
著者: Celia Plisson / Helen E White / Isabelle Auzat / Amineh Zafarani / Carlos São-José / Sophie Lhuillier / Paulo Tavares / Elena V Orlova /
要旨: The majority of known bacteriophages have long noncontractile tails (Siphoviridae) that serve as a pipeline for genome delivery into the host cytoplasm. The tail extremity distal from the phage head ...The majority of known bacteriophages have long noncontractile tails (Siphoviridae) that serve as a pipeline for genome delivery into the host cytoplasm. The tail extremity distal from the phage head is an adsorption device that recognises the bacterial receptor at the host cell surface. This interaction generates a signal transmitted to the head that leads to DNA release. We have determined structures of the bacteriophage SPP1 tail before and after DNA ejection. The results reveal extensive structural rearrangements in the internal wall of the tail tube. We propose that the adsorption device-receptor interaction triggers a conformational switch that is propagated as a domino-like cascade along the 1600 A-long helical tail structure to reach the head-to-tail connector. This leads to opening of the connector culminating in DNA exit from the head into the host cell through the tail tube.
履歴
登録2006年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年9月22日-
マップ公開2007年9月7日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00848698
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00848698
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1269.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ccp4 map of the tip of the bacteriophage spp1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00819 / ムービー #1: 0.008487
最小 - 最大-0.00608738 - 0.15806589
平均 (標準偏差)0.00082439 (±0.00736948)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin818161
サイズ8080130
Spacing8080130
セルA: 264.0 Å / B: 264.0 Å / C: 429.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.33.33.3
M x/y/z8080130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.000264.000429.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS818161
NC/NR/NS8080130
D min/max/mean-0.0060.1580.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1

全体名称: Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1
要素
  • 試料: Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1
  • タンパク質・ペプチド: interface tail-tip
  • タンパク質・ペプチド: tip fiber

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超分子 #1000: Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1

超分子名称: Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The total number of proteins that compose the tail Tip is still under investigation.
Number unique components: 2

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分子 #1: interface tail-tip

分子名称: interface tail-tip / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gp19.1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 別称: Bacteriophage SPP1
分子量実験値: 28.5 KDa

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分子 #2: tip fiber

分子名称: tip fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: gp21 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 別称: Bacteriophage SPP1
分子量実験値: 123 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris-Cl, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 3.5 microliter of sample was applied onto carbon-coated copper grids, which were glow-discharged for 30 seconds. The sample was left for 1-2 minutes on the grids before blotting and staining ...詳細: 3.5 microliter of sample was applied onto carbon-coated copper grids, which were glow-discharged for 30 seconds. The sample was left for 1-2 minutes on the grids before blotting and staining with a solution of 2% uranyl acetate.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 43475 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan single tilt negative stain holder / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度平均: 298 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
詳細Low Dose Imaging
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 20 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 2.5 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC
詳細: The 3D reconstruction has been caried out using a C3 symmetry and the exact-filter back projection method.
使用した粒子像数: 364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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