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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mxn | ||||||
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タイトル | Atomic model of the VipA/VipB/Hcp, the type six secretion system non-contractile sheath-tube of Vibrio cholerae from cryo-EM | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Type IV secretion system / protein export | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hcp1-like / Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily ...Hcp1-like / Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Brackmann, M. / Castano-Diez, D. / Kudryashev, M. / Goldie, K. / Maier, T. / Stahlberg, H. / Basler, M. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of the extended type VI secretion system sheath-tube complex. 著者: Jing Wang / Maximilian Brackmann / Daniel Castaño-Díez / Mikhail Kudryashev / Kenneth N Goldie / Timm Maier / Henning Stahlberg / Marek Basler / 要旨: The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited ...The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited structural information is available about the inherently unstable precontraction state of the T6SS. Here, we obtain a 3.7 Å resolution structure of a non-contractile sheath-tube complex using cryo-electron microscopy and show that it resembles the extended T6SS inside Vibrio cholerae cells. We build a pseudo-atomic model of the complete sheath-tube assembly, which provides a mechanistic understanding of coupling sheath contraction with pushing and rotating the inner tube for efficient target membrane penetration. Our data further show that sheath contraction exposes a buried recognition domain to specifically trigger the disassembly and recycling of the T6SS sheath by the cognate ATP-dependent unfoldase ClpV. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mxn.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mxn.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mxn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mxn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3566MC 3563C 3564C 3567C 5myuC 5ojqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10086 (タイトル: Cryo EM of Type VI Secretion System VipA-N3/VipB/Hcp complex Data size: 26.2 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of T6SS VipA-N3/VipB/Hcp complex [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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モデル数 | 3 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18878.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: hcp, hcpA, BFX32_16515, DA89_871, DN30_6, EN12_06865, EN12_14165 発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: P72350 #2: タンパク質 | 分子量: 53514.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: BFX10_13915, BFX32_16935, DA89_2095, DN30_1329, EN12_14575, ERS013193_00899 発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: A0A085SGI6, UniProt: Q9KN57*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 17511.895 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: BFX10_13910, BFX32_16930, DA89_2094, DN30_1328, EN12_14570 発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: A0A085SRC0, UniProt: Q9KN58*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Type six secretion system tube in complex with non-contractile sheath タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 23.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 37.8 Å / らせん対称軸の対称性: C6 | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL |