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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3708 | |||||||||
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タイトル | Negative-stain surface of SorCS1 monomer | |||||||||
マップデータ | Negative stain surface of mSorCS1 monomer | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Moeller A / Januliene D | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Hidden Twins: SorCS Neuroreceptors Form Stable Dimers. 著者: Dovile Januliene / Arulmani Manavalan / Peter Lund Ovesen / Karen-Marie Pedersen / Søren Thirup / Anders Nykjær / Arne Moeller / 要旨: SorCS1, SorCS2 and SorCS3 belong to the Vps10p-domain family of multiligand receptors. Genetic and functional studies have linked SorCS receptors to psychiatric disorders, Alzheimer's disease and ...SorCS1, SorCS2 and SorCS3 belong to the Vps10p-domain family of multiligand receptors. Genetic and functional studies have linked SorCS receptors to psychiatric disorders, Alzheimer's disease and type 2 diabetes, demonstrating critical roles in neuronal functionality and metabolic control. Surprisingly, their structural composition has so far not been studied. Here we have characterized SorCS1, SorCS2 and SorCS3 using biochemical methods and electron microscopy. We found that their purified extracellular domains co-exist in stable dimeric and monomeric populations. This was supported by co-immunoprecipitation experiments, where membrane-bound dimers were successfully pulled down from cell lysate. While dimers were virtually unbreakable, dimerization of the monomeric population was promoted through enzymatic deglycosylation. We conclude that post-translational modifications, specifically the degree and pattern of glycosylation, regulate the oligomeric state of the protein. Hence, cells may dictate ligand specificity by controlling the ratio between monomers and dimers and, therefore, regulate the multiple functions of SorCS receptors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3708.map.gz | 80.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3708-v30.xml emd-3708.xml | 8 KB 8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3708.png | 29.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3708 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3708 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 85.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain surface of mSorCS1 monomer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SorCS1
全体 | 名称: SorCS1 |
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要素 |
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-超分子 #1: SorCS1
超分子 | 名称: SorCS1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
分子量 | 実験値: 140 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34000 |