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- EMDB-22481: Composite cryo-EM density map of radial spoke 2 stalk, IDAc, and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22481
タイトルComposite cryo-EM density map of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
  • リガンド: x 4種
キーワードcilia / native / complex / microtubule / mechanoregulation / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cilium movement / inner dynein arm / axonemal dynein complex assembly / epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry / inner dynein arm assembly / axonemal dynein complex / cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / cilium movement ...regulation of cilium movement / inner dynein arm / axonemal dynein complex assembly / epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry / inner dynein arm assembly / axonemal dynein complex / cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / cilium movement / motile cilium assembly / axoneme assembly / dynein heavy chain binding / flagellated sperm motility / dynein complex / cytoplasmic dynein complex / ciliary plasm / motile cilium / dynein intermediate chain binding / axoneme / microtubule-based process / centriole / GTPase activator activity / acrosomal vesicle / filopodium / cell projection / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cilium / structural constituent of cytoskeleton / small GTPase binding / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Axonemal dynein light chain / Dynein regulatory complex protein 1, C-terminal / : / Axonemal dynein light chain / Sperm tail C-terminal domain / Radial spoke protein 14 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 domain / Coiled-coil domain-containing protein 39 / Coiled-coil domain-containing protein 40 ...Axonemal dynein light chain / Dynein regulatory complex protein 1, C-terminal / : / Axonemal dynein light chain / Sperm tail C-terminal domain / Radial spoke protein 14 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 domain / Coiled-coil domain-containing protein 39 / Coiled-coil domain-containing protein 40 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Growth arrest-specific protein 8 domain / Growth arrest-specific protein 8 / Dynein regulatory complex protein 1/2, N-terminal / Dynein regulatory complex protein / Growth-arrest specific micro-tubule binding / Sperm tail / Radial spoke 3 / Radial spoke protein 3 / : / : / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / MORN motif / MORN repeat / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / EF hand / IQ calmodulin-binding motif / Leucine Rich repeat / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Actin / Actin family / Actin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Leucine-rich repeat / EF-hand domain pair / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / ATPase, nucleotide binding domain / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Armadillo-like helical / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar-associated protein 172 / Flagellar-associated protein 59 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Flagellar associated protein / MORN repeat-containing protein 3 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / Dynein regulatory complex subunit 2 / Tubulin beta-1/beta-2 chain ...Flagellar-associated protein 172 / Flagellar-associated protein 59 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Flagellar associated protein / MORN repeat-containing protein 3 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / Dynein regulatory complex subunit 2 / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Dynein regulatory complex protein 1 / Actin / Radial spoke protein 11 / Radial spike protein 8 / Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm / 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal / Dynein regulatory complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Gui M / Ma M / Sze-Tu E / Wang X / Koh F / Zhong E / Berger B / Davis J / Dutcher S / Zhang R / Brown A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of radial spokes and associated complexes important for ciliary motility.
著者: Miao Gui / Meisheng Ma / Erica Sze-Tu / Xiangli Wang / Fujiet Koh / Ellen D Zhong / Bonnie Berger / Joseph H Davis / Susan K Dutcher / Rui Zhang / Alan Brown /
要旨: In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two ...In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two complementary cryo-EM strategies to determine structures of the major mechanoregulators that bind ciliary doublet microtubules in Chlamydomonas reinhardtii. We determine structures of isolated radial spoke RS1 and the microtubule-bound RS1, RS2 and the nexin-dynein regulatory complex (N-DRC). From these structures, we identify and build atomic models for 30 proteins, including 23 radial-spoke subunits. We reveal how mechanoregulatory complexes dock to doublet microtubules with regular 96-nm periodicity and communicate with one another. Additionally, we observe a direct and dynamically coupled association between RS2 and the dynein motor inner dynein arm subform c (IDAc), providing a molecular basis for the control of motor activity by mechanical signals. These structures advance our understanding of the role of mechanoregulation in defining the ciliary waveform.
履歴
登録2020年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-7ju4
  • 表面レベル: 0.018
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ju4
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22481.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.403 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大0.0 - 0.17338881
平均 (標準偏差)0.000104659746 (±0.0013935497)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ832832832
Spacing832832832
セルA=B=C: 1167.296 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4031.4031.403
M x/y/z832832832
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1167.2961167.2961167.296
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS832832832
D min/max/mean0.0000.1730.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22481_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_22481_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #3

ファイルemd_22481_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #4

ファイルemd_22481_msk_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_22481_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_22481_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_22481_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_22481_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with do...

全体名称: Complex of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
要素
  • 複合体: Complex of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
    • タンパク質・ペプチド: Dynein regulatory complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Dynein regulatory complex protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Dynein regulatory complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar-associated protein 59
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar-associated protein 172
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 11
    • タンパク質・ペプチド: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 15
    • タンパク質・ペプチド: FAP207
    • タンパク質・ペプチド: Radial spike protein 8
    • タンパク質・ペプチド: FAP253
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal
    • タンパク質・ペプチド: CFAP91 domain-containing protein
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Complex of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with do...

超分子名称: Complex of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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分子 #1: Dynein regulatory complex subunit 4

分子名称: Dynein regulatory complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 55.207887 KDa
配列文字列: MAPKKKGTKK ESKKDAVATG DIEGASVEEL NQKIGTLEKE KNKEEEYRNY MQLERDKINA FWEITKKDLE DRRAELRNKD REMEEMEER HQVEIKVYKQ KVKHLLYEHQ NNITTLKSDG ELALKLQQDE YRKREGDLGK DKRNLKLELK EQELAHQDII R QLKLEHAK ...文字列:
MAPKKKGTKK ESKKDAVATG DIEGASVEEL NQKIGTLEKE KNKEEEYRNY MQLERDKINA FWEITKKDLE DRRAELRNKD REMEEMEER HQVEIKVYKQ KVKHLLYEHQ NNITTLKSDG ELALKLQQDE YRKREGDLGK DKRNLKLELK EQELAHQDII R QLKLEHAK EITKLRQEFE QQAKDLQSKY EKKMKMLRDD MELRRKQEIH EIEERKNTHI NELMKKHERA FAEIKNYYND IT HNNLDLI KTLKEDVAEM KRREAANEKL MYEIAQDNKK LSEPLSRALK EVELLRQQLA NYDKDKLSLA QTKARLLNAE RQI KNLEWE NEVLSQRFSK VQTERDELYG KFEASIYDVQ QKTGLKSALL EKKVEALGEA LEMKEAQLAE VLTAANLDPG TLAA INQRL EEVLDNKNQI IKALQYDVAK VSKAHNDLIR VYEAKLTEFG IPVDELGFRP LVTNTSTGPA GLVVGA

UniProtKB: Dynein regulatory complex subunit 4

+
分子 #2: Dynein regulatory complex protein 1

分子名称: Dynein regulatory complex protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 79.454133 KDa
配列文字列: MDELQSQTER EARILARRKR IQERLAALRE GDHGGGKEGE NKEEIGKGKQ QIIESKRRLM RVKYRTDQDV SSVRVAGDDR ENQHRIQEE QTRQDLRAKL LAEAEQSARQ NAAVAMRWAD LFSIEVPQDL YNEIESQRQA CERIIASKDK LIGEIKGELK K KDDEFVKT ...文字列:
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UniProtKB: Dynein regulatory complex protein 1

+
分子 #3: Dynein regulatory complex subunit 2

分子名称: Dynein regulatory complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 64.986242 KDa
配列文字列: MVKAGKKVKG ASKVRENETE EEKKIRLEME ALAADEAERK AQEAARVALR ERQLREQRYA HLNGIKIHNQ WRKIMRMAKV EELRREIEI LSQNHEREVD RKDAIMQMLD RDLEEAEEQY SLAVRSHMLV VDNLLDLQYQ RMRALEAEFA ADLKALEDEF E TERTEIVN ...文字列:
MVKAGKKVKG ASKVRENETE EEKKIRLEME ALAADEAERK AQEAARVALR ERQLREQRYA HLNGIKIHNQ WRKIMRMAKV EELRREIEI LSQNHEREVD RKDAIMQMLD RDLEEAEEQY SLAVRSHMLV VDNLLDLQYQ RMRALEAEFA ADLKALEDEF E TERTEIVN AHTRQRKDMG DMIAAMEGEF ADAEAELRQE YEAQREEIKN RNSEEYNVLK IQLEGIIEEL EKSFELAHRA YL ESTEHRT NTFRTLTKDD AKAALKIERQ MRKLVRLQEA LQHWRTKIAT NGREWEERNR ALRNEKEIMA RHYAKLKSSM DAF RAGQAE RLKQLSLASS GAMETLRGKL AVAENVLKLA ELARKYETEQ EKVLPFWNPA QAVPSGEQGD EEAAAQAEAE AAAL EPSAA ELGELGLRAS MPEDSSKEAP GPSKSSAGPG KPKFSSYGLD PSSGSEVDEW DYLNCFFRRY NKALLDKTAI DKEKS RLER ENADLRSILK QYLDGISVND DVLNNPVNPL LVVNNRLQIT LTERNKARAA AMAQRAAAAT GAGLSVTGQG AGGGGQ KQL VEVQVVSRVS

UniProtKB: Dynein regulatory complex subunit 2

+
分子 #4: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 6.145567 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #5: Tubulin beta

分子名称: Tubulin beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.665809 KDa
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MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVVSDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY FNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRMMLTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENADE CMVLDNEALY DICFRTLKLT TPTFGDLNHL ISAVMSGITC CL RFPGQLN ADLRKLAVNL IPFPRLHFFM VGFTPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMWDAK NMMCAADPRH GRYLTASALF RGR MSTKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKSSVCDI PPKGLKMSAT FIGNSTAIQE MFKRVSEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDASAEEEGE FEGEEEEA

UniProtKB: Tubulin beta-1/beta-2 chain

+
分子 #6: Tubulin alpha

分子名称: Tubulin alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.638008 KDa
配列文字列: MREVISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCIFLDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLAL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN AVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG ...文字列:
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UniProtKB: Tubulin alpha-1 chain

+
分子 #7: Flagellar-associated protein 59

分子名称: Flagellar-associated protein 59 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 105.504469 KDa
配列文字列: MANIDPYRTE EELVEDDEEV DMSFLPPFAK GTENEVLYVE NARMERRLER TERALETNMD RLHIMDEHLK NVQQELKYTQ TRVEAKNKE IESEKHLNAM AEREMGRLKK DIGKMEAERQ ELADKINGLQ NQIYKNNEKL DQFKMLMNWN QEELEQWALA E RQKAEDNA ...文字列:
MANIDPYRTE EELVEDDEEV DMSFLPPFAK GTENEVLYVE NARMERRLER TERALETNMD RLHIMDEHLK NVQQELKYTQ TRVEAKNKE IESEKHLNAM AEREMGRLKK DIGKMEAERQ ELADKINGLQ NQIYKNNEKL DQFKMLMNWN QEELEQWALA E RQKAEDNA ALEKYRHADD GKVKELTLAL ERVSKQVVGR KEELEAEVVE TQAAQIQLDK AAEDFRKLHV ERQDLIRQWE EA VEAMRHR DAAIAAASEQ FAMQKDVLRE RKRELDAQAR FLENETLNTK EADARVAYYE REVGKQRDVL AREQARTEEL NNQ VELVKA TLSKAATELA QRTVENKQAR EDLDAKRQKL DAARKRFVVL KRKLENEFGN LDSMEAKASE LEAMRRGEEA RLKA ILKEH ELLKKEQYKR SQVLFDLRQK ERELISEISG GQGQNKNLAA RIHALDEQVV RQQELLYNVE FQLQQMERKV ARAGG VRSE EETRALNARI EKLTAILEGV NAEYSMLLEQ VKRAEDDLLA ARRANTSLRA DRAKLDETIS TLKLENDMVS RQVKGS VEA REKALVDHDV LALEVKRLRD ILAAHADEVF SLENRKQQLA LSMEERKQEV EVHRDGLRAE LRLLREDVHR ITLELKE RL LRCEKLQAKF EIISAKHRGS GEDDGEERTQ AYYVIKAAQE REALQREGDD LDGRIRVAEK EVAALEATLA QLMAVNTN F AASYKKVGSK EAFEERAALR DKLDKAYDKL KARRADEAAI AGDIQVSEAR LSNLGQEQRS LQALVDDMTR RKAEAQRQL DEQREKLGRA LGRTDKLRQK LGLANSPQGA DVELAEVRDV TRAMLLELKA LALANPGAMI AEACEAAGIR LPSGGSNPPS LGGSRPGSA RSQTSLGSVR SARSVASQQR GGMGGSPAVR TIQLGA

UniProtKB: Flagellar-associated protein 59

+
分子 #8: Flagellar-associated protein 172

分子名称: Flagellar-associated protein 172 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 101.385719 KDa
配列文字列: MADPMDQPST SDPVDNQIFG EQGGLRPDHP LLRRAQEALK VQFEANRTRL QEELREKANA LKQAKARREA LGVELYGFQQ NLAKLQLNL ETTHQNYQVI NRARQQCEDQ LNQLKQQLSL EEGDTKGERS RVEKFQLEMD RLGATLKQVE EYNEAMKGEI A VTRRAAYA ...文字列:
MADPMDQPST SDPVDNQIFG EQGGLRPDHP LLRRAQEALK VQFEANRTRL QEELREKANA LKQAKARREA LGVELYGFQQ NLAKLQLNL ETTHQNYQVI NRARQQCEDQ LNQLKQQLSL EEGDTKGERS RVEKFQLEMD RLGATLKQVE EYNEAMKGEI A VTRRAAYA AEEAVQKLEK QKMEQDFRID TLQDNLKGTQ QQLALVSAQL EAQKRETRAA LETLAEAEAE MENVHFEKKQ LV AQWKSSL LAIQKRDEAL SAIQDGMREQ QQQELSLVLE IEGYKKDVVR EQLKHESLTA VVRKVEGDAV FVQKQIEGAQ ERQ ARLQEI LAKLAKSLEH TEAEVLRVNS EKKALQGEAD AVDRAITKVA AEGRAIEEEM LSALSDQTTA EKATSKTAAD TQEL RKRIR AEELAVVETE NELAKLQVDI LNTEAHNSRL GETLGLLDEE LRDKGRTIEK YELEIKRRND EIEKKTREID ILNRR FERM LEQRGTGEET GPLEATIKNL GREIDTKGSE SKELQRRWIG CQQELVGLQN ENGGLTETLA RLRAEHTVLF QKKRRL EQQ LEGQGKAIKG LTSAMGRLHV DLTRVNGLIA ANSAARQALA EDNFNLEGRI MGDLRAMEEE AARLNSQIEE GRGAKRD TL AEIVEAERQI MLWERKIQLE KEMQEVLDPT VGQDVVAEMK KEIHRMTLRH TELMRLQEKL VSDMEKALTK REIISVKG R ATAAKSKSST PAGSATASSR ASPSASVASS TLTRNQLDRA TTDLAKSIKE TEREIVATEQ RLGALEQQRS AVSAAVAAA DGACLQLRGA EEALRLEAVS AVNARYGLLL ATARAQRTTK RLEDLEAGRY RPVVEDAAAV GEELGRAQDK LGRVVALLEG LRQAAPHLA GELDKVLCHV ADVRA

UniProtKB: Flagellar-associated protein 172

+
分子 #9: Radial spoke protein 3

分子名称: Radial spoke protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 56.856688 KDa
配列文字列: MVQAKAQQQL YTHAAEPKAV QQRRAKYRED ETTQTLPTAN IMFDRRVVRG NTYAARILPA DATQTQTKGP SPASTKKRTT RTLPPRTPE AVDGRRHIDI QTDVYLEELT DTVPEADTST QTDAFLDRPP TPLFVPQKTG TDAITQIENG DLFDFDFEVE P ILEVLVGK ...文字列:
MVQAKAQQQL YTHAAEPKAV QQRRAKYRED ETTQTLPTAN IMFDRRVVRG NTYAARILPA DATQTQTKGP SPASTKKRTT RTLPPRTPE AVDGRRHIDI QTDVYLEELT DTVPEADTST QTDAFLDRPP TPLFVPQKTG TDAITQIENG DLFDFDFEVE P ILEVLVGK VLEQGLMEVL EEEELAAMRA HQEHFEQIRN AELVATQRME AAERRKLEEK ERRMQQERER VERERVVRQK VA ASAFARG YLSGIVNTVF DRLVSSGYIY DPVMREVETA FMPWLKEQAI GYLARGVVAR RVVDKLVEDA AAALAANRST LAD KAASTA ATVDAWAERQ AKMEAELQGK ELEAVRRRPT FVLRELKPAV ASADAVEAAA AELTAQAEEA ANAKWEADKA EAAE KARAE AEAAAEEQKA LLEELAATAA AEAEERGEEP PAEPPSLPDG VEPVDVEAEV AKAVEAVPKP PVKEVTDIDI LSYMM DKGA ITKDAIIQAL AVHALGDKAY TNHPAFAEAE GA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: Radial spoke protein 7

分子名称: Radial spoke protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 54.781898 KDa
配列文字列: MSSTYQKPIT IPGDFPAILK AFTREILRAQ PSNIYEFGAR YFSGLQGQAE PEGLGRAAPV EPASTSHAAT SKATDVEETA VMFDIAALT PAELEPILMK LFIEADADRS GFLDRHEFTA VLRNANLKLS DRQIRQILAE ADENDDDVIQ YKEFLPIMVD I LQSIKAKE ...文字列:
MSSTYQKPIT IPGDFPAILK AFTREILRAQ PSNIYEFGAR YFSGLQGQAE PEGLGRAAPV EPASTSHAAT SKATDVEETA VMFDIAALT PAELEPILMK LFIEADADRS GFLDRHEFTA VLRNANLKLS DRQIRQILAE ADENDDDVIQ YKEFLPIMVD I LQSIKAKE QAKAMMHGVE TMVRTEVETM LLHGLPQEEL QALMLKVFKK ADADGSGQLN RHEFKEALKA AELGLTRKDI NL ILSHIDV DRDGLVSYEE FIPVCFQVLV ERFKDEIVVN DILGNADELQ QMLLGAFRDA DPDNTGLLSQ RQVKSIFKEL SYK ALGLTT LQMVSLISQA PTTPDGMVQY IQFVPQAASI IRSMYDVETM KGRMHAIKAV AEAGGIAALG ALDLDQLRGV LEQA FQRVD TEGAGQLTLP QVTQVLDGLN SLAPDANLAL SDQHMKAMFA AIDADESGTV DWTELVNFIC DALEHIEREA YVANM RDGG AGGAGEAEAS PGDEEA

UniProtKB: EF-hand domain-containing protein

+
分子 #11: Radial spoke protein 11

分子名称: Radial spoke protein 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.504635 KDa
配列文字列: MDVEPIFCAE QIVIPHNLAD ILKAYTKEVI RRQPTDLIAF SAKYFTNLAN VASGVSNSSA PAKEQLRQVY TRGGSGGATL TESQVTGLC QQAGIADAVV AKVMEVGAFT PAAVDLSKFV FLCLAMSCED FNRVCMGVFD VFSDNGSLPA QDLLTLIAHL G PDMDPEVT ...文字列:
MDVEPIFCAE QIVIPHNLAD ILKAYTKEVI RRQPTDLIAF SAKYFTNLAN VASGVSNSSA PAKEQLRQVY TRGGSGGATL TESQVTGLC QQAGIADAVV AKVMEVGAFT PAAVDLSKFV FLCLAMSCED FNRVCMGVFD VFSDNGSLPA QDLLTLIAHL G PDMDPEVT PAFLDAVAAE LPAGGGAVTY MELCEAPSLK PKLGLS

UniProtKB: Radial spoke protein 11

+
分子 #12: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm

分子名称: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.336775 KDa
配列文字列:
MASGSSKAVI KNADMSEEMQ ADAVDCATQA LEKYNIEKDI AAYIKKEFDR KHNPTWHCIV GRNFGSYVTH ETKHFIYFYL GQVAILLFK SG

UniProtKB: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm

+
分子 #13: Radial spoke protein 15

分子名称: Radial spoke protein 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 35.302625 KDa
配列文字列: MQVFALCEAL YEYSGLAVLR LPYNFLNDMA AQAVARLMQV NPGLQLLDLT GNEVTDKGAA AITEVLAKPE AGLKALILRH NPIGDTGAL AVADMLRSNR SLTLLDLADC HVAVKGLIGL ANALTAPEGN RSLQVLDLED AQLAAPQDST YQHMSRMLAT N TTLTELSL ...文字列:
MQVFALCEAL YEYSGLAVLR LPYNFLNDMA AQAVARLMQV NPGLQLLDLT GNEVTDKGAA AITEVLAKPE AGLKALILRH NPIGDTGAL AVADMLRSNR SLTLLDLADC HVAVKGLIGL ANALTAPEGN RSLQVLDLED AQLAAPQDST YQHMSRMLAT N TTLTELSL AKCRLVDSQL ELLTTYGFAR SSARWSSLSL RANRLSPFSG PTLERLLALP ALCRLQRLTL ASNSLGNDGA SA LARVLPT ACPDIRELDL RSNGIGDVGL LALAAALPLV NSLELLLLWG NSFSPASSRA VAEALAAPAL RRLRSDLRPY VVD GEVALA LQEVE

UniProtKB: Flagellar associated protein

+
分子 #14: FAP207

分子名称: FAP207 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.41841 KDa
配列文字列: MPPNIPGTLT AESLRRKQGD QLWKTSDQKA QKEGPHHTVY WTTGERYQGS WKDNKKHGKG TVIYKNSDKY EGDWANDMRH GLGTLWLYR DGKYVVRYNG EWRADQPTGH GTFFADNGDT YEGEWLNGRR HGKGRAVYGG RPVDGFGGDV YEGYFENDVK C GPGTMMYA ...文字列:
MPPNIPGTLT AESLRRKQGD QLWKTSDQKA QKEGPHHTVY WTTGERYQGS WKDNKKHGKG TVIYKNSDKY EGDWANDMRH GLGTLWLYR DGKYVVRYNG EWRADQPTGH GTFFADNGDT YEGEWLNGRR HGKGRAVYGG RPVDGFGGDV YEGYFENDVK C GPGTMMYA NGDVYEGLWA ADKKNGTGTY FYMSKGKRFD GVWADGAIKC GTYSEIHAPP PGTPGALPPC ELRNPDKVLA EA TMEASEA ATEAAARGL

UniProtKB: MORN repeat-containing protein 3

+
分子 #15: Radial spike protein 8

分子名称: Radial spike protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 40.537438 KDa
配列文字列: MQSHSSRHVV SEHLKDLHPD LSEPFPKHVI EDEVAEAHGR RAIPKLVAVL ALPELPDDQR AHALRVLNGL LSTQEHKTNA VAEGAAPPL CQLASQCRDD EVRRLSCSAL ASLGQVMAGR NGIVAAGGLP VLTEALQTTP EQAAAALKSF AASNDGAAQL N LERAAIVP ...文字列:
MQSHSSRHVV SEHLKDLHPD LSEPFPKHVI EDEVAEAHGR RAIPKLVAVL ALPELPDDQR AHALRVLNGL LSTQEHKTNA VAEGAAPPL CQLASQCRDD EVRRLSCSAL ASLGQVMAGR NGIVAAGGLP VLTEALQTTP EQAAAALKSF AASNDGAAQL N LERAAIVP ALVTLLSQPT DPAFTLTAFS NALSTLEGMT RTDDGVLAAL DGGVPACLVA LARRGLEGDL KFEGRLMELL QL VATCLEQ ICHHADGKAA CRQAEAHKVL AELLTLQHRE IIKHAAAALM GLAVEKESKV NVMLYAGVSL VRLMRGSDAE LAA NARDTV AAAAEHLEAR RTAEMLLSME ERELLLWRGP PPETPPDYRY HVDLPKFTPQ AK

UniProtKB: Radial spike protein 8

+
分子 #16: FAP253

分子名称: FAP253 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 75.037945 KDa
配列文字列: MSDPEAEQGE QGYEESPEEP GPGSEAPSPS RIDNGLDTII DIDPQTQHAE EGSNTAYESE QPDVISSYTG GQQEEDGEQA GNGAIDETT EEAAGEADDG GKASGFAVEV DAGTDAAAEG DLEPEPEPER PASASGEPQP TASTSRPASG AAARPASARP T SARPGSAA ...文字列:
MSDPEAEQGE QGYEESPEEP GPGSEAPSPS RIDNGLDTII DIDPQTQHAE EGSNTAYESE QPDVISSYTG GQQEEDGEQA GNGAIDETT EEAAGEADDG GKASGFAVEV DAGTDAAAEG DLEPEPEPER PASASGEPQP TASTSRPASG AAARPASARP T SARPGSAA PRQPSASGGS RPGSGHPVNL APDSVGLAQQ QQQKSQIEVG AQAYEARGSS RPQSGGDAYG QAEEASAAAA AG RPSTSQS GSRPPPSREG VAVVPSIPED QPLAVPIHIE RYIAPGLKAI EVEVAQGPGM PHRLVRVLLD YTQCDAKPYL GGF RNKRTG AVYHHGATQT PRAPKYSEAD RKLSRETQTV KIKQHSQQTV REQATQMARP GVLLDNDYDK EVTPGRYQTA DERD EIVLR STLRIQRWVR GWLGRKRAAY LRGKKMEREA FLRDQEARAQ SEAEEHRRRE IQRRMHPRTA ADFEVLYNEL EAWRL QETR KIKEAGLAKE QEQQVLQQLL HKETKLLQTI DRLKINANQE NKEARIQHTL NEMSKPKKFA LRNGGKVDVH TPFTTR AKE LQQLYNGLNL PLLTVDERLD VLLHVKWTVK EFDCDLTREL VDLIDREADL LNRGRNPKML EGLRKRISSL FLNFIET PE FNPEAVRFQI VPMDFEAYLY EQVGKATAKA GTSVGTRTLS

UniProtKB: IQ and ubiquitin-like domain-containing protein

+
分子 #17: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 41.881984 KDa
配列文字列: MADEGEVSAL VCDNGSGMVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHTGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLR YPIEHGIVTN WDDMEKIWH HTFFNELRVA PEEHPVLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHTVPIY ...文字列:
MADEGEVSAL VCDNGSGMVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHTGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLR YPIEHGIVTN WDDMEKIWH HTFFNELRVA PEEHPVLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHTVPIY EGYALPHAIL RLDLAGRDLT DYLMKILMER GYSFTTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFEQE MATALSSSAL EK TYELPDG QMITIGNERF RCPEVLFNPN MIGMEAVGIH DTTFNSIMKC DVDIRKDLYN NIVLSGGTTM FPGIADRMSK EIT ALAPSA MKIKVVAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWIAKSEYDE SGPSIVHRKC F

UniProtKB: Actin

+
分子 #18: 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal

分子名称: 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.691717 KDa
配列文字列: MIPPLSSLVR YDNPVLVSTS KDKGKGAKGT PGKKGALPPV EQKPGLTQTE DILNSILPPR EWTEDGQLWV QYVSSTPATR LDVINLQEK LDQQLQQRQA RETGICPIRE ELYAQTFDEL IRQVTINCAE RGLLLLRVRD EMRMTIAAYQ TLYESAVAFG I RKALQTEQ ...文字列:
MIPPLSSLVR YDNPVLVSTS KDKGKGAKGT PGKKGALPPV EQKPGLTQTE DILNSILPPR EWTEDGQLWV QYVSSTPATR LDVINLQEK LDQQLQQRQA RETGICPIRE ELYAQTFDEL IRQVTINCAE RGLLLLRVRD EMRMTIAAYQ TLYESAVAFG I RKALQTEQ GKSEMESRIT QLEGDVKDLE RQVQEWKFKC EAIEKRESER REVEAKKHKD EVAYLENYAK QLKQQLETFL VP AKKGAPG APAAAT

UniProtKB: 28 kDa inner dynein arm light chain, axonemal

+
分子 #19: CFAP91 domain-containing protein

分子名称: CFAP91 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 134.440578 KDa
配列文字列: MAQPQRPYDA LYDPNFTVAG PRDHYRQQTM AGGFNIERAP VYNNFFSELP HHPPSTLRLK NADRVPAFVD RNYRPAANDP NDTRQRSDA LAVSGPNRPK YFRRPMLAAA EIHIKQAPPS QLPPLPSHQD LNATAPAAMG GAGGLGEPRS KTIGTQSDYR E NEAQTAPW ...文字列:
MAQPQRPYDA LYDPNFTVAG PRDHYRQQTM AGGFNIERAP VYNNFFSELP HHPPSTLRLK NADRVPAFVD RNYRPAANDP NDTRQRSDA LAVSGPNRPK YFRRPMLAAA EIHIKQAPPS QLPPLPSHQD LNATAPAAMG GAGGLGEPRS KTIGTQSDYR E NEAQTAPW EPGYVLPAPG ALTAKQAALM RRYHTDVPEV LQLKDLAFPD GLPAGLQEVT RIDKMRAKRA FEASLPPIDD VA RLPLRQR MIEEWEAKEW EEREQEILSI QDKRLELLDN ALQVREEELD DENRLRVEAR KEAMLAGRAG KFADVQATRI KTM RQLIEN RKYVEKHRKL HKPTIVERYA NYGSGTYAPL QREGRFPESK PLGKEIETEG YAPVTLKGVV DLESFLPSRL LNPR VAAPQ KPARLDYHQR KEAAVQRDLK AINDLLDTAK GTAGRGFGDC WPAPLQDDGG AGMGNGTLGR ATSTVGKGTL GAGGS AGGA APGGASMALL GGPSTAAASA MGPLASGVSG SPSRRVVRAI ERPPTPELPQ PPAVTAPQHA AVVLLQRLLR GRAAQN IMY EGRVRRQELI DELRLEEVVS ADGTKIDGQP IRRPEHRDTA TLRIDALVGS AVAEVAAILA ETDPERRETL LAGLDVS RA HATAAAVAAA AADINASARA EAEEAAATAM AEAAAAAAAA AAAAAAAEDG GAEGAAESAA EAAAAAEAAA SAAEEAYA G AVAAAAAPAR AAALNLEALG ISPEEAEEAA VRIQAAFKGH KARKEVAAMR ARGEMLRNIM ANGDEAKVVT CQAAIRGHL ARKRVRQLRA SQAGNEGFAG APSASPEPAA PLPALAENQD QQEPQPQPQP SSSSGALDLA DYDDHHVAAV TRIQAAQRGR IARKRAAAM RTELEEQLAT AAALVATSAA SEGTRLASGR SEPNSEGRSD GGSARGGASR APPPTAAVNP DAFQDQYTAE Q EAAVIKIQ AFGRGMIARK RVGRLKGRSS EEGAGDVLVV APEPSANFGG QGEAAAEASA AEAQQQEEQE LWPSVKALPG VA QAVAARM AHEPTLTEVR PEGEAAAAAE GEGEGVEQSE AGPAPEVEAD LEPEAQEEGA EGEPQPEGEG APADPAAEAE FSL AGGGFA EGDGGAAAQG EASAAMLGGE PSLAVGGSRE GEQQLEADAE AEAEAEAEAE AGAEAEASAQ AGAEAEAEAG VEAE AEASA GAEASVGAGA EGDAEAETEA GAQAEPGPEA EAEAEAGAEA EAENGAEAEA RLGGEEEGFR EGEGQGGAAA GEAGP GGEL AEGEGEAGEG EAAE

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 91

+
分子 #20: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 14 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #21: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 14 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #22: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 14 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #23: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 38.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was extracted from the doublet microtubule attached density in our dataset
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 202168
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7ju4:
Radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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