|
Title
|
MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1) |
|
Classification
|
VIRUS |
|
Compound
|
Spike glycoprotein |
|
Source
|
(6NB3) |
|
|
Sequence
|
A: |
TVDVGPDSVKSACIEVDIQQTFFDKTWPRPIDVSKADGII
YPQGRTYSNITITYQGLFPYQGDHGDMYVYSAGHATGTTP
QKLFVANYSQDVKQFANGFVVRIGAAANSTGTVIISPSTS
ATIRKIYPAFMLGSSVGNFSDGKMGRFFNHTLVLLPDGCG
TLLRAFYCILEPRSGNHCPAGNSYTSFATYHTPATDCSDG
NYNRNASLNSFKEYFNLRNCTFMYTYNITEDEILEWFGIT
QTAQGVHLFSSRYVDLYGGNMFQFATLPVYDTIKYYSIIP
HSIRSIQSDRKAWAAFYVYKLQPLTFLLDFSVDGYIRRAI
DCGFNDLSQLHCSYESFDVESGVYSVSSFEAKPSGSVVEQ
AEGVECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSL
FSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLS
VSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKY
SYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWED
GDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQY
GTDTNSVCPKLEFANDTKIASQLGNCVEYSLYGVSGRGVF
QNCTAVGVRQQRFVYDAYQNLVGYYSDDGNYYCLRACVSV
PVSVIYDKETKTHATLFGSVACEHISSTMSQYSRYGPLQT
PVGCVLGLVNSSLFVEDCKLPLGQSLCALPDTPPGEMRLA
SIAFNHPIQVDQLNSSYFKLSIPTNFSFGVTQEYIQTTIQ
KVTVDCKQYVCNGFQKCEQLLREYGQFCSKINQALHGANL
RQDDSVRNLFASVKSSQSSPIIPGFGGDFNLTLLEPVSAR
SAIEDLLFDKVTIADPGYMQGYDDCMQQGPASARDLICAQ
YVAGYKVLPPLMDVNMEAAYTSSLLGSIAGVGWTAGLSSF
AAIPFAQSIFYRLNGVGITQQVLSENQKLIANKFNQALGA
MQTGFTTTNEAFQKVQDAVNNNAQALSKLASELSNTFGAI
SASIGDIIQRLDPPEQDAQIDRLINGRLTTLNAFVAQQLV
RSESAALSAQLAKDKVNECVKAQSKRSGFCGQGTHIVSFV
VNAPNGLYFMHVGYYPSNHIEVVSAYGLCDAANPTNCIAP
VNGYFIKTNEWSYTGSSFYAPEPITSLNTKYVAPQVTYQN
ISTNLPPPL
|
| B: |
TVDVGPDSVKSACIEVDIQQTFFDKTWPRPIDVSKADGII
YPQGRTYSNITITYQGLFPYQGDHGDMYVYSAGHATGTTP
QKLFVANYSQDVKQFANGFVVRIGAAANSTGTVIISPSTS
ATIRKIYPAFMLGSSVGNFSDGKMGRFFNHTLVLLPDGCG
TLLRAFYCILEPRSGNHCPAGNSYTSFATYHTPATDCSDG
NYNRNASLNSFKEYFNLRNCTFMYTYNITEDEILEWFGIT
QTAQGVHLFSSRYVDLYGGNMFQFATLPVYDTIKYYSIIP
HSIRSIQSDRKAWAAFYVYKLQPLTFLLDFSVDGYIRRAI
DCGFNDLSQLHCSYESFDVESGVYSVSSFEAKPSGSVVEQ
AFANDTKIASQLGNCVEYSLYGVSGRGVFQNCTAVGVRQQ
RFVYDAYQNLVGYYSDDGNYYCLRACVSVPVSVIYDKETK
THATLFGSVACEHISSTMSQYSRYGPLQTPVGCVLGLVNS
SLFVEDCKLPLGQSLCALPDTPPGEMRLASIAFNHPIQVD
QLNSSYFKLSIPTNFSFGVTQEYIQTTIQKVTVDCKQYVC
NGFQKCEQLLREYGQFCSKINQALHGANLRQDDSVRNLFA
SVKSSQSSPIIPGFGGDFNLTLLEPVSARSAIEDLLFDKV
TIADPGYMQGYDDCMQQGPASARDLICAQYVAGYKVLPPL
MDVNMEAAYTSSLLGSIAGVGWTAGLSSFAAIPFAQSIFY
RLNGVGITQQVLSENQKLIANKFNQALGAMQTGFTTTNEA
FQKVQDAVNNNAQALSKLASELSNTFGAISASIGDIIQRL
DPPEQDAQIDRLINGRLTTLNAFVAQQLVRSESAALSAQL
AKDKVNECVKAQSKRSGFCGQGTHIVSFVVNAPNGLYFMH
VGYYPSNHIEVVSAYGLCDAANPTNCIAPVNGYFIKTNEW
SYTGSSFYAPEPITSLNTKYVAPQVTYQNISTNLPPPL
|
| C: |
TVDVGPDSVKSACIEVDIQQTFFDKTWPRPIDVSKADGII
YPQGRTYSNITITYQGLFPYQGDHGDMYVYSAGHATGTTP
QKLFVANYSQDVKQFANGFVVRIGAAANSTGTVIISPSTS
ATIRKIYPAFMLGSSVGNFSDGKMGRFFNHTLVLLPDGCG
TLLRAFYCILEPRSGNHCPAGNSYTSFATYHTPATDCSDG
NYNRNASLNSFKEYFNLRNCTFMYTYNITEDEILEWFGIT
QTAQGVHLFSSRYVDLYGGNMFQFATLPVYDTIKYYSIIP
HSIRSIQSDRKAWAAFYVYKLQPLTFLLDFSVDGYIRRAI
DCGFNDLSQLHCSYESFDVESGVYSVSSFEAKPSGSVVEQ
AEGVECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSL
FSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLS
VSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKY
SYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWED
GDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQY
GTDTNSVCPKLEFANDTKIASQLGNCVEYSLYGVSGRGVF
QNCTAVGVRQQRFVYDAYQNLVGYYSDDGNYYCLRACVSV
PVSVIYDKETKTHATLFGSVACEHISSTMSQYSRYGPLQT
PVGCVLGLVNSSLFVEDCKLPLGQSLCALPDTPPGEMRLA
SIAFNHPIQVDQLNSSYFKLSIPTNFSFGVTQEYIQTTIQ
KVTVDCKQYVCNGFQKCEQLLREYGQFCSKINQALHGANL
RQDDSVRNLFASVKSSQSSPIIPGFGGDFNLTLLEPVSAR
SAIEDLLFDKVTIADPGYMQGYDDCMQQGPASARDLICAQ
YVAGYKVLPPLMDVNMEAAYTSSLLGSIAGVGWTAGLSSF
AAIPFAQSIFYRLNGVGITQQVLSENQKLIANKFNQALGA
MQTGFTTTNEAFQKVQDAVNNNAQALSKLASELSNTFGAI
SASIGDIIQRLDPPEQDAQIDRLINGRLTTLNAFVAQQLV
RSESAALSAQLAKDKVNECVKAQSKRSGFCGQGTHIVSFV
VNAPNGLYFMHVGYYPSNHIEVVSAYGLCDAANPTNCIAP
VNGYFIKTNEWSYTGSSFYAPEPITSLNTKYVAPQVTYQN
ISTNLPPPL
|
| D: |
VQLLESGGGLVKPGGSLRLSCEASGLTFSNVWMSWVRQAP
GKGLEWVGRIKRKSEGATTDYGAPVKGRFTLSRDDSKNTV
YLQMNSLKIDDTAVYYCSTLTRGGDVWSSSYYFDYWGQGA
LVT
|
| E: |
ALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGTYDLVSWYQQHP
GKSPKLMIYADIKRPSGVSHRFSGSKSGNTASLTISGLQS
ADEADYYCCLYAGSSTSVIFGGGTKVT
|
| H: |
VQLLESGGGLVKPGGSLRLSCEASGLTFSNVWMSWVRQAP
GKGLEWVGRIKRKSEGATTDYGAPVKGRFTLSRDDSKNTV
YLQMNSLKIDDTAVYYCSTLTRGGDVWSSSYYFDYWGQGA
LVTV
|
| L: |
ALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGTYDLVSWYQQHP
GKSPKLMIYADIKRPSGVSHRFSGSKSGNTASLTISGLQS
ADEADYYCCLYAGSSTSVIFGGGTKVT
|
|
|
Description
|
(1) |
Spike glycoprotein, LCA60 light chain, LCA60 heavy chain
|