|
|
eF-site ID
|
1f88-B |
|
PDB Code
|
1f88 |
|
Chain
|
B |
|
click to enlarge
|
|
|
Title
|
CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN |
|
Classification
|
SIGNALING PROTEIN |
|
Compound
|
RHODOPSIN |
|
Source
|
ORGANISM_COMMON: cattle; ORGANISM_SCIENTIFIC: Bos taurus; |
|
|
Sequence
|
B: |
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSML
AAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLA
VADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG
GEIALWSLVVLAIERYVVVCKPFGENHAIMGVAFTWVMAL
ACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVI
YMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLTQKAEKEVTRMVIIMVIAF
LICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVY
NPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKN
|
|
|
Description
|
(1) |
RHODOPSIN
|
|
Functional site
|
|
|
1)
|
chain |
B |
| residue |
201 |
| type |
BINDING |
| sequence |
E
|
| description |
BINDING => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0007744|PDB:1F88, ECO:0007744|PDB:1HZX
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI10
|
|
|
2)
|
chain |
B |
| residue |
279 |
| type |
BINDING |
| sequence |
Q
|
| description |
BINDING => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0007744|PDB:1F88, ECO:0007744|PDB:1HZX
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI10
|
|
|
3)
|
chain |
B |
| residue |
1 |
| type |
MOD_RES |
| sequence |
M
|
| description |
N-acetylmethionine => ECO:0000305|PubMed:6759163
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI12
|
|
|
4)
|
chain |
B |
| residue |
2 |
| type |
CARBOHYD |
| sequence |
N
|
| description |
N-linked (GlcNAc...) asparagine => ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:468821, ECO:0000269|PubMed:6759163, ECO:0007744|PDB:1F88, ECO:0007744|PDB:1GZM, ECO:0007744|PDB:1HZX, ECO:0007744|PDB:1U19, ECO:0007744|PDB:2G87, ECO:0007744|PDB:2HPY, ECO:0007744|PDB:2I35, ECO:0007744|PDB:2I36, ECO:0007744|PDB:2I37, ECO:0007744|PDB:2PED, ECO:0007744|PDB:3C9L, ECO:0007744|PDB:3CAP, ECO:0007744|PDB:3DQB, ECO:0007744|PDB:3OAX, ECO:0007744|PDB:3PQR, ECO:0007744|PDB:3PXO, ECO:0007744|PDB:4X1H
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI19
|
|
|
5)
|
chain |
B |
| residue |
15 |
| type |
CARBOHYD |
| sequence |
N
|
| description |
N-linked (GlcNAc...) asparagine => ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:468821, ECO:0000269|PubMed:6759163, ECO:0007744|PDB:1F88, ECO:0007744|PDB:1GZM, ECO:0007744|PDB:1HZX, ECO:0007744|PDB:1L9H, ECO:0007744|PDB:1U19, ECO:0007744|PDB:2G87, ECO:0007744|PDB:2HPY, ECO:0007744|PDB:2I35, ECO:0007744|PDB:2I36, ECO:0007744|PDB:2I37, ECO:0007744|PDB:2J4Y, ECO:0007744|PDB:2PED, ECO:0007744|PDB:2X72, ECO:0007744|PDB:3C9L, ECO:0007744|PDB:3C9M, ECO:0007744|PDB:3CAP, ECO:0007744|PDB:3DQB, ECO:0007744|PDB:3OAX, ECO:0007744|PDB:3PQR, ECO:0007744|PDB:3PXO, ECO:0007744|PDB:4A4M, ECO:0007744|PDB:4BEY, ECO:0007744|PDB:4BEZ, ECO:0007744|PDB:4J4Q, ECO:0007744|PDB:4PXF, ECO:0007744|PDB:4X1H, ECO:0007744|PDB:5DYS, ECO:0007744|PDB:5EN0, ECO:0007744|PDB:5TE3
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI20
|
|
|
6)
|
chain |
B |
| residue |
1-36 |
| type |
TOPO_DOM |
| sequence |
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQ
|
| description |
Extracellular => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI1
|
|
|
7)
|
chain |
B |
| residue |
97-110 |
| type |
TOPO_DOM |
| sequence |
TSLHGYFVFGPTGC
|
| description |
Extracellular => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI1
|
|
|
8)
|
chain |
B |
| residue |
174-202 |
| type |
TOPO_DOM |
| sequence |
GWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNES
|
| description |
Extracellular => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI1
|
|
|
9)
|
chain |
B |
| residue |
275-286 |
| type |
TOPO_DOM |
| sequence |
IFTHQGSDFGPI
|
| description |
Extracellular => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI1
|
|
|
10)
|
chain |
B |
| residue |
113 |
| type |
SITE |
| sequence |
E
|
| description |
Plays an important role in the conformation switch to the active conformation => ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000305|PubMed:22198838, ECO:0000305|PubMed:23579341, ECO:0000305|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI11
|
|
|
11)
|
chain |
B |
| residue |
296 |
| type |
MOD_RES |
| sequence |
K
|
| description |
N6-(retinylidene)lysine => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23303210, ECO:0000269|PubMed:27458239, ECO:0000269|PubMed:6870827, ECO:0000305|PubMed:6759163, ECO:0007744|PDB:1F88, ECO:0007744|PDB:1GZM, ECO:0007744|PDB:1HZX, ECO:0007744|PDB:1JFP, ECO:0007744|PDB:2HPY, ECO:0007744|PDB:3C9L, ECO:0007744|PDB:3OAX, ECO:0007744|PDB:3PQR, ECO:0007744|PDB:3PXO, ECO:0007744|PDB:5DYS
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI13
|
|
|
12)
|
chain |
B |
| residue |
322 |
| type |
LIPID |
| sequence |
C
|
| description |
S-palmitoyl cysteine => ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:1512231, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239, ECO:0000269|PubMed:3350146, ECO:0007744|PDB:1HZX, ECO:0007744|PDB:1L9H, ECO:0007744|PDB:2HPY, ECO:0007744|PDB:4X1H, ECO:0007744|PDB:5DYS
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI17
|
|
|
13)
|
chain |
B |
| residue |
323 |
| type |
LIPID |
| sequence |
C
|
| description |
S-palmitoyl cysteine => ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:1512231, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239, ECO:0000269|PubMed:3350146, ECO:0007744|PDB:1HZX, ECO:0007744|PDB:1L9H, ECO:0007744|PDB:2HPY, ECO:0007744|PDB:4BEY, ECO:0007744|PDB:4PXF, ECO:0007744|PDB:4X1H, ECO:0007744|PDB:5DYS
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI18
|
|
|
14)
|
chain |
B |
| residue |
37-61 |
| type |
TRANSMEM |
| sequence |
FSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYV
|
| description |
Helical; Name=1 => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI2
|
|
|
15)
|
chain |
B |
| residue |
62-73 |
| type |
TOPO_DOM |
| sequence |
TVQHKKLRTPLN
|
| description |
Cytoplasmic => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI3
|
|
|
16)
|
chain |
B |
| residue |
134-152 |
| type |
TOPO_DOM |
| sequence |
ERYVVVCKPFGENH
|
| description |
Cytoplasmic => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI3
|
|
|
17)
|
chain |
B |
| residue |
225-252 |
| type |
TOPO_DOM |
| sequence |
QLTQKAEKEVTR
|
| description |
Cytoplasmic => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI3
|
|
|
18)
|
chain |
B |
| residue |
74-96 |
| type |
TRANSMEM |
| sequence |
YILLNLAVADLFMVFGGFTTTLY
|
| description |
Helical; Name=2 => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI4
|
|
|
19)
|
chain |
B |
| residue |
111-133 |
| type |
TRANSMEM |
| sequence |
NLEGFFATLGGEIALWSLVVLAI
|
| description |
Helical; Name=3 => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI5
|
|
|
20)
|
chain |
B |
| residue |
153-173 |
| type |
TRANSMEM |
| sequence |
AIMGVAFTWVMALACAAPPLV
|
| description |
Helical; Name=4 => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI6
|
|
|
21)
|
chain |
B |
| residue |
203-224 |
| type |
TRANSMEM |
| sequence |
FVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYG
|
| description |
Helical; Name=5 => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI7
|
|
|
22)
|
chain |
B |
| residue |
253-274 |
| type |
TRANSMEM |
| sequence |
MVIIMVIAFLICWLPYAGVAFY
|
| description |
Helical; Name=6 => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI8
|
|
|
23)
|
chain |
B |
| residue |
287-308 |
| type |
TRANSMEM |
| sequence |
FMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIM
|
| description |
Helical; Name=7 => ECO:0000269|PubMed:10926528, ECO:0000269|PubMed:11425302, ECO:0000269|PubMed:11972040, ECO:0000269|PubMed:12044163, ECO:0000269|PubMed:15327956, ECO:0000269|PubMed:15491621, ECO:0000269|PubMed:16586416, ECO:0000269|PubMed:16908857, ECO:0000269|PubMed:17060607, ECO:0000269|PubMed:17449675, ECO:0000269|PubMed:17825322, ECO:0000269|PubMed:18563085, ECO:0000269|PubMed:18645239, ECO:0000269|PubMed:18818650, ECO:0000269|PubMed:21389983, ECO:0000269|PubMed:22198838, ECO:0000269|PubMed:23579341, ECO:0000269|PubMed:25205354, ECO:0000269|PubMed:26526852, ECO:0000269|PubMed:27458239
|
| source |
Swiss-Prot : SWS_FT_FI9
|
|
|
|