PDBアーカイブの2017年1月1日付けのスナップショットを公開しました。

2017年1月1日現在の、PDBアーカイブ (ftp://ftp.pdbj.org) のスナップショットを、 ftp://snapshots.pdbj.org/に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。

「20170101」という名前のディレクトリは、125,463件の実験的に決定された座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標データは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。スナップショットのサイズは、757GBあります。

[ wwPDB ニュース ]

PDBアーカイブで公開している検証レポートを更新しました。

wwPDBパートナーは、 2017年3月15日に、X線、NMR、電子顕微鏡法によって解析された全ての構造に対する検証レポートが更新されたことを報告します。

新しい統計グラフに、2016年12月31日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されていることや、 更新版のMogulソフトウェア（2017）やCSDアーカイブ (as538be)が使用されたことが、検証レポートの主な更新点となります。

更新されたレポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。

• ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB)
• ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ (RCSB PDB)
• ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe)
• ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ (PDBj)

更新前の検証レポートは、RCSB PDBやPDBj のスナップショットにて、ご覧頂けます。

更新された検証レポートでは、検証に関する専門委員会（Validation Task Force） の意見を取り入れ、 広く受け入れられている評価基準を使って、構造の品質が評価されています。 wwPDBパートナーは、学術誌の編集者や査読者に、論文の投稿・査読過程の中で、著者に検証レポートの提出を求めるよう、推奨しています。 レポートには、日付とwwPDBのロゴが表示されており、その構造がどこのwwPDB拠点で処理されたかにかかわらず、同じ情報が含まれています。 すでに、複数の学術誌 （Nature、eLife、The Journal of Biological Chemistry、 the International Union of Crystallography (IUCr) journals、FEBS journals、Journal of Immunology、 Angew Chem Int Ed Engl） では、論文投稿の過程で、wwPDB検証レポートの提出が求められます。

また、OneDep（wwPDBの登録・アノテーション・検証ポータルシステム）では、登録者に検証レポートが提供されます。 wwPDBは、スタンドアロンの検証サーバーや、 ウェブサービスAPIを使って、 登録者が登録前に構造を検証することを推奨しています。 登録者は、データを登録する過程で、レポートの内容を確認し、承認することが求められます。 今後も、X線、NMR、 電子顕微鏡(EM) 、リガンド検証の専門委員会（VTF）からの意見を取り入れ、 また、登録者やユーザからのフィードバックを集めながら、更に検証レポートを開発し、改善していく予定です。

検証レポートについての詳細な情報とサンプルは、 こちらでご覧頂けます。

検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せくださ い。

[ wwPDB ニュース ]

これまでPDBjのPDBアーカイブダウンロードサービスは ftp（File Transfer Protocol）とrsyncでのみ提供してきましたが、 新たにhttp（Hyper Text Transfer Protocol）でのサービスも開始しました。 ftpやrsyncが利用できない方も、httpですべてのPDBアーカイブデータをダウンロードしていただくことができるようになりました。

• http://ftp.pdbj.org/（現行のPDBアーカイブ）
• http://ftp-versioned.pdbj.org/（PDBバージョニングアーカイブ）

＊なお、PDBjのftpサイトについて詳しくは、ヘルプぺページをご覧ください。

New tools and functions in Data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj)
Kinjo, A.R., Bekker, G.-J., Wako, H., Endo, S., Tsuchiya, Y., Sato, H., Nishi, H., Kinoshita, K., Suzuki, H., Kawabata, T., Yokochi, M., Iwata, T., Kobayashi, N., Fujiwara, T., Kurisu, G. and Nakamura, H.
Protein Science 27 (1): 95-102 (2018)

wwPDBが作成した構造検証レポートに焦点を当てた論文(Validation of Structures in the Protein Data Bank (2017) Structure doi: 10.1016/j.str.2017.10.009)が発表されました。

その論文では、2013年にPDBのX線結晶構造に対する検証レポートが登録者に提供できるようになり(PDBjニュース）、 2014年にはPDB Archiveへ追加された事が記述されています(PDBjニュース)。 2016年の始めには、OneDepシステムの更新 (PDBjニュース）に続いて、 核磁気共鳴法（NMR）と３次元電子顕微鏡法で解析された構造のレポートも登録者に提供されるようになり、 後にPDB Archiveに加えられました (PDBjニュース)。

これらのレポートは、wwPDBとEMDataBankのパートナーによる検証法に関する タスクフォースの推奨に基づいています。 準備段階でのレポートは、OneDep(deposit-pdbj.wwpdb.org)またはウェブサービスのAPIを使った登録の間に、スタンドアローンのウェブサーバ (validate.wwpdb.org)で作成されます。 wwPDBパートナーは、PDBアーカイブへデータを登録する前に構造検証を行うというこのオプションを使うことを強く推奨しています。 アノテーション処理後に公式なwwPDB構造検証レポートが作成されますが、それらは関連する構造を記述している原稿とともにジャーナルへ投稿されなければなりません。 PDBエントリーが公開される時に、対応する検証レポートもまた、PDBアーカイブに公開されます。

サイエンスアゴラ2017 －in 東京－

日時：

• 2017年11月24日（金）13:30〜18:00
• 2017年11月25日（土）〜26日（日）10:00〜16:00

場所：

テレコムセンタービル（東京お台場）

5F Dエリア（分野の壁を越えて新たな知を創造する） 65

生命をささえるタンパク質の「かたち」

1. 実際にPDBjのデータベースへアクセスして様々なタンパク質分子をCGなどで立体視する「見る」
2. 3Dプリンタでつくった分子モデルを「さわる」
3. ペーパークラフトで分子模型を「つくる」

バージョン化と改訂履歴を導入した新しいPDBアーカイブの管理法について

新しいFTPアーカイブ ' ftp-versioned.wwpdb.org/' (PDBj: ' ftp-versioned.pdbj.org/')で、モデル構造ファイルが、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットで、公開されました。 5月19日付のニュースでお知らせした通り、 wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるバージョニングシステムを導入しました。 原子座標やポリマー鎖、リガンドの化学的な同定に変更がある場合、メジャーバージョンの数字が1増加します。 その他の変更は全て、マイナーな変更に分類されます。 各PDBエントリーに対して、 全てのメジャーバージョンの構造ファイルが、新しいFTPアーカイブに保管されます。 2018年の段階には、登録者が公開済みの自身のエントリーの座標を改訂できるようになる予定です。

バージョン化されたFTPアーカイブ中のファイル名は、新しい命名スキーマに従います。 利用者は、ファイル名からメジャーバージョンとマイナーバージョンを容易に確認できます。

<PDB_ID>_<content_type>_v<major_version>-<minor_version>.<file_format_type>.<file_compression_type>

これまでのPDBアクセションコードは4文字でしたが、8文字へと文字数を増やし、“pdb”の文字も同時に追加します。 従って、PDBエントリー“1abc”の、新しいPDBアクセションコードは、“pdb_00001abc”になります。 この新しいフォーマットのPDBアクセションコードは、後日、モデル構造ファイルに含まれる予定です。

例えば、PDBエントリー1abcについて、最初に公開される原子座標ファイルは、新しいファイル命名スキーマでは、次のようになります。
pdb_00001abc_xyz_v1-0.cif.gz

ここで、xyzは座標ファイルを表します。cifはファイルのフォーマット、gzはgzip圧縮されたファイルを表します。

PDBエントリー1abcについて、１回目のマイナー更新が行われた場合、ファイル名は以下のようになります。

pdb_00001abc_xyz_v1-1.cif.gz

PDBエントリー1abcにメジャーな更新が行われると、以下のファイル名となります。

pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz （注: メジャーバージョンが更新される度に、マイナーバージョンの数字は0へリセットされます。）

ある特定のPDBエントリーに対するバージョン化されたデータファイル群は、 アルファベット2文字（PDBアクセションコードの最後から3文字目2文字目）のディレクトリ配下の、 1つのディレクトリ内に保管されています。

../pub/pdb_versioned/data/entries/<two-letter-hash>/<pdb_accession_code>/<entry_data_File_names>

例えば、PDBエントリー1abcについて、メジャーバージョン1、マイナーバージョン2のファイルのパスは、以下のようになります。

../pub/pdb_versioned/data/entries/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v1-2.cif.gz

FTPアーカイブの利用者の便宜のため、内容(content type)とフォーマットに対して、リポジトリの別のビューが提供されています。 wwPDBは、各PDBエントリーのディレクトリにあるそれぞれのメジャーバージョンの最新バージョンだけではなく、 完全な最新バージョンへのリンクを提供しています。

例えば、PDBx/mmCIFフォーマットの座標ファイルの最新バージョンへは、以下のパスで利用できます。
(例：1ABCの場合）

../pdb_versioned/views/latest/coordinates/mmcif/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz.cif.gz
→../pdb_versioned/data/entries/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz

また、PDBエントリー1abcについて、PDBx/mmCIFフォーマットの座標ファイルの全てのメジャーバージョンのファイルには、 以下のパスで利用できます。

../pdb_versioned/views/all/coordinates/mmcif/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v1.cif.gz →../pdb_versioned/data/entries/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v1-2.cif.gz

../pdb_versioned/views/all/coordinates/mmcif/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v2.cif.gz →../pub/pdb_versioned/data/entries/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz

現在のアーカイブ ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/ （PDBj: ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/） にあるデータファイルは、これまで通りの命名に従い、バージョン化されたFTPツリーのアーカイブ中にあるファイルの最新バージョンに対応づけられます。

[ wwPDB ニュース ]

国際蛋白質構造データバンク財団（wwPDB Foundation）では個人・企業からの寄付を受け付ける基金を立ち上げました。集めた資金は、講習会、シンポジウム、諮問委員会など将来に渡ってPDBアーカイブを維持する上で重要となるwwPDBのアウトリーチ活動に活用します。

支援企業には財団のウェブサイト上で謝意を表明するとともに、求人情報の掲載や財団ロゴの商品への使用を許可します。

個人の支援者（$100以上を寄付した専門家、または$25以上寄付した学生）には、オンラインで謝意をお伝えするとともに特別なプレゼントが贈られます。

2017年中にwwPDB財団を支援するには、クリスティーン・ザルデッキ（Christine Zardecki）まで連絡するか、またはPayPalを使ってオンラインでの寄付をお願いします（PayPalのアカウントは必要ありません）。

個人の支援者にはこのヘモグロビンピンバッジが贈られます

＜PDBj ランチョンセミナー＞

第55回日本生物物理学会年会にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。

<演者・演題>

• 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所）
  "Recent activities of PDBj and wwPDB" （PDBjとwwPDBの最近の活動について）
• 金城 玲（大阪大学蛋白質研究所）
  "Querying the PDBj Mine2 relational database" （PDBj Mine2 関係データベースを検索する）
• 鈴木 博文（大阪大学蛋白質研究所）
  "Situation, utilization and visualization of cryo-EM structure data" （クライオ電子顕微鏡データの現状、見方、使い方）

※セミナー当日、学会受付にて整理券（先着順）をお求めの上、ご来場下さい。

• セミナー要旨（pdf 1.8MB）
• ランチョンセミナープログラム （pdf 3.8MB）

統合/ハイブリッド（I/H）構造モデルの登録用プロトタイプシステム「PDB-Dev」について Structure誌で発表しました。

wwPDBとwwPDB I/H法専門委員会（wwPDB Integrative/Hybrid (I/H) Methods Task Force）は、 I/H 構造モデルを登録するためのプロトタイプシステム、 PDB-Development (又は「PDB-Dev」) を、登録サイト pdb-dev.wwpdb.orgで一般公開したことを報告します。

生体高分子の構造解析は、ますます、I/H法を使って実施される傾向にあります。 X線結晶解析やNMR法などの従来の構造決定方法は、一般に、複雑な集合体を取り扱うには、十分ではありません。 近年は、低温電子顕微鏡法、小角散乱法、化学架橋法（chemical crosslinking）、質量分析法、他のプロテオミクス、 バイオインフォマティクスツールなどの様々な相補的な実験技術から得られた空間的制約を組み合わせる方法が開発されています。

PDB-Devは、 I/Hモデルを、より広い生物学的研究に提供するために、設立されました。 PDB-Devは、wwPDB I/H法専門委員会によって出版された提言事項を組み込んでいます⁽¹⁾。 PDB-Devは、さまざまな実験的に導出された空間的制約とマルチスケール、複数の状態、時間順序のアンサンブルのモデリングを含む I/Hモデルの詳細を捕らえるデータ辞書に基づいて構築されました。 使用されている辞書は、生体高分子構造をアーカイブするためにwwPDBが使用しているPDBx/mmCIF辞書を拡張したものとなっています。

現在、統合的モデル化プラットフォーム（Integrative Modeling Platform, IMP）ソフトウェア⁽²⁾の様々な特徴をカバーする ３つのテストケース、 酵母由来の核膜孔複合体の7つ組のNup84サブ複合体⁽³⁾、酵母のエキソソーム複合体⁽⁴⁾、酵母のメディエータ複合体⁽⁵⁾ がPDB-Devに登録されています。

PDB-Devは、Structure誌の以下の文献で発表されました。

PDB-Dev: A Prototype System for Depositing Integrative/Hybrid Structural Models
Stephen K. Burley, Genji Kurisu, John L. Markley, Haruki Nakamura, Sameer Velankar, Helen M. Berman, Andrej Sali, Torsten Schwede, Jill Trewhella
Structure 2017 25: 1317-1318 doi: 10.1016/j.str.2017.08.001

wwPDBは、I/HM構造データのアーカイブおよび検証方法の開発の促進に全力で取り組み、 I/HMの登録とPDBアーカイブを管理する方針を発表しました。

PDB-DevとI/H法のデータ辞書の作成は、NSF EAGER賞1519158によって、支援されています。

参考文献

1. Sali, A., Berman, H.M., Schwede, T., Trewhella, J., Kleywegt, G., Burley, S.K., Markley, J., Nakamura, H., Adams, P., Bonvin, A.M., Chiu, W., Peraro, M.D., Di Maio, F., Ferrin, T.E., Grunewald, K., Gutmanas, A., Henderson, R., Hummer, G., Iwasaki, K., Johnson, G., Lawson, C.L., Meiler, J., Marti-Renom, M.A., Montelione, G.T., Nilges, M., Nussinov, R., Patwardhan, A., Rappsilber, J., Read, R.J., Saibil, H., Schroder, G.F., Schwieters, C.D., Seidel, C.A., Svergun, D., Topf, M., Ulrich, E.L., Velankar, S., and Westbrook, J.D.,
   Outcome of the First wwPDB Hybrid/Integrative Methods Task Force Workshop. Structure, 2015. 23(7): p. 1156-67. doi:10.1016/j.str.2015.05.013.
2. Russel, D., Lasker, K., Webb, B., Velazquez-Muriel, J., Tjioe, E., Schneidman-Duhovny, D., Peterson, B., and Sali, A.,
   Putting the pieces together: integrative modeling platform software for structure determination of macromolecular assemblies. PLoS Biol, 2012. 10(1): p. e1001244. doi:10.1371/journal.pbio.1001244.
3. Shi, Y., Fernandez-Martinez, J., Tjioe, E., Pellarin, R., Kim, S.J., Williams, R., Schneidman-Duhovny, D., Sali, A., Rout, M.P., and Chait, B.T.,
   Structural characterization by cross-linking reveals the detailed architecture of a coatomer-related heptameric module from the nuclear pore complex. Mol Cell Proteomics, 2014. 13(11): p. 2927-43. doi:10.1074/mcp.M114.041673.
4. Shi, Y., Pellarin, R., Fridy, P.C., Fernandez-Martinez, J., Thompson, M.K., Li, Y., Wang, Q.J., Sali, A., Rout, M.P., and Chait, B.T.,
   A strategy for dissecting the architectures of native macromolecular assemblies. Nat Methods, 2015. 12(12): p. 1135-8. doi:10.1038/nmeth.3617.
5. Robinson, P.J., Trnka, M.J., Pellarin, R., Greenberg, C.H., Bushnell, D.A., Davis, R., Burlingame, A.L., Sali, A., and Kornberg, R.D.,
   Molecular architecture of the yeast Mediator complex. Elife, 2015. 4. doi:10.7554/eLife.08719.

[ wwPDB ニュース ]

国際結晶学連合会議（IUCr 2017）で、ポスター賞が授与されました。

Deekshi Angiraさん、おめでとうございます。 Angiraさんは、 「Gamma secretase activating protein as profound target for Alzheimer’s disease」 に関するポスターに対して、最近、wwPDBのポスター賞を受賞しました。 (Deekshi Angira, Vijay Thiruvenkatam, Indian Institute Of Technology Gandhinagar（インド工科大学ガンディーナガル校))

ポスター賞は、インドのハイデラバード（Hyderabad）で開催された、 第24回国際結晶学連合会議（24th Congress & General Assembly of the International Union of Crystallography）で授与されました。 wwPDBが後援する賞は「構造生物学及び関連するカテゴリでの、学部生・大学院生による最優秀ポスター」に授けられます。

Angiraさんは、副賞として、多くの著者がサインした書籍 「The Resolution Revolution: Recent Advances In cryoEM（分解能の革命： クライオ電子顕微鏡法の最近の進歩）」 の酵素学手法の巻号を受け取りました。

PDBeのアウトリーチ活動を主導するMatthew Conroy博士より賞を受け取るDeekshi Angiraさん

[ wwPDB ニュース ]

国際結晶学連合会議(IUCr, 8月21日-28日）で、発表やブース展示を行います。

wwPDBのメンバーは、 8月21日（月）から28日（月）に、インドのハイデラバード（Hyderabad）で開催される、 第24回国際結晶学連合会議（the International Union of Crystallography, IUCr）に参加しています。

75番の展示ブースにお越し頂ければ、wwPDB OneDepシステムを記念した特別な扇子をプレゼントします。

その他のwwPDBイベント:
PDBjメンバーも参加し、口頭発表やポスター発表を行います。

• 10:30（ホール4）、口頭発表： Small-molecule ligand/drug representation and validation in the Protein Data Bank
  　演者：Genji Kurisu (PDBj)
• Poster 914: OneDep: wwPDB System for Deposition, Biocuration, Validation of Macromolecular Structures
  　演者：Aleksandras Gutmanas (PDBe)

• 10:30 - 13:05 Microsymposia-044 （ホール MR 2.02）: Structural databases as teaching tools - Part A (macromolecules)
  議長：Joel Sussman (Weizmann Institute)、Christine Zardecki (RCSB PDB)
  
  • 10:30 Enlightening macromolecular structure-function relationship with Proteopedia
    　演者：Jaime Prilusky (Weizmann Institute)
  • 11:00 Structural view of biology: Exploring new perspectives for deeper learning
    　演者：Shuchismita Dutta (RCSB PDB)
  • 11:30 Disease to therapeutics via 3D structures: stories from viral world
    　演者：Urmila Kulkarni-Kale (University of Pune)
  • 12:00 PDBe: Bringing structure to biology and beyond
    　演者：Sameer Velankar (PDBe)
  • 12:30 SASBDB and DARA as biological solution scattering teaching tools
    　演者：Alexey Kikhney (EMBL-Hamburg)
  • 12:45 Play with 3D structure data of biomolecules
    　演者：Hirofumi Suzuki (PDBj)
• Poster 824: LiteMol: Web-based 3D visualization of macromolecular structure data
  　演者：Matthew Conroy (PDBe)
• Poster 1366: PDB-101: Educational Portal for Molecular Explorations Through Biology and Medicine
  　演者：Christine Zardecki (RCSB PDB)

• Poster 1315: Annotation of organic CoFactor molecules in PDB
  　演者：Abhik Mukhopadhyay (PDBe)

• Poster 1396: RCSB PDB: Structural biology views for basic and applied research
  　演者：John Westbrook (RCSB PDB)
• Poster 1430: BioSync: An Online Resource for X-ray Facilities Worldwide
  　演者：Stephen K. Burley (RCSB PDB)

• 12:30（ホールMR 2.03-2.04）、口頭発表： wwPDB OneDep Validation Services
  　演者：John Westbrook (RCSB PDB)
• 16:30（ホールMR 2.02）、口頭発表： PDBx/mmCIF: The Foundation for the wwPDB OneDep System
  　演者：John Westbrook (RCSB PDB)

wwPDBはまた、構造生物学カテゴリのポスター賞のスポンサーにもなっています。

[ wwPDB ニュース ]

PDBにおけるバージョニングと改訂履歴による新たなファイル管理法について（PDBアクセションコード、ファイル名の変更）

5月19日付のニュースでお知らせした通り、 wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるよう、ファイル・バージョニングシステムを導入する予定です。 バージョン化されたファイルは、新しいFTPアーカイブに保管されます。 バージョンは、大きな更新（メジャーバージョン）と小さな更新（マイナーバージョン）に分けられます。 原子座標やポリマー鎖、リガンドの化学的な同定に変更がある場合、メジャーバージョンの数字が1増加します。 その他の変更は全て、マイナーな変更に分類されます。 新しいFTPアーカイブには、PDBアーカイブ中のエントリーに対して、 全てのメジャーバージョンで 最新のマイナーバージョンのデータファイルを保管します。

wwPDBは、２つの段階に分けて、バージョン化されたファイルを公開します。

• 第1段階（2017年10月）では、 新しいバージョン化用のFTPアーカイブ（ftp://ftp-version.wwpdb.org）で、 モデル構造ファイルが、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットで、公開されます。
• 第2段階は2018年に公開される予定で、登録者が公開済みの自身のエントリーの座標を改訂する場合に対応し、 バージョン化されたモデル構造ファイルが、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットで公開されます。

バージョン化されたFTPアーカイブ中のファイル名は、新しい命名スキーマに従います。 利用者は、ファイル名からメジャーバージョンとマイナーバージョンを容易に確認できるようになります。

<PDB_ID>_<content_type>_v<major_version>-<minor_version>.<file_format_type>.<file_compression_type>

これまでのPDBアクセションコードは4文字でしたが、8文字へと文字数を増やし、“pdb”の文字も同時に追加します。 従って、PDBエントリー“1abc”の、新しいPDBアクセションコードは、“pdb_00001abc”になります。

例えば、PDBエントリー1abcについて、最初に公開される原子座標ファイルは、新しいファイル命名スキーマでは、次のようになります。
pdb_00001abc_xyz_v1-0.cif.gz

ここで、xyzは座標ファイルを表します。cifはファイルのフォーマット、gzはgzip圧縮されたファイルを表します。

PDBエントリー1abcについて、１回目のマイナー更新が行われた場合、ファイル名は以下のようになります。

pdb_00001abc_xyz_v1-1.cif.gz

PDBエントリー1abcにメジャーな更新が行われると、以下のファイル名となります。

pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz （注: メジャーバージョンが更新される度に、マイナーバージョンの数字は0へリセットされます。）

ある特定のPDBエントリーに対するバージョン化されたデータファイル群は、 アルファベット2文字（PDBアクセションコードの最後から3文字目2文字目）のディレクトリ配下の、 1つのディレクトリ内に保管されます。

../pub/pdb_versioned/data/entries/<two-letter-hash>/<pdb_accession_code>/<entry_data_File_names>

例えば、PDBエントリー1abcについて、メジャーバージョン1、マイナーバージョン2のファイルのパスは、以下のようになります。

../pub/pdb_versioned/data/entries/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v1-2.cif.gz

FTPアーカイブの利用者の便宜のため、リポジトリの様々なビューが、最も一般的な使用例として提供されます。 2017年の第1段階では、現在のリポジトリに似た、内容(content type)とフォーマットによるビューを、公開します。 全てのメジャーバージョンで最新のマイナーバージョンのデータファイルが含まれます。

../pub/pdb_versioned/views/<content_type>/<file_format_type>/<two-letter-hash>/<pdb_accession_code>/<entry_data_File_names>

例えば、PDBエントリー1abcについて、PDBx/mmCIFフォーマットの座標ファイルは、以下のパスで利用できます。

../pub/pdb_versioned/views/coordinates/mmcif/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v1-2.cif.gz

../pub/pdb_versioned/views/coordinates/mmcif/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz

現在のアーカイブ ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/ （PDBj: ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/） にあるデータファイルは、これまで通りの命名に従い、バージョン化されたFTPツリーのアーカイブ中にあるファイルの最新バージョンに対応づけられます。

[ wwPDB ニュース ]

[ wwPDB ニュース ]

2017年7月12日に、wwPDBは、PDB FTPアーカイブのPDB構造ファイルを、 PDBx/mmCIF辞書のV5.0に従ったファイルへ 更新する予定です。V5.0は、すでに、PDBデータの登録、アノテーション、検証のための、wwPDBの OneDepシステム（日本語版) で使用されています。

7月の更新への準備として、PDB構造ファイルの利用者・開発者が 予定されている更新内容について、テストし、フィードバックをする時間が十分持てるように、 wwPDBは、今回、新しいFTPリポジトリ（ftp://ftp-beta.wwpdb.org/）から、 PDBアーカイブのすべてのエントリーに対して、 新しいデータ基準に従ったPDBx/mmCIFとXMLフォーマットの構造ファイルを公開しました。 これらテスト用のファイルは、現行PDBアーカイブの週次更新に合わせて更新されます。

変更点一覧は、wwPDBウェブサイト(https://www.wwpdb.org/documentation/remediation)でご確認ください。

PDB構造ファイルの利用者は、V5へ更新されたファイルの確認と、テストを実施されることを、強く推奨します。

V5.0のデータに関して問題があれば、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語にてご連絡ください。

利用者の意見に基づいて、2017年7月12日の本公開までに、問題点を解消するよう努めます。

5月3日から7月12日の間に、他の付随データや実験データファイルも、順次ftp-betaに追加されます。

[ wwPDB ニュース ]

wwPDBでは、既に公開されたPDBアーカイブ中のエントリーに対し、指定された登録者（Depositor of Record）が行う 大きな改訂を管理するための 新たな仕組み（ファイル・バージョニングシステム）を2017年中に導入する予定です （ここで、指定登録者（Depositor of Record）は、エントリーに対する主要研究者（PI）として定義されます）。

現在は、既存の公開済みPDBエントリーに対して原子座標を改訂する場合、新しいPDBアクセションコードが発行され、以前のPDBエントリーは廃止されます。 この長く続いているwwPDBの方針のため、引用論文と改訂前の原子座標セットの利用との間で関係が断たれるという意図しない結果が生じてしまっておりました。 そして指定登録者が原子座標の改訂を再登録する際の、大きな障壁となっていました。

そこでwwPDBでは、指定登録者が、既に公開された自身のエントリーの内容をアクセッションコードを変更せずに更新できるよう、 新たにファイル・バージョニングシステムを導入する予定です。 第一段階として、実験データの変更を伴わずに再精密化された原子座標に対してファイル・バージョニングの適用を行いますので、注意してください。

個々のPDBアーカイブのエントリーのバージョン番号は、# - # 識別子を使って指定されます。 最初の数字(#)はメジャーバージョンを表し、2つ目の数字(#)はマイナーバージョンを表します。 最初に公開された原子座標は、バージョン1-0と表記されます。 メジャーバージョンの数字は、大きな改訂の度に、値が増えます。 （例えば、指定登録者によって原子座標が初めて差し替えられた場合は、バージョン2-0と表します） “メジャーバージョンの変更”とは、原子座標やポリマー鎖、リガンドの化学的な同定の更新として定義されます。 その他の変更は全て、“マイナーな変更”と定義されます。 メジャーな変更がなされた場合、マイナーバージョンの数字はリセットされて0になります（例えば、1-0から1-1、2-0へ）。 疑念を回避するため、wwPDBは、PDBアーカイブ中のエントリーに対して、 全てのメジャーバージョンで最新のマイナーバージョンのデータファイルを保管します。

指定登録者の研究グループとは別のグループが作成したデータに基づいて、 独立に精密化された構造を登録する場合には、 現在のwwPDBの方針^*1はこれまで通り変わりません。 原子座標のバージョニングは、指定登録者による置き換えのみに、厳密に限定されます。
*1) 再精密化構造（re-refined structure）は、査読付き論文がある場合に、別のPDBエントリーとして登録できるという方針 （リンク先"Can a re-refined structure be deposited to the PDB?"より）

今回、ファイル・バージョニングシステムを導入するにあたって、wwPDBは、 PDBアクセションコードの文字数を増やし、 また“PDB”の文字も同時に追加する改訂を行う予定です （例えば、"1abc"は、"pdb_00001abc"になります）。 この変更によって、文献中のPDBエントリーをテキストマイニング検出できるようになり、 改訂されたデータファイルを、より有用で透明性のある形で配信できるようになります。 例えば、PDBエントリー1abcの、2回目のメジャーバージョン（v2-0）に対する原子座標ファイルは、新しいファイルの命名スキーマでは、次のようになります。

pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz

wwPDBは、継続してサービスを提供し、利用者の活動を支えていく重要性を認識しています。 現在の4文字表記のPDBコードへ問題無く8文字から短縮できる場合、可能な限り今後とも4文字のPDBコードを割り振り続ける予定です。 同様に、ファイル・バージョニングの実施は、最初は、現在のPDBアーカイブのFTPサイトを残しつつ、並行した新たなツリーで公開されます。 この新しいFTPツリー構造とバージョン情報へのアクセスについての詳細は、近々、公表予定です。 現在のアーカイブ ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/ （PDBj: ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/） にあるデータファイルは、これまで通りの命名に従い、バージョン化されたFTPツリーのアーカイブ中にあるファイルの最新バージョンに対応づけられます。

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構造をPDBへ登録する準備ができていますか？ OneDepシステムを使った登録には、新しいガイドが役に立ちます。

OneDepによるPDB登録への５つのシンプルなステップをまとめたパンフレットを、 wwPDBサイトからダウンロード頂けます。

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PDBアーカイブ中のモデル構造ファイルが V5.0の PDBx/mmCIFディクショナリに従うよう更新されました。 PDBx/mmCIFフォーマットとXMLフォーマットの両方が更新されています。 これらのファイルは、利用者が確認及びテストが行えるように、 すでにテストサイトから公開されてきました。 旧フォーマットである PDBフォーマットのファイルは、変更されません。 従って、PDBフォーマットのファイルには、修正情報が含まれない場合があります。

V5.0には、以下のような変更点があります：

• auditカテゴリが改善され、 各エントリーの変更について、カテゴリレベルまでの詳細な変更情報が記録できるようになったこと
• 電子顕微鏡法によって解析されたモデル構造の座標ファイルが、 より整理されたデータ内容、 より拡張されたメタデータになったこと
• キメラ蛋白質中の各フラグメント配列に対して、由来する生物種と参照配列が修正されたこと
• ソフトウェア名や、検出器の名称、検出器の型式などを含む、複数のカテゴリで、データが標準化されたこと

変更点の一覧は、wwPDBウェブサイトでご確認頂けます。

V5.0データに関するご質問等は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語でお寄せください。

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PDBjのサービスへの影響について

PDBアーカイブファイルのPDBx/mmCIF辞書のバージョンが、V4からV5へ更新されます。

wwPDBは、PDBアーカイブの全てのエントリーのPDBx/mmCIF構造データを、PDBx/mmCIF辞書のV5バージョンに従ったもの へ更新する準備を進めています。 更新が完了すると、全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用されている改定データモデルに従うようになります。 変更点の一覧は、wwPDBウェブサイトからご覧頂けます (https://www.wwpdb.org/documentation/remediation)。 2016年1月からは、OneDepシステム (http://wwpdb.org/deposition/system-information、 日本語版) は、現在PDBで受け付けられる実験手法によって解析された構造の登録、アノテーション、検証をサポートしてきました。

更新された構造ファイルは、新しいPDB FTPサーバー(ftp://ftp-beta.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/)で、ご利用頂けるようになり、 対応するPDBx/mmCIF辞書は、2017年5月に公開されます。 2016年12月に公開された、更新版の電子顕微鏡法による構造ファイルは、現在は、 テスト用FTP領域 (ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/test_data/EM/) に含まれますが、2017年5月の新サイトでの公開と同時に廃止されます。

2017年7月には、現在のPDB FTPアーカイブにあるファイルは、V5のPDBx/mmCIF辞書に対応した新しいファイルで、置き換わります。 それまでに、更新版のデータファイルを確認してください。

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データ管理：中核データを維持するための国際的な連携

2016年11月18-19日に、ヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム組織 (Human Frontier Science Program Organization, HFSPO)は、 重要なデータリソースのシニアマネージャー（wwPDBのメンバーを含む）や 複数の主要な資金援助組織のリーダーとともに会議を開催し、 生物学的、生物医学的な（すなわち、生命科学の）データリソースと、関連したインフラ基盤を持続させるための課題を議論しました。

この会議によって、長期的な持続可能性をより確かなものとし、科学的な影響力と財政支援を適切に合致させる国際的な取り組みを通じて、 生命科学のための中核的なデータリソースを支援すべきであるという強い合意が生まれました。

理想的には、そのようなデータリソースへの財政的支援は、通常の（そして好ましい）仕組みがそうであるように、無料のアクセスを許可すべきです。

国際的な生命科学データリソース（Global Life Sciences Data Resources, GLSDR）ワーキンググループによるデータ管理：中核データを維持するための国際的な連携に関するレターが、 NatureとbioRxivから、公開されました。

• W. Anderson, R. Apweiler, A. Bateman, G.A. Bauer, H. Berman, J.A. Blake, N. Blomberg, S.K. Burley, G. Cochrane, V. Di Francesco, T. Donohue, C. Durinx, A. Game, E.D. Green, T. Gojobori, P. Goodhand, A. Hamosh, H. Hermjakob, M. Kanehisa, R. Kiley, J. McEntyre, R. McKibbin, S. Miyano, B. Pauly, N. Perrimon, M.A. Ragan, G. Richards, Y-Y. Teo, M. Westerfield, E. Westhof, P.F. Lasko (2017) Data management: A global coalition to sustain core data Nature 543: 179 doi: 10.1038/543179a
• W. Anderson, R. Apweiler, A. Bateman, G.A. Bauer, H. Berman, J.A. Blake, N. Blomberg, S.K. Burley, G. Cochrane, V. Di Francesco, T. Donohue, C. Durinx, A. Game, E.D. Green, T. Gojobori, P. Goodhand, A. Hamosh, H. Hermjakob, M. Kanehisa, R. Kiley, J. McEntyre, R. McKibbin, S. Miyano, B. Pauly, N. Perrimon, M.A. Ragan, G. Richards, Y-Y. Teo, M. Westerfield, E. Westhof, P.F. Lasko (2017) Towards coordinated international support of core data resources for the life sciences bioRxiv doi: 10.1101/110825

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wwPDBのOneDepシステムに関する論文が公開されました。

OneDepシステムについて紹介した 論文がオンラインで公開されました。 wwPDBは、今後数十年間にわたって増え続ける研究者の要望に対応するため、生体高分子構造の登録・アノテーション・検証について、 wwPDB、EMDB及びBMRBの登録サイトにまたがる、統合化されたシステムを開発し、公開しました。

OneDepシステムは、使いやすい登録インターフェースと、改善された検証機能を提供します。 構造の検証は、各実験手法の研究者を代表する 専門家から成る委員会（task forces）からの 提言に基づいています。 OneDepシステムは、より自動化されたワークフローを備えているため、アノテーション処理も効率化されています。

StructureとCell Chemical Biologyの主任編集者 Milka Kosticによれば、 OneDepは、正しい方向への一歩であり、 構造検証やアノテーションの過程を改善するとともに、原子座標の登録過程の１つの窓口を提供するということです。

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