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PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新され、ご利用頂けるようになりました。

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PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新され、ご利用頂けるようになりました。

2016年3月9日から、PDBアーカイブの全てのX線結晶構造に対して、検証レポートが更新され、ご利用頂けるようになりました。

新しいレポートでは、以下の点が更新されています。

  • 統計グラフには、2015年12月30日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されています。
  • 新しいバージョンのソフトウェアを使用しています。
    • CCP4 V6.5 (Refmac 5.8.0135)
    • Mogul 2015 (CSD archive as536be)
  • リガンド幾何学のMogul解析の方法が改良されています。
  • 高分子鎖の品質を表すために、より明確なグラフィック要素を使用しています。
  • 検証レポートのテキストが見易いよう改善されています。
  • ユーザガイ ドとFAQが更新されています。

更新版の検証レポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。

  • ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB)
  • ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ (RCSB PDB)
  • ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe)
  • ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ (PDBj)

旧バージョンのアーカイブは、RCSB PDBPDBjに納められています。

この更新されたレポートでは、X線結晶構造の検証に関する専門委員会(Validation Task Force)の 意見を取り入れ、 広く受け入れられている評価基準を使って、構造の品質が評価されます。 wwPDBパートナーは、学術誌の編集者や査読者に、論文の投稿・査読過程の中で、著者に検証レポートの提出を求めるよう、推奨しています。 レポートには、日付とwwPDBのロゴが表示されており、その構造がどこのwwPDB拠点で処理されたかにかかわらず、同じ情報が含まれています。 すでに、複数の学術誌 (eLife、 The Journal of Biological Chemistry、 the International Union of Crystallography (IUCr) journals、FEBS journals、the Journ al of Immunology) では、論文投稿の過程で、wwPDB検証レポートの提出が求めらます。

また、新しいwwPDB登録・アノテーションシステムでは、検証レポートが提供されます。 登録者は、データを登録する過程で、レポートの内容を確認し、承認することが求められます。 今後は、X線NMR電子顕微鏡(EM) に対する検証の専門委員会(VTF)からの意見を取り入れ、 また、wwPDB登録・アノテーション(D&A)システムの開発を進め、 登録者やユーザからのフィードバックを集めるにつれて、 更に、検証レポートを開発し、改善する予定です。

X線結晶構造に対する従来のバージョンの検証レポートは、2013年8月から、登録構造のアノテーション過程で、登録者への提供が行われてきました 。 このレポートは、2014年3月に、初めて、一般に公開されました。

NMRや電子顕微鏡法を使って解析された構造に対しても、同様の検証レポートが、2016年5月にご利用頂けるようになります。

検証レポートについての詳細な情報とサンプルは、こちらでご覧頂けます

検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せくださ い。

[ wwPDB ニュ ース ]


作成日: 2016-03-18 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-03-18

ニュース (2016年12月14日)

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電子顕微鏡法エントリーの2016年改良版ファイルを公開しました。

wwPDBとEMデータバンク/電子顕微鏡法の統合データリソースプロジェクトは、 PDBアーカイブ中で、電子顕微鏡と電子線結晶学によって解析された全てのエントリーの実験手法に関する記述を、協力して更新してきました。 この更新が完了し、電子顕微鏡法による全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用できるようにEMデータバンクが開発した、改良データモデルに従うようになりました。 2016年1月以来、OneDepシステムは、電子顕微鏡構造の登録、アノテーション、検証をサポートしており、マップとモデル座標の登録を完全に統合しています。

電子顕微鏡法モデルファイルの例(改良されたファイルとOneDepシステムからのファイル)は、FTPアーカイブの新しいディレクトリ (ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/test_data/EM/)でご覧頂けます。 データ項目ごとの変更点については、エクセルファイルにまとめられています。 更新版のPDBx/mmCIF辞書において、特に電子顕微鏡法の記述については、こちらをご覧ください。 2017年に、現在のPDBアーカイブにあるファイルは、更新されたPDBx/mmCIF辞書に対応した新しいファイルに置き換わる予定です。 それまでに、テスト用アーカイブのデータファイルをご確認ください。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-12-14 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-12-14

OneDep登録サイト は、セキュリティ機能を強化するため、HTTPSによる通信に移行しました。 httpでアクセスした場合は、自動的にhttpsにリダイレクトされます。

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OneDep登録サイトは、セキュリティ機能を強化するため、HTTPSによる通信に移行しました。 httpでアクセスした場合は、自動的にhttpsにリダイレクトされます。

作成日: 2016-12-12

PDBjニュースと、 今月の分子 のRSS配信サービスを開始しました。

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PDBjニュースと、今月の分子のRSS配信サービスを開始しました。

作成日: 2016-12-09

11月30日(水)〜12月2日(金)に、パシフィコ横浜で開催される 第39回 日本分子生物学会年会 にブース出展します。

第39回 日本分子生物学会年会 にブース出展します。

  • 日時:2016年11月30日(水)〜12月2日(金)各日10:00-18:00
  • 会場:パシフィコ横浜
       展示ホール A・B・C 特別企画バイオデータベースコーナー14
皆さまのお越しをお待ちしています。

作成日: 2016-11-29

ニュース (2016年10月15日)

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PDBの電子顕微鏡エントリーの改善

wwPDBとEMデータバンク/電子顕微鏡法の統合データリソースプロジェクト ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578576)は、PDBアーカイブ中で、電子顕微鏡と電子線結晶学によって解析された全てのエントリーの実験手法に関する記述を、協力して更新中です。 更新が完了すると、電子顕微鏡法による全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用できるようにEMデータバンクが開発した、改定データモデルに従うようになります。 2016年1月からは、OneDepシステム (http://wwpdb.org/deposition/system-information日本語版) は、 電子顕微鏡構造の登録、アノテーション、検証をサポートしており、マップとモデル座標の登録を完全に統合しています。

2016年12月に、改良されたモデルファイルの例が、FTPアーカイブの新しいディレクトリ(ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/test_data/EM/)に配置され、 改良データに対応するPDBx/mmCIF辞書も公開される予定です。 2017年に、現在のPDBアーカイブにあるファイルは、更新されたPDBx/mmCIF辞書に対応した新しいファイルに置き換わる予定です。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-10-15 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-10-15

ニュース (2014年5月2日)

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PDB 初期の登録構造と10万件への道のり

The Road to 100,000 Entries: The Early Structures
今週の更新で、PDBアーカイブのエントリー数は 99,775件に達し、まもなく100,000件を迎える見通しです。この節目を迎えるにあたり、今週、PDBの他の節目を振り返っています。

1950年代に、科学者は初めて、X線結晶解析によって、原子レベルで、蛋白質の立体構造を解明し始めました。 ミオグロビン1,2 やヘモグロビン3、 リゾチーム4,5、 リボヌクレアーゼ6,7 などの構造が解明されたことにより、予期せずして、蛋白質の規則性や類似性、また、配列、構造、機能、進化の間の関係についての理解が進みました。 科学の発見と理解に対する大きな可能性が早くに認められ、ノーベル賞も授けられました。8こういった初期の構造が、分子構造生物学という科学的試みの新しい分野の誕生につながりました。

wwPDB calendar for IYCr:2014
wwPDBの2014年のカレンダー表紙には、PDBに最初に登録された構造が紹介されています。

たった7つのエントリー(カルボキシペプチダーゼ、キモトリプシン、シトクロム、ヘモグロビン、乳酸脱水素酵素、スブチリシン、トリプシン阻害剤)9-15から始まって、こういった情報豊かな構造を利用できるように、1971年にPDBアーカイブが設立されました。コンピュータ・ネットワークが事実上存在しない時代に、この分野の先駆者がデータをアーカイブし共有する価値を理解していたのは、先見の明があったことの証拠です。

PDBアーカイブが設立されて以降、10-15年ごとに、アーカイブのサイズはおよそ10倍に増えてきました。公開されたPDBエントリー数は、1982年に100件に達し、1993年に1,000件に達し、2000年に10,000件に達しました。2014年5月に100,000件目の構造が公開されると、過去14年間にアーカイブの約90%が公開されたことになります。

節目となるエントリーとして、以下の記事をご覧ください。 RCSB PDBによるMolecule of the Month の記事"PDB Pioneers"(その日本語版である、PDBj による今月の分子の記事「PDBの先駆者たち」)、 Biophysical Journalに掲載されたBiophysical Highlights from 54 Years of Macromolecular CrystallographyBiopolymersに掲載された Revealing Views of Structural BiologyFEBS Journalに掲載された A brief history of macromolecular crystallography, illustrated by a family tree and its Nobel fruitsなど。

PDB の登録構造は定期的に、PDBeのQuite Interesting PDB Structures (Quips) や、PDBjのEncyclopedia of Protein Structures (eProtS)で紹介されています。

  1. J. C. Kendrew, R. E. Dickerson, B. E. Strandberg, et al. (1960) Structure of myoglobin: A three-dimensional Fourier synthesis at 2 A. resolution. Nature 185: 422-427.
  2. J. C. Kendrew, G. Bodo, H. M. Dintzis, et al. (1958) A three-dimensional model of the myoglobin molecule obtained by x-ray analysis. Nature 181: 662-666.
  3. M. F. Perutz, M. G. Rossmann, A. F. Cullis, et al. (1960) Structure of haemoglobin: a three-dimensional Fourier synthesis at 5.5 Å resolution, obtained by X-ray analysis. Nature 185: 416-422.
  4. C. C. F. Blake, L. N. Johnson, G. A. Mair, et al. (1967) Crystallographic studies of the activity of hen egg-white lysozyme. Proc. R. Soc. London Ser. B 167: 378-388.
  5. C. C. F. Blake, D. F. Koenig, G. A. Mair, et al. (1965) Structure of hen egg-white lysozyme. A three dimensional Fourier synthesis at 2 Å resolution. Nature 206: 757-761.
  6. G. Kartha, J. Bello, D. Harker. (1967) Tertiary structure of ribonuclease. Nature 213: 862-865.
  7. H. W. Wyckoff, K. D. Hardman, N. M. Allewell, et al. (1967) The structure of ribonuclease-S at 6 Å resolution. J. Biol. Chem. 242: 3749-3753.
  8. M. Jaskolski, Z. Dauter, A. Wlodawer. (2014) A brief history of macromolecular crystallography, illustrated by a family tree and its Nobel fruits. FEBS Journal in press.
  9. D. W. Christianson, W. N. Lipscomb. (1986) X-ray crystallographic investigation of substrate binding to carboxypeptidase A at subzero temperature. Proc Natl Acad Sci U S A 83: 7568-7572.
  10. J. J. Birktoft, D. M. Blow. (1972) Structure of crystalline alpha-chymotrypsin. V. The atomic structure of tosyl-alpha-chymotrypsin at 2 Å resolution. J Mol Biol 68: 187-240.
  11. R. C. Durley, F. S. Mathews. (1996) Refinement and structural analysis of bovine cytochrome b5 at 1.5 A resolution. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 52: 65-76.
  12. W. A. Hendrickson, W. E. Love, J. Karle. (1973) Crystal structure analysis of sea lamprey hemoglobin at 2 Å resolution. J Mol Biol 74: 331-361.
  13. C. Abad-Zapatero, J. P. Griffith, J. L. Sussman, et al. (1987) Refined crystal structure of dogfish M4 apo-lactate dehydrogenase. J Mol Biol 198: 445-467.
  14. R. A. Alden, J. J. Birktoft, J. Kraut, et al. (1971) Atomic coordinates for subtilisin BPN' (or Novo). Biochem Biophys Res Commun 45: 337-344.
  15. M. Marquart, Walter, J., Deisenhofer, J., Bode, W., Huber, R. (1983) The geometry of the reactive site and of the peptide groups in trypsin, trypsinogen and its complexes with inhibitors. Acta Crystallogr B39: 480.

作成日: 2016-10-05 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-10-05

2016年9月30日に、従来の登録システム AutoDep、ADIT-NMR、EMDepを終了しました。

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2016年9月30日に、従来の登録システム AutoDep、ADIT-NMR、EMDepを終了しました。

2014年1月に、wwPDBは、X線結晶構造に対して、統合された登録・アノテーション・検証システム (RCSB PDB | PDBe | PDBj) を開始しました。 14000件以上の構造が新しいシステムを使って登録された後、アノテーション処理や検証処理が行われ、そのうち9000件以上が、すでに公開されています。 新しいシステムには以下のような特徴があります。 PDBx/mmCIFフォーマットを利用することにより、より統一されたデータを作成できること、 登録の前でも後でも、データファイルの差し替えが可能なこと、 アノテータと登録者間のコミュニケーション方法が改善されたこと、 アノテーション処理が改良されたこと、 wwPDBの専門家から成る委員会(task forces)からの提言に基づいた検証レポートが提供されること、などです。 ユーザからのフィードバックを取り入れ、定期的にこのシステムへの改良が行われています。 より詳細な情報ビデオチュートリアルもご覧ください。

2016年1月8日には、X線結晶構造に加えて、核磁気共鳴法(NMR)や電子顕微鏡法(3DEM)で決定された構造にも対応した、wwPDBの登録システムの拡張バージョンが開始されました。 新しいシステムは、NMRや電子顕微鏡の実験データのデータベースと連携し、BMRBとEMDBのアクセッションコードを発行することができます。

2016年9月30日に、従来の登録システム、 AutoDep、 ADIT-NMR (BMRB |PDBj)、 EMDep は、PDBやEMDBへの登録受付を終了しました。

更新版のADIT-NMRシステム(available from BMRBPDBj-BMRBで利用可能) は、今後も、3次元構造の座標をもたないNMR実験データと同様に、現在wwPDB登録システムで受け付けられないNMRの関連データ(例えば、緩和データ、一次時間領域スペクトル)も、継続して登録を受付けます。

ご質問やご意見は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語にてお寄せください。  

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-10-01 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-11-29

ニュース (2016年4月21日)

大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント

このイベントは終了しました

大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント

今年も大阪大学創立記念祭「いちょう祭」にてタンパク質などの生体分子をより知って頂くためのさまざまな展示・実習・実演を行います。 皆さんのお越しをお待ちしております。 詳細は以下の通りです。

日時
2016年5月1日(日)13:00〜16:30
会場
大阪大学蛋白質研究所(大阪府吹田市山田丘3-2)
本館1階セミナー室 [Map] [Google Map]
※本館正面を入って右に進んだ突き当たりにある講堂のさらに奥です。
内容

タンパク質分子の『立体構造にさわる』体験をしてみよう

タンパク質、核酸、脂肪などの「生体分子」は生き物の部品です。 生体分子の立体構造は、生き物のしくみを解明するヒントになります。 蛋白質構造データバンク(PDB)では、生体分子の立体構造を世界中から集めて整理し、世界中に公開しています。 当イベントでは、以下のような「立体構造にさわる」体験をして頂けるメニューを用意しています。 これらのメニューはいずれもPDBのデータを利用したものです。

  • でタンパク質分子を作ってみよう!
  • 3Dプリンタを使って、タンパク質分子の出力を実演します!
  • 3Dメガネとパソコン・タブレットを使って、タンパク質分子を立体的に見てみよう!
いちょう祭パンフ

作成日: 2016-09-23 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-09-23

ニュース (2016年8月31日)

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お知らせ 2016年8月31日 - 万見文書" /> これまで開発版として公開していたEM Navigator万見が、9月15日から正式版となります。詳細はこちらをご覧ください。
お知らせ 2016年8月31日 - 万見文書

作成日: 2016-08-31 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-08-31

PDBjが開発した分子構造ビューア「 Molmil 」に関する論文が 出版されました 。

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PDBjが開発した分子構造ビューア「Molmil」に関する論文が出版されました

作成日: 2016-08-29 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-08-29

wwPDBの構造検証サーバが、新しくなりました。

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wwPDBの構造検証サーバが、新しくなりました。

wwPDBの新しい検証サーバ(https://validate.wwpdb.org)で、 X線結晶構造だけでなく、NMRや電子顕微鏡法によって決定された構造に対しても、初期の(preliminary*1)検証レポートを生成できるようになりました。
*1 validation FAQ) 検証レポートには、どんな種類がありますか?

wwPDBは、構造の決定過程において、検証サーバを使用することを推奨していますが、特に、 PDBへ構造を登録するための準備を行う際には、検証サーバの利用を強く推奨します。 構造検証サーバのレポートは、登録時に提供されるものと、等価な情報を提供しています。

モデルとデータの一致を検証する際は、構造モデルは、実験データ(結晶構造因子やNMRの化学シフト)と一緒に評価することも、 独立に評価することもできます。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-08-08 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-08-08

PDBjでは、名古屋大学が作成・運営している天然変性蛋白質のデータベース ( IDEAL ) へ、各PDBID毎にリンクを張るサービスを開始しました。

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PDBjでは、名古屋大学が作成・運営している天然変性蛋白質のデータベース (IDEAL) へ、各PDBID毎にリンクを張るサービスを開始しました。

作成日: 2016-08-03

2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM)によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマップの登録が必須になります。

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2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM)によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマップの登録が必須になります。

2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM)で決定した原子座標をPDBへ登録する場合、マップを座標と同時に登録するか、座標より前にEMDBへ登録しておくことが必要になります。

マップと原子座標は、wwPDBのパートナーの各登録サイトから、統合化されたPDB、EMDB、BMRB登録ツールを使って、登録できます。
RCSB PDB (http://deposit.wwpdb.org)
PDBe (https://deposit-pdbe.wwpdb.org)
PDBj (http://deposit-pdbj.wwpdb.org)

一旦、登録データのアノテーション処理が行われ、登録者が同意すれば、登録データは、登録者が決めた公開指示に従って、公開されます。 wwPDBとEMDBの方針では、座標とマップが登録された後、最大1年間は、非公開の状態にしておけます。 PDBとEMDB両方の登録の場合、2016年9月から、マップと座標を非公開にしておける期間は、同じになることに注意してください。

他の実験手法で決定された構造に対しては、2008年以降、実験データの登録が必須となっていますが、 今回の方針変更によって、電子顕微鏡による構造の登録も、同じ登録要件に合わせることになります。 方針の変更は、PDBやEMDBユーザの意見に基づいており、wwPDB詰問委員会(wwPDBAC) によって、満場一致で承認されました。

登録に関するご質問は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで英語にてお寄せください。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-07-07

PDBjのFTPサイト ftp://ftp.pdbj.org/RDF/sifts/ で、 SIFTS のRDF版が公開されました。

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PDBjのFTPサイト ftp://ftp.pdbj.org/RDF/sifts/ で、SIFTSのRDF版が公開されました。 SIFTSはGene Ontologyや、分類学(生物種)、構造的な分類(SCOPやCATH)、酵素番号、UniProt配列との対応などのアノテーションを提供していますが、これをRDFとして公開することで、様々なサイトが提供するその他の多くのRDFデータと容易に統合することができます。

作成日: 2016-06-29

ニュース (2016年5月31日)

VisLab OSAKA(グランフ ロント大阪 北館タワーC 9F)にて、All-in-one 合同講習会 2016 ~バイオビッグデータ解析入門~が開催されます。" />

7月23日(土)、VisLab OSAKA (グランフ ロント大阪 北館タワーC 9F)にて、All-in-one 合同講習会 2016 ~バイオビッグデータ解析入門~が開催されます。

詳細・講習会へのお申込みは、開催案内ページを御覧ください。


作成日: 2016-06-27 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-06-27

PDBデータを登録する際は、ORCIDコードと助成金情報を入力してください。

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PDBデータを登録する際は、ORCIDコードと助成金情報を入力してください。

wwPDBは、アノテーションや追跡をよりよくするために、登録者がPDBデータを登録する際に、 ORCIDコードと研究助成金に関する情報を提供することを推奨します。

ORCIDは、研究者ごとに唯一に決まるコードです。 そのため、このコードを使用すると、PDBやBMRB、EMDBエントリーの著者が誰であるかを特定する際に、 曖昧性を排除できます。 ORCIDコードは、http://orcid.orgからご登録ください。

資金の提供機関や助成金情報を提供することは、よりよい追跡や統計につながります。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-06-27 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-06-27

wwPDBとRCSB PDBウェブサイトへのアクセスについて

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wwPDBとRCSB PDBウェブサイトへのアクセスについて

国際蛋白質構造データバンク(wwPDB)は、 生体高分子の立体構造データを集めたPDBアーカイブを 世界中の利用者に無償で公開し、運営していくことを使命としています。 wwPDBのウェブサイトは、各パートナーのウェブサイトや、登録サイト、データ定義辞書やファイルフォーマットに関する情報へのリンクを提供しています。 6月30日以降は、wwPDBウェブサイトは、wwPDB.org又はPDB.orgで アクセスできるようになります。

RCSB PDBのリソースは、これまで通り、RCSB.orgからご利用頂けます。 RCSB PDBのリソースへのブックマークを変更する必要はありません。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-06-22

PDBeta ウェブサービスは終了しました。

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PDBetaウェブサービスは終了しました。

今後はPDBetaプログラムをダウンロードし、ローカルでご利用頂くようお願いします。プログラムの更新は継続していく予定です 。

作成日: 2016-06-16 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-06-16

ニュース (2016年5月26日)

第16回日本蛋白質科学会年会にて、PDBjとJAICI(化学情報協会)は合同ランチョンセミナーを実施致しました。" />

<PDBj&JAICI合同ランチョンセミナー>

このセミナーは終了しました

第16回日本蛋白質科学会年会にて、PDBjとJAICI(化学情報協会)は合同ランチョンセミナーを実施致します。

日時 平成28年6月7日(火)11:45-12:35
会場(部屋名) B会場福岡国際会議場 2F 多目的ホール
席数 100席

<演者・演題>

  • 演者1:小林直宏(大阪大学蛋白質研究所)
    "Application of the integrated NMR database in protein science"
    (統合化されたNMRデータベースの蛋白質研究への有効利用)
  • 演者2:Stephen Maginn(ケンブリッジ結晶学データセンター(英))
    "The Cambridge Structural Database(CSD)‐ a vital resource for structural chemistry and biology"
    (ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)‐ 生命構造化学の重要なリソース)

※セミナー当日、学会受付にて整理券(先着順)をお求めの上、ご来場下さい。


作成日: 2016-06-10 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-06-10

ニュース (2016年6月1日)

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AutoDepからの登録受付は、2016年8月25日に終了します。
ADIT-NMREMDepからの登録受付は、2016年9月30日に終了します。

2014年1月に、wwPDBは、X線結晶構造に対して、統合された登録・アノテーション・検証システム (RCSB PDB | PDBe | PDBj) を開始しました。 14000件以上の構造が新しいシステムを使って登録された後、アノテーション処理や検証処理が行われ、そのうち9000件以上が、すでに公開されています。 新しいシステムには以下のような特徴があります PDBx/mmCIFフォーマットを利用することにより、より統一されたデータを作成できること、 登録の前でも後でも、データファイルの差し替えが可能なこと、 アノテータと登録者間のコミュニケーション方法が改善されたこと、 アノテーション処理が改良されたこと、 wwPDBの専門家から成る委員会(task forces)からの提言に基づいた検証レポートが提供されること、などです。 ユーザからのフィードバックを取り入れ、定期的にこのシステムへの改良が行われています。 より詳細な情報ビデオチュートリアルもご覧ください。

2016年1月8日には、X線結晶構造に加えて、核磁気共鳴法(NMR)や電子顕微鏡法(3DEM)で決定された構造にも対応した、wwPDBの登録システムの拡張バージョンが開始されました。 新しいシステムは、NMRや電子顕微鏡の実験データのデータベースと連携し、BMRBとEMDBのアクセッションコードを発行することができます。

2016年5月31日午前9時(JST)に、従来の登録システム、 AutoDep、 ADIT-NMR (BMRB |PDBj)、 EMDep は、PDBやEMDBの新しい登録の受付を終了しました。 AutoDepシステムで登録を開始し、中断されている方は、2016年8月25日までに、 ADIT-NMRとEMDepシステムで登録を開始し、中断されている方は、2016年9月30日までに、登録を完了させてください。

更新版のADIT-NMRシステム(available from BMRBPDBj-BMRBで利用可能) は、今後も、3次元構造の座標をもたないNMR実験データと同様に、現在wwPDB登録システムで受け付けられないNMRの関連データ(例えば、緩和データ、一次時間領域スペクトル)も、継続して登録を受付けます。

ご質問やご意見は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-06-02 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-06-02

wwPDBの登録、検証、アノテーション処理に対するサポートが改善されました。

このページの他言語版もあります: English

wwPDBの登録、検証、アノテーション処理に対するサポートが改善されました。

2016年5月25日以降、新しい登録セッションは、アノテーションを担当するwwPDBパートナーへと転送されます。 ヨーロッパとアフリカは英国のPDBe、アジアや中東は日本のPDBj、米国やオーストラリア、オセアニア地区は米国のRCSB PDBが担当することになっています。 これによってアノテータとのコミュニケーションが迅速になり、アノテーション処理の負荷が、wwPDBパートナーサイト間で偏らなくなります。

3つのwwPDBパートナーの登録サイト(http://deposit.wwpdb.org(RCSB PDB)、 http://deposit-pdbe.wwpdb.org(PDBe)、http://deposit-pdbj.wwpdb.org(PDBj) )のいずれかで、 新規登録を開始する際に、登録者は、国名の選択肢の中から、PIが所属する研究所の所在国を選択します。選択された国によって、自動的に、wwPDBパートナーの担当拠点にセッションがつながります。

登録者の場所(PIの研究所の所在地)ごとのPDB登録数を含む、登録に関する統計値は、wwPDBサイトの統計ページ(http://wwpdb.org/stats/deposition)でご覧頂けます。

ご質問やご意見は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-05-26

インスリンとその受容体についてのページを 万見プライムに追加しました 。

インスリンとその受容体についてのページを万見プライムに追加しました

作成日: 2016-05-19

CASP-12 構造予測競争のために登録構造を指定してください。

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CASP-12 構造予測競争のために登録構造を指定してください。

タンパク質の配列を公開することによって、構造モデルの研究者が、予測方法をテストする手助けができます。 登録構造をCASPターゲットとして指定するには、構造の登録時に公開条件のページをご利用ください。 理想的な候補は、公開構造に対する配列相同性が50%以下か、あるいは予測自体が興味深いものです。

エントリーにCASPターゲットの印が付くと、ターゲット予測のために、配列は直ちに公開され、 構造は、8週間後に公開される(held for 8 weeks)という指定になります。 詳細については、以下のCASPのサイトをご覧ください。 http://www.predictioncenter.org/casp12/index.cgi.

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-05-12

ニュース(2016年5月10日)

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jV」を更新しました" />

PDBjで提供している分子ビュアー「jV」を更新しました(4.5→4.5.1)。 修正点は、静止画像保存先に書き込み権限がなかった時のエラー処理に関する不具合修正です。


作成日: 2016-05-10 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-05-10

NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが公開されました。

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NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが公開されました。

wwPDBパートナーとEMDataBankは、PDBアーカイブの全てのNMR構造と電子顕微鏡法による構造に対して、 検証レポートが公開されたことを報告いたします。

新しい検証レポートは、以下の各FTPサイトからご利用頂けます。

新しい検証レポートは、 NMRまたは電子顕微鏡法によって決定された原子モデル座標を検討し、そして、 NMRで決定された原子モデル座標と、元となる実験データを比較することによって、 個々の構造の品質を評価します。 解釈が容易な要約情報では、アーカイブ全体の中で、原子モデルと構造モデルの品質が比較され、 PDBデータの利用者が個々のエントリーの品質を厳密に評価しやすくなります。

新しい検証レポートは、 NMR電子顕微鏡法(3DEM)の検証に関する 専門家グループの意見を取り入れる一方、X線結晶構造に対して発展された検証スキーマの要素を再利用しています。 X線、NMR、電子顕微鏡法に特化した検証のパイプラインは、 より大きな構想である、wwPDBの新しい登録・アノテーションシステムの一部として、開発されてきました。 このシステムは、wwPDBの各登録拠点において、登録・アノテーション・検証の手法を統一するために作られました。

2016年1月から、 NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが、wwPDBの登録・アノテーションシステムの一部として 登録者に提供されてきました。これによって、登録者は、PDBへの登録や文献の出版の前に、解決すべき問題を特定しやすくなりました。

新しい検証レポートのユーザガイドを含む、詳細な情報は、wwPDBサイトをご覧ください。 また、新しい検証レポートに対するご意見を歓迎します。 検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

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作成日: 2016-05-06

リガンドの検証に関する会議の成果が出版されました。

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リガンドの検証に関する会議の成果が出版されました。

初めて開催されたリガンドの検証に関する会議によって、 共結晶構造の決定に関する大学や企業の専門家と X線結晶学や計算化学ソフトウェアの開発者が集まり、 共結晶構造の検証や、共結晶構造の出版に関する編集者又は審判の基準、 アーカイブ中でのリガンドの表現に関する提案について、 最良の方法を議論し開発することにつながりました。 これら提案の内容が、以下の文献から出版されました。
Outcome of the First wwPDB/CCDC/D3R Ligand Validation Workshop (2016) Structure 24: 502508 doi: 10.1016/j.str.2016.02.017

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作成日: 2016-04-18

ニュース (2014年3月19日)

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PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが公開されました。

全てのX線結晶構造についての検証レポートが、PDBアーカイブで公開されています。 レポートは、以下のFTPサイトからご覧頂けます。

検証レポート(約56GB)は、2014年3月19日の更新時にFTPアーカイブに追加されました。 各エントリーのファイル群は、PDB IDの2文字(2文字目と3文字目)を名前にもつディレクトリに分類されています。 例えば、1ABCのレポートは、/pdb/validation_reports/ab/1abc/というディレクトリ以下で公開されています。 ファイルは全て、gzip フォーマット(http://www.gzip.org/)で圧縮されています。

各エントリーごとに、5種類のファイルが公開されています。

  • 標準版のwwPDB検証レポート(PDF) (例:1abc_validation.pdf.gz)
  • 完全版のwwPDB検証レポート(PDF) (例:1abc_full_validation.pdf.gz)
  • 全体的な品質を表す画像(PNG) (例:1abc_multipercentile_validation.png.gz)
  • 全体的な品質を表す画像(SVG) (例:1abc_multipercentile_validation.svg.gz)
  • 診断

PDBアーカイブからのデータのダウンロード方法は、 こちらをご覧ください。

この検証レポートでは、モデル座標と実験データ、及びこれら2つの一致度を考慮することによって、解析された構造の品質を評価することができます。あるモデルとアーカイブ中の他のモデルの品質を比較した要約情報は、容易に解釈することができ、PDBデータの利用者は、アーカイブ中の構造を評価し、ニーズに合った最も適切な構造モデルを選択することができます。

このレポートは、検証に関する専門家グループの意見を取り入れ、より大きな構想である、wwPDBの新登録・編集システムの一部として、開発されてきました。 新システムは、wwPDBの各登録拠点において、共通する全ての構造決定手法に対して、登録・編集ツールや方法を統一するために作られました。

2013年8月以降、wwPDBはX線結晶構造のアノテーション過程で、この新しい検証レポートを登録者に提供してきました。 更に最近では、wwPDBの検証サーバーのサービスを開始したことで、研究者は、登録前に必要に応じて検証レポートを作成することができるようになりました。

X線結晶構造の検証レポートのサンプルなど、詳細な情報は、wwPDBサイトをご覧ください。 新しい検証レポートに対するご意見を歓迎します。 検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

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作成日: 2016-04-14

PDBjのMine2 関係データベース(RDB)に、 PDBeとUniProtが開発した SIFTS データが統合されました。

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PDBj のMine2 関係データベース(RDB)に、 PDBeとUniProtが開発したSIFTSデータが統合されました。 PDBj Mine2とSIFTSを組み合わせることにより、ユーザは、SQL検索を使って、PDBアーカイブ中のタンパク質配列の様々なアノテーションを検索することができます。 例えば、Gene Ontologyや、分類学(生物種)、構造的な分類(SCOPやCATH)、酵素番号、UniProt配列との対応があります。詳細は、ヘルプページをご覧ください。
PDBj Mine2データベースへのSIFTSの統合については、FTPサイト(ftp://ftp.pdbj.org/mine2/sifts/ )を参照してください。

作成日: 2016-04-13

ニュース (2016年3月31日)

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2016年9月30日に、従来の登録システム AutoDep、 ADIT-NMR、 EMDepを終了します。 5月31日午前9時(JST)以降は、従来のシステムでは、新しい登録セッションが開始できなくなります。

2014年1月に、wwPDBは、X線結晶構造に対して、統合された登録・アノテーション・検証システム (RCSB PDB | PDBe | PDBj) を開始しました。 14000件以上の構造が新しいシステムを使って登録された後、アノテーション処理や検証処理が行われ、そのうち9000件以上が、すでに公開されています。 新しいシステムには以下のような特徴があります。 PDBx/mmCIFフォーマットを利用することにより、より統一されたデータを作成できること、 登録の前でも後でも、データファイルの差し替えが可能なこと、 アノテータと登録者間のコミュニケーション方法が改善されたこと、 アノテーション処理が改良されたこと、 wwPDBの専門家から成る委員会(task forces)からの提言に基づいた検証レポートが提供されること、などです。 ユーザからのフィードバックを取り入れ、定期的にこのシステムへの改良が行われています。 より詳細な情報ビデオチュートリアルもご覧ください。

2016年1月8日には、X線結晶構造に加えて、核磁気共鳴法(NMR)や電子顕微鏡法(3DEM)で決定された構造にも対応した、wwPDBの登録システムの拡張バージョンが開始されました。 新しいシステムは、NMRや電子顕微鏡の実験データのデータベースと連携し、BMRBとEMDBのアクセッションコードを発行することができます。

2016年5月31日午前9時(JST)に、従来の登録システム、 AutoDep、 ADIT-NMR (BMRB |PDBj)、 EMDep は、PDBやEMDBの新しい登録の受付を終了します。 従来のシステムで登録を開始し、中断されている方は、2016年9月30日までに登録を完了させてください。

更新版のADIT-NMRシステム(available from BMRBPDBj-BMRBで利用可能) は、今後も、3次元構造の座標をもたないNMR実験データと同様に、現在wwPDB登録システムで受け付けられないNMRの関連データ(例えば、緩和データ、一次時間領域スペクトル)も、継続して登録を受付けます。

ご質問やご意見は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。  

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作成日: 2016-04-08 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-04-08

ジカウイルスの構造が公開されました。

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ジカウイルスの構造が公開されました。

ジカウイルスの3次元構造が、電子顕微鏡法によって決定され、PDBから公開されました。 ジカウイルスの3次元構造の原子座標が、一般に公開されたことにより、世界中の医学研究者間で、新しい抗ウイルス薬やワクチンの開発が加速されることが期待されます。

構造については、以下の文献をご覧ください。
The 3.8Å Resolution Cryo-EM Structure of Zika Virus
Devika Sirohi, Zhenguo Chen, Lei Sun, Thomas Klose, Theodore C. Pierson, Michael G. Rossmann, Richard J. Kuhn, Science (2016)

原子座標(PDB ID 5ire)は、PDBアーカイブやwwPDBパートナーの各ウェブサイトから無料でご自由にご利用頂けます。
RCSB PDB (http://rcsb.org), PDBe (http://pdbe.org), PDBj (http://pdbj.org).

対応する電子密度マップ(EMD-8116)は、 PDBeやRCSB、PDBjのウェブサイトやftpサイトを通して、EMDBアーカイブからご利用頂けます。

Photo Credit: Purdue University

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作成日: 2016-04-01

wwPDBの登録システムで、未公開エントリーの登録者とタイトル情報を非公開にするオプションを選択できるようになります。

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wwPDBの登録・アノテーション・検証システムで、未公開エントリーの登録者とタイトル情報を非公開にするオプションを選択できるようになります。

2016年5月8日から、PDBデータの登録時に、登録者とタイトル情報を、構造の公開まで、非公開にするオプションを選択できるようになります。 この機能は、“オプトイン”原則に基づいて利用できるようになります。 このオプションを選択すると、構造が一般公開されるまでの間、未公開エントリーの検索を行っても、登録者とタイトルの情報は、非公開となります。

この選択肢は、登録者の要望により、wwPDBの登録・アノテーション・検証システムに追加されます。

この特徴は、論文の査読過程で役立つことが期待されています。 登録者の機密性を尊重しつつ、学術誌の査読者は、検証レポートからより多くの情報を得ることができます。 登録者は、学術誌への論文の投稿の前に、データの登録を完了させるよう、強く勧められます。 また同様に、登録者は、原稿の投稿時に、公式なwwPDBの検証レポートを学術誌へ提供するよう促されます。

ご質問やコメントは、deposit-help@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

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作成日: 2016-03-31

ニュース (2016年1月19日)

H27年度 PDBj & 創薬等PF情報拠点VaProS第4回利用講習会
「生命科学のための立体構造データ・ビッグデータの使い方入門」

立体構造データや様々な生命科学データベースの利用法を知っていただくため、PDBjVaProSの二つのデータベースの使い方を中心に、 パソコンを用いた講習会を開催いたします。UCSF ChimeraModellerを用いたホモロジー・モデリングの方法も説明いたします。 構造生物学が専門ではない、一般の生命科学者の方の参加も歓迎いたします。

趣旨 PDBjに収納されている生体高分子の立体構造データは、生命科学の研究に広く役立つ有用な情報をもっています。 また近年、ゲノム、相互作用データ、発現データなど膨大なデータが集積しており、 そうしたビッグデータを生かすことも生命科学にとって重要です。 本講習会では、前半は、立体構造データの検索法、分子表示ソフトの使い方、ホモロジー・モデリングの方法などを、 初心者にもわかりやすく説明いたします。 後半は、創薬等支援技術基盤プラットフォーム(創薬等PF)情報拠点で開発された構造生命科学データクラウドVaProSを用いた解析の講習を行います。
日時 平成28年3月15日(火)9:00-16:50
会場 大阪大学蛋白研究所(1階講堂)
定員 30名(先着順)
参加費 無料
PCについて 講習会ではPCを使用します。
  • 原則として各自でノートPCをご持参いただくようお願いいたします。無線LANが使用できるPCであれば、 OSはWindowsでもMacでもかまいません。
  • 希望者にはPCの貸出(Windows 8.1)も行いますが、先着14台までと数に限りがあります。
  • ウェブブラウザと下記の3つのソフトウエアがインストールされている必要があります。 詳しくは下記「事前準備とPCの持ち込みについて」をご参照下さい。これらのソフトウエアにはライセンス上の制約があ るものがありますのでご注意ください。
  • ブラウザとしてGoogle ChromeおよびMicrosoft Edgeを使用することは避けてください。講習会で使用するウェブサービスの機能の一部がこれらの ブラウザでは動作しません。その他のブラウザ(Internet Explorer、Firefox, Safariなど)の準備をお勧めします。
  • PCを持参される方は、マウスも合わせてご持参されることをお勧めします。
主催 創薬等支援技術基盤プラットフォーム日本蛋白質構造データバンク(PDBj)
共催 大阪大学蛋白質研究所
問い合わせ お問い合わせフォームまたは電話(06-6879-4311)にてお願いします(担当:PDBj 事務局 晴氣

<事前準備とPCの持ち込みについて>

講習には下記3つのアプリケーションがインストールされた環境が必要となります。 PCを持参される方は、下記リンク先のインストール手順を参考にあらかじめインストールしておいて頂きますようお願いします。インストールでき ないなど何か問題があれば問い合わせフォームよりお問い合わせ下さい。

なお、UCSF ChimeraModellerの無料ライセンス版は大学などアカデミックな機関に所属される方のみご利用になれます。 ご所属が企業などその他の機関の方については、持参されるPCにこれらのアプリケーションをインストールする際に有償の商用ライセンス が必要となります。 商用ライセンスを購入される予定のない方はこちらで貸し出すPC(Windows 8.1)をご利用下さい。台数には限りがありますので早めの事前登録をお願い致します(PC貸与は先着14台まで)。


<講習会プログラム>

  1. 08:45~ 受付開始
  2. 09:00~09:05 はじめに
    講師:中村 春木 (大阪大学蛋白質研究所)
  3. 09:05~10:00 PDBデータの検索・見方
    講師:工藤 高裕 (大阪大学蛋白質研究所)
  4. 10:10~11:10 タンパク質の立体構造を見る
    講師:鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所)
  5. 11:20~12:20 UCSF ChimeraとMODELLERを用いたホモロジー・モデリング
    講師:川端 猛 (大阪大学蛋白質研究所)
  6. 13:30~14:30 HOMCOSサーバを用いた複合体立体構造の検索とモデリング
    講師:川端 猛 (大阪大学蛋白質研究所)
  7. 14:40~15:40 VaProSでなにができるのか? -遺伝子から相互作用まで-
    講師:池尾 一穂 (国立遺伝学研究所)
  8. 15:50~16:50 天然リガンドデータベースと遺伝子共発現 データベースの紹介
    *要パスワード(パスワードは受講者にお知らせします)
    講師:木下 賢吾 (東北大学大学院情報科学研究科)
講習会要旨 (156KB)

作成日: 2016-03-16 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-03-16

PDBj & 創薬等PF情報拠点VaProS第4回利用講習会 「生命科学のための立体構造データ・ビッグデータの使い方入門」

  • 電源配線に足をひっかけないよう、会場内を移動する際はご注意下さい。
  • 付近の飲食店などの情報です。昼食の際、ご参考までに。

作成日: 2016-03-14 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-03-14

NMRと電子顕微鏡法によって決定された構造に対して、新しい検証レポートが公開されます。

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NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが公開されます。

wwPDBパートナーとEMDataBankは、PDBアーカイブの全てのNMR構造と電子顕微鏡法による構造に対して、 今年5月に検証レポートが公開されることを報告いたします。

新しい検証レポートは、以下の各FTPサイトからご利用頂けます。

新しい検証レポートは、 NMRまたは電子顕微鏡法によって決定された原子モデル座標を検討し、そして、 NMRで決定された原子モデル座標と、元となる実験データを比較することによって、 個々の構造の品質を評価します。 解釈が容易な要約情報では、アーカイブ全体の中で、原子モデルと構造モデルの品質が比較され、 PDBデータの利用者が個々のエントリーの品質を厳密に評価しやすくなります。

新しい検証レポートは、 NMR電子顕微鏡法(3DEM)の検証に関する 専門家グループの意見を取り入れる一方、X線結晶構造に対して発展された検証スキーマの要素を再利用しています。 X線、NMR、電子顕微鏡法に特化した検証のパイプラインは、 より大きな構想である、wwPDBの新しい登録・アノテーションシステムの一部として、開発されてきました。 このシステムは、wwPDBの各登録拠点において、登録・アノテーション・検証の手法を統一するために作られました。

2016年1月から、 NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが、wwPDBの登録・アノテーションシステムの一部として 登録者に提供されてきました。これによって、登録者は、PDBへの登録や文献の出版の前に、解決すべき問題を特定しやすくなりました。

新しい検証レポートのユーザガイドを含む、詳細な情報は、wwPDBサイトをご覧ください。 また、新しい検証レポートに対するご意見を歓迎します。 検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

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作成日: 2016-03-07 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-03-07

PDBjで提供している分子閲覧ソフト jVの新バージョン(4.5) を公開しました。新たに低分子用mmCIF(chem_comp mmCIF)フォーマットの読み書きにも対応するようになりました。

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PDBjで提供している分子閲覧ソフトjVの新バージョン(4.5)を公開しました。 新たに低分子用mmCIF(chem_comp mmCIF)フォーマットの読み書きにも対応するようになりました。

作成日: 2016-03-03 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-03-03

PDBアーカイブのX線結晶構造について、検証レポートが更新されます。

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PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新されます。

2016年3月に、PDBアーカイブの全てのX線結晶構造に対して、検証レポートが更新されます。

新しいレポートでは、以下の点が更新されています。

  • 統計グラフには、2015年12月30日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されています。
  • 新しいバージョンのソフトウェアを使用しています。
    • CCP4 V6.5 (Refmac 5.8.0135)
    • Mogul 2015 (CSD archive as536be)
  • リガンド幾何学のMogul解析の方法が改良されています。
  • 高分子鎖の品質を表すために、より明確なグラフィック要素を使用しています。
  • 検証レポートのテキストが見易いよう改善されています。
  • ユーザガイドとFAQが更新されています。

更新版の検証レポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けるようになります。

  • ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB/RCSB PDB)
  • ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe)
  • ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ (PDBj)

このレポートでは、X線結晶構造の検証に関する専門委員会(Validation Task Force)の意見を取り入れ、 広く受け入れられている評価基準を使って、構造の品質が評価されます。 wwPDBパートナーは、学術誌の編集者や査読者に、論文の投稿・査読過程の中で、著者に検証レポートの提出を求めるよう、推奨しています。 レポートには、日付とwwPDBのロゴが表示されており、その構造がどこのwwPDB拠点で処理されたかにかかわらず、同じ情報が含まれています。 すでに、複数の学術誌 (eLife、 The Journal of Biological Chemistry、 the International Union of Crystallography (IUCr) journals、FEBS journals、the Journal of Immunology) では、論文投稿の過程で、wwPDB検証レポートの提出が求めらます。

また、新しいwwPDB登録・アノテーションシステムでは、検証レポートが提供されます。 登録者は、データを登録する過程で、レポートの内容を確認し、承認することが求められます。 今後は、X線NMR電子顕微鏡(EM) に対する検証の専門委員会(VTF)からの意見を取り入れ、 また、wwPDB登録・アノテーション(D&A)システムの開発を進め、 登録者やユーザからのフィードバックを集めるにつれて、 更に、検証レポートを開発し、改善する予定です。

X線結晶構造に対する従来のバージョンの検証レポートは、2013年8月から、登録構造のアノテーション過程で、登録者への提供が行われてきました。 このレポートは、2014年3月に、初めて、一般に公開されました。

NMRや電子顕微鏡法を使って解析された構造に対しても、同様の検証レポートが開発中です。

検証レポートについての詳細な情報とサンプルは、こちらでご覧頂けます

検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-02-05

ニュース (2016年1月11日)

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wwPDBの登録・アノテーションシステムから、NMRと電子顕微鏡法(3DEM)で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。

wwPDBの新しい登録・アノテーションシステムから、電子顕微鏡法(3DEM)、NMR、X線、中性子線、電子線結晶解析で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。 現在は、以下のサイトからご登録頂けます。
http://deposit-next.wwpdb.org/deposition/

新しいシステムでは、EMDBやBMRBと相互に連携することにより、PDBへの原子座標の登録と、EMDBへのEM電子密度マップの登録、又はBMRBへのNMR実験データの登録を、合せて行うことができます。構造が登録されれば、PDBとEMDB、BMRBのアクセションコードが発行されます。

概要は、以下のチュートリアルをご覧ください。
http://www.wwpdb.org/deposition/tutorial(英語)
http://pdbj.org/help/wwpdb_dep_tutorial(日本語)

2014年1月に、wwPDBは、構造データの登録及びアノテーションの国際的に統一されたシステムを発表する第一段階として、X線結晶構造を対象に、新しい登録・アノテーションシステムを立ち上げました。 12,000件以上のX線結晶構造が新しいシステムを使って登録され、アノテーション処理が行われました。そのうち6,800件以上がすでに公開されています。

X線/電子顕微鏡法/NMRを統合した包括的な登録・アノテーションシステムにおいて、新しく追加、又は、改良された特徴には、以下のような点が含まれます。 wwPDBの専門委員会(wwPDB Task Force)の推奨1,2,3に従った検証レポートが生成されること、リガンド情報の考察機能の改善、登録前と登録後に座標や実験データを差し替える機能、登録者とwwPDB アノテーター間のコミュニケーション手続きが改善されたこと、など。

登録者は、少なくとも2016年の前半の間は、新しい登録を開始するにあたって、新しいシステムを使うことも、従来の登録ツール(EMDep, ADIT-NMR, AutoDep)を使うこともできます。

新しいシステムが安定して稼働するようになれば、従来の登録ツールは、登録途中のセッションを完了させるために十分な期間をおいた後、停止する予定です。この手続きは、2015年始めに、X線結晶構造の登録を受け付けていたADITシステムを、無事に終了させた手続きと同じです。

【参考文献】

  1. A New Generation of Crystallographic Validation Tools for the Protein Data Bank, Randy J. Read, Paul D. Adams, W. Bryan Arendall III, Axel T. Brunger, Paul Emsley, Robbie P. Joosten, Gerard J. Kleywegt, Eugene B. Krissinel, Thomas Lütteke, Zbyszek Otwinowski, Anastassis Perrakis, Jane S. Richardson, William H. Sheffler, Janet L. Smith, Ian J. Tickle, Gert Vriend and Peter H. Zwart. (2011) Structure 19: 1395-1412 doi: 10.1016/j.str.2011.08.006
  2. Outcome of the First Electron Microscopy Validation Task Force Meeting, Richard Henderson, Andrej Sali, Matthew L. Baker, Bridget Carragher, Batsal Devkota, Kenneth H. Downing, Edward H. Egelman, Zukang Feng, Joachim Frank, Nikolaus Grigorieff, Wen Jiang, Steven J. Ludtke, Ohad Medalia, Pawel A. Penczek, Peter B. Rosenthal, Michael G. Rossmann, Michael F. Schmid, Gunnar F. Schröder, Alasdair C. Steven, David L. Stokes, John D. Westbrook, Willy Wriggers, Huanwang Yang, Jasmine Young, Helen M. Berman, Wah Chiu, Gerard J. Kleywegt, and Catherine L. Lawson. (2012) Structure 20: 205-214 doi:10.1016/j.str.2011.12.014
  3. Recommendations of the wwPDB NMR Validation Task Force, Gaetano T. Montelione, Michael Nilges, Ad Bax, Peter Güntert, Torsten Herrmann, Jane S. Richardson, Charles D. Schwieters, Wim F. Vranken, Geerten W. Vuister, David S. Wishart, Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, and John L. Markley. (2013) Structure 21: 1563-1570 doi:10.1016/j.str.2013.07.021

[ wwPDB ニュース ]


作成日: 2016-01-28 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-01-28

ニュース(2016年1月8日)

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jV 4.4.5を公開しました。 jV 4.4.4の署名に用いている証明書は2016年1月21日で失効し、 失効するとappletでは利用できなくなります。 jV appletを埋め込んだウェブページを運営されている方はjV 4.4.5に更新をお願いし ます。 変更点について詳しくは jVマニュアルの変更履歴 を参照下さい。" /> 新たな証明書で署名したjV 4.4.5を公開しました。 jV 4.4.4の署名に用いている証明書は2016年1月21日で失効し、 失効するとappletでは利用できなくなります。 jV appletを埋め込んだウェブページを運営されている方はjV 4.4.5に更新をお願いし ます。 変更点について詳しくは jVマニュアルの変更履歴 を参照下さい。

作成日: 2016-01-08 (最終更新日: more than 1 year ago)2016-01-08

2015年12月末をもって、 Protein Globe サービスを終了しました。

このページの他言語版もあります: English
2015年12月末をもって、Protein Globeサービスを終了しました。

作成日: 2016-01-07

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