PDBj が公開している蛋白質分子表面データベース( eF-site )を molmil viewer によりタブレット端末等でも見ることができるサービスを開始しました
ニュース（2015年12月18日）
ニュース（2015年10月15日）
- (1) Gert-Jan BEKKER（大阪大学蛋白質研究所）
- 分子ビューワーMolmil（モル見る）の紹介
- (2) 横地 政志（大阪大学蛋白質研究所）
- NMRデータを扱う新フォーマット（BMRB/XML・RDF）の紹介
- (3) 川端 猛（大阪大学蛋白質研究所）
- 電子顕微鏡の三次元密度マップとPDBの原子モデルを比較する「Omokage検索」と、密度マップ・原子モデルの重ね合わせを行う「gmfit」の紹介
ニュース（2015年11月30日）
12/1（火）から神戸ポートアイランドで開催されるBMB2015（第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会 合同大会）の企画展示「使って見ようバイオデータベース−つながるデータ、広がる世界 （BioDB）」にPDBjも出展します。詳細は以下の通りです。皆さんのお越しをお待ちしております。
- 出展期間
- 2015年12月1日（火）〜3日（木）各日10:00〜18:45
- 出展場所
- 神戸国際展示場 2号館 BioDB 13
ニュース（2015年10月6日）
H27年度日本結晶学会年会・PDBjランチョンセミナー
この講習会は終了しました（過去の講習会ページをご覧ください）| 日時 | 平成27年10月18日（日）11：30-12：30 |
|---|---|
| 会場 | 大阪府立大学中百舌鳥キャンパス・C会場（A5棟118大講義室） |
| 席数 | 100席 |
<講習会プログラム>
- 「PDBjとwwPDBの活動について」 講師：中村 春木（大阪大学 蛋白質研究所）
PDBj (PDB Japan)は、wwPDB (worldwide PDB)のメンバーとして国際的な共 同作業により、X線結晶解析、NMR解析、電子顕微鏡解析などの構造生物学実験によって決定された蛋白質等の生体高分子の3次元立体構造を登録し、PDB（Protein Data Bank）データとして全世界へ無償で公開しています。今回のセミナーでは、Hybrid Methodsによる構造モデルとそのアーカイブ、リガンド複合体の構造評価、2015年wwPDB諮問委員会等の最近の活動を紹介します。 - 「Protein Data Bankの新しい登録システムと構造評価ツール」 講師：中川 敦史（大阪大学 蛋白質研究所）
Ｘ線結晶構造解析をはじめとした蛋白質構造解析法の急速な進歩に対応するために、従来からのPDBフォーマットに代わって、新しいPDBx/mmCIFフォーマットが標準フォーマットとして採用されることになりました。また、登録データの均質化と登録作業の簡便化を目指した新しい登録システムもスタートしました。本セミナーでは、新しい登録システムと構造評価ツールを紹介します。
※セミナー当日学会受付にて整理券（先着順）をお求めの上、ご来場下さい。
ニュース（2015年10月2日）
2015年9月13日（日） 、金沢大学で開催された 第53回生物物理学会年会 にて、PDBjランチョンセミナーを行いました。
PDBjランチョンセミナー
この講習会は終了しました（過去の講習会ページをご覧ください）| 日時 | 平成27年9月13日（日）11：50－12：40 |
|---|---|
| 会場（部屋名) | 金沢大学 角間キャンパス 自然科学本館、 Room I（Lecture Room B） |
| 席数 | 100席 |
<演者・演題>
- 演者1：岩崎 憲治（大阪大学 蛋白質研究所）
"Rapid advancement of high-resolution cryo-EM intrudes a database of atomic coordinates."
(急速な高分解能クライオ電子顕微鏡の進歩による原子座標データベースの増加） - 演者2：中川 敦史（大阪大学 蛋白質研究所）
"New deposition system and a validation tool of Protein Data Bank"
(Protein Data Bankの新しい登録システムと構造評価ツール) - 演者3：金城 玲（大阪大学 蛋白質研究所）
"Introduction to Structural Life Science Data Cloud"
(構造生命科学データクラウドの紹介)
2015年9月3日（木） 、弘前大学にて開催された 統合データベース講習会・AJACS津軽 にて、立体構造データベースの講義（初心者向け）を行いました。（ 詳細 ）
PDBアーカイブデータの２段階公開処理へ、結晶化pHの値が追加されます
PDBアーカイブデータの２段階公開処理へ、結晶化pHの値が追加されます
すでにお知らせした通り、 毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなっています。 毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列からリガンドの結合配置を予測したりできます。 この２段階公開処理に、結晶化PHの値が加わります。
第一段階: 毎週土曜日 PM 12時（JST）/ AM 3時(UTC)
新規公開されるエントリーに対して、各ポリマー鎖に対する配列（アミノ酸、ヌクレオチド）、
リガンドが含まれる場合には各々のリガンドに対するInChI文字列、及び、結晶化PH値が、wwPDBのウェブサイトから提供されます。
（アミノ酸、ヌクレオチド配列：
http://www.wwpdb.org/files/new_release_structure_sequence.tsv）
（各リガンドのInChI文字列：
http://www.wwpdb.org/files/new_release_structure_nonpolymer.tsv）
（結晶化pHの値：
http://www.wwpdb.org/files/new_release_crystallization_pH.tsv）
第二段階: 毎週水曜日 AM 9時（JST）/ AM 0時(UTC)
新規公開されるエントリー及び更新されるエントリーの全ての内容が、wwPDB メンバーの各FTPサイトで更新されます。
[ wwPDB ニュース ]
ニュース (2015年7月29日)
PDBとCSDの登録データ対応情報の提供を始めました
国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）とケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC http://www.ccdc.cam.ac.uk）より、 PDBに登録されている生体高分子と、PDBのリガンド分子でCSDの低分子X線結晶構造と完全に一致するものとの対応情報を含む新たなデータの提供開始をお知らせします。
PDBに登録されている各分子の化学構造は全て PDB化合物辞書（PDB Chemical Component Dictionary） に書かれています。 今回新たに提供するPDB化合物モデルファイル（PDB Chemical Component Model data file）はPDBの情報を補完するもので、その化合物についてのCSD情報（アクセッションコード、座標、R値、データ収集時の温度、構造不定部分を示すフラグ、SMILES表記やInChI表記、CSDエントリーの引用文献のDOI）が記されています。
現在、20,077種の化合物がPDB化合物辞書に登録されています。そのうち1,418種に対しては、完全に一致する構造がCSDにも登録されています。 新しい化合物モデルファイルは、PDB FTPアーカイブより参照できます。アドレスは以下の通りです。
PDB化合物モデルデータファイルは、毎月第一週に更新されます。 現在は全化合物の情報を一つのファイルで提供していますが、 今年中には、化合物ごとのモデルファイルとPDB化合物辞書の提供も開始する予定です。 なお、PDBjでは個別化合物のPDB化合物辞書ファイルの提供を既に始めています。 化合物ページまたはRESTサービスをご利用下さい。 wwPDB各局とCCDCで作成したこれらのファイルは、制限なくご自由にご利用頂けます。
CCDCの取り組みは、BBSRCのPDBeへの助成BB/K016970/1の支援を受けて、また、RCSB PDBの取り組みはNSFの助成DBI-1338415の支援を受けて行われました。
ケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC）について
ケンブリッジ結晶学データセンターは、公共の利益となる化学と結晶学の発展に貢献し、 共同研究とケンブリッジ結晶学データベース（CSD）の開発により世界中で構造化学の支援を行っています。 CSDは世界で唯一の総合的かつ最新の低分子結晶構造の知識データベースで、内容は十分に精査されています。
CSDは、世界で初めての数値データベースとして、50年前に設立され、現在では775,000件以上の化学種が登録されています。 CCDCでは最新の構造解析ソフトウェアを提供し、受容体モデルやリガンドの設計、ドッキング、活性向上化（リード最適化）、処方設計、材料研究などに役立つ専門研究用サービスを行うことによって、CSDをより役立つものにしています。 CSDおよびそれに関連するソフトウェアサービスは、 80か国のアカデミックな研究機関、世界の主要製薬会社を含む、世界中の約1,400の研究機関で利用されています。
ケンブリッジ大学の化学学部から始まったCCDCは、 現在、英国研究委員会の独立研究組織であり、慈善団体として設立されたケンブリッジ大学の提携機関でもあります。 CCDCは、50年間の科学的専門知識をもって750以上の査読済み出版物を発表し、基礎研究分野で大きな実績を残しました。
[ wwPDB ニュース ]
ニュース (2015年6月16日)
2015年7月18日(土)、大阪大学中之島センターにて、DBCLS/NBDC/PDBj/DDBJ合同講習会が開催されました。(詳細内容)
ハイブリッド法に関する論文が出版されました
ハイブリッド法に関する論文が出版されました
wwPDBは、ハイブリッド法の研究に寄与する様々な実験手法の専門家やハイブリッドモデリングの専門家、アーカイブの専門家から成る wwPDBハイブリッド法委員会（タスクフォース）を設立しました。 2014年10月に開催された第一回目の会議に関する報告書が出版されました。
Outcome of the First wwPDB Hybrid/Integrative Methods Task Force Workshop
Structure 23: 1156–1167 (2015) [doi: 10.1016/j.str.2015.05.013]
[ wwPDB ニュース ]
2015年7月19日より、X線結晶構造の登録には、wwPDBの新登録ツールのみご利用頂けます。 ADITによる登録受付は完全に終了します。
2015年7月19日より、X線結晶構造の登録には、wwPDBの新登録ツールのみご利用頂けます。 ADITによる登録受付は完全に終了します。
2015年1月27日付けのニュースでお知らせした通り、 ADITによるX線結晶構造の登録受付は、完全に終了します。 ADITによるX線結晶構造の登録途中のセッションは、それまでに完了してください。
2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、 登録ツールの提供を開始しました。 7600件以上の構造が新しいシステムを使って登録され、アノテーション処理が行われました。 そのうち3500件以上がすでに公開されています。
新しいシステムには以下のような特徴があります。 PDBx/mmCIFフォーマットを利用することにより、より統一されたデータを作成できます。 登録の前でも後でも、データファイルを差し替えることができます。 アノテータと登録者間のコミュニケーション方法が改善されています。 アノテーション処理が改良されています。 幾何学的データや実験データに対して専門家から成る委員会（task force）からの提言に基づいた チェックが行われます。 より詳細な情報と ビデオチュートリアルもご覧ください。
X線以外の実験手法で解析された構造の登録には、ADITを引き続きご利用頂けます。 NMRや電子顕微鏡法（3DEM）のための登録ツールは、wwPDBが現在開発を進めています。
ご質問やコメントは、info@wwpdb.orgまでご連絡ください。
ニュース (2015年6月5日)
PDBj&創薬等支援技術基盤プラットフォームランチョンセミナー
この講習会は終了しました
| 日時 | 平成27年6月24日（水）11:45-12:45 |
|---|---|
| 会場 | あわぎんホール4F・D会場 |
| 席数 | 100席 |
<講習会プログラム>
- 「日本と世界の蛋白質構造データバンク : PDBj と wwPDB」
講師：中村 春木（大阪大学 蛋白質研究所） - 「BMRB と他の生命科学系データベースとの統合的検索」
講師：小林 直宏（大阪大学 蛋白質研究所） - 「HOMCOS: 複合体立体構造の検索・モデリングサーバ」
講師：川端 猛（大阪大学 蛋白質研究所）
ニュース (2015年4月16日)
大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント
このイベントは終了しました。
PDBj では、大阪大学いちょう祭にてタンパク質分子について知って頂くきっかけとなる様々な展示・実習・実演を行います。- 開催日時： 2015年5月2日（土）13時－16時30分
- 会場： 大阪大学蛋白質研究所本館１階セミナー室 [Map] （注）会場が変更になりました
「タンパク質分子の『かたち』を見てみよう」
- ３Ｄメガネを使って、タンパク質分子を立体的に見てみよう！
- 紙でタンパク質分子を作ってみよう！
- ３Ｄプリンタによるタンパク質分子の出力実演
※いちょう祭の詳細・プログラムについては、大阪大学HPのイベント情報をご覧ください。
http://www.osaka-u.ac.jp/ja/news/event/2015/05/20150501_02
ニュース (2015年5月15日)
H27年 PDBjing ＆ 創薬等情報拠点講習会
『見てわかるタンパク質－生命科学のための立体構造データの利用法』 のご案内
講習会は終了いたしました。
- 日時： 平成27年6月13日（土）10：00～16：40 (受付は、9:30より)
- 会場： 国立研究開発法人 科学技術振興機構 東京本部別館 2階セミナー室 [Map] [Google Map]
- 参加費： 無料
- PCについて：実習で使用するソフトの中に、非商用目的での利用に限り無償でインストールできるものが含まれます（商用目的での利用には有償のライセンスが
必要）。そのため、実習で使用するPCの持参/貸出の扱いは以下の通りとさせて頂きます。
・大学など非営利団体に所属される方 -> PCをご持参下さい
・営利企業に所属される方 -> 当方より貸出PC（Windows 8.1）をご利用下さい（先着15名）
- 主催： PDBj&創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業・情報拠点
<事前準備とPCの持ち込みについて>
PCを持ち込まれる方は下記3つのアプリケーションを事前にインストールして頂きますようお願いします。Windows、Macの環境におけるインストール方法を記した資料も下記リンクよりご覧頂けます。これらを参考にご準備下さい。インストールできないなど何か問題があればお手数ですがお問い合わせフォームよりお問い合わせ下さい。
UCSF ChimeraとModellerは、アカデミックな方は無料ライセンス版を使用できますが、企業の方は商用ライセンスを購入していただく必要があります。今回の講習会では、企業の参加者の方には、大阪大学で用意したWindows8のノートPCをお貸しすることにいたします。ご希望のPC環境ではないかも知れませんが、何卒ご了承の程お願い申し上げます。
PCをご持参の上ご参加される方は、マウスも合わせてご持参されることをお勧めします。
講習会プログラム
- 9:30～ 受付開始
-
10:00－10:20 「PDBjとwwPDBの活動について」(講義）
講師：中村 春木（大阪大学 蛋白質研究所） -
10:20－11:20 「PDBjからの構造情報の取得‐PDBj Mineの使い方」(実習）
講師：工藤 高裕（大阪大学 蛋白質研究所）
-
11:25－12:40 「PDBjからの構造情報の取得2-ブラウザと構造ビューアで3次元構造を眺める」(実習）
講師：鈴木 博文（大阪大学 蛋白質研究所） - 12:40－13:40 昼食休憩
-
13:40－15:30 「UCSF ChimeraとModellerを用いたホモロジー・モデリングとHOMCOSサーバによる複合体立体構造の検索・モデリング」(実習)
講師：川端 猛（大阪大学 蛋白質研究所） -
15:35－16:40 「ProModeとその利用法」(実習)
講師：猿渡 茂（北里大学 理学部物理学科）
お問い合わせ
PDBjお問い合わせフォームから、または、電話（ Tel: 06-6879-4311 ）にて、PDBj 事務局 担当：晴氣（ハルキ）までご連絡ください。wwPDBの新登録システムが、PDBjサイトから直接ご利用頂けるようになりました （ http://deposit-pdbj.wwpdb.org/deposition ）。
ニュース (2015年4月12日)
PDBのアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれて行われるようになりました
すでにお知らせした通り、 毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなっています。 今後は毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列からリガンドの結合配置を予測したりできるようになります。
第一段階: 毎週土曜日 PM 12時（JST）/ AM 3時(UTC)
新規公開されるエントリーに対して、各ポリマー鎖に対する配列（アミノ酸、ヌクレオチド）と、
リガンドが含まれる場合には各々のリガンドに対するInChI文字列が、wwPDBのウェブサイトから提供されます。
（アミノ酸、ヌクレオチド配列：
http://www.wwpdb.org/files/new_release_structure_sequence.tsv）
（各リガンドのInChI文字列：
http://www.wwpdb.org/files/new_release_structure_nonpolymer.tsv）
第二段階: 毎週水曜日 AM 9時（JST）/ AM 0時(UTC)
新規公開されるエントリー及び更新されるエントリーの全ての内容が、wwPDB メンバーの各FTPサイトで更新されます。
[ wwPDB ニュース ]
分子構造情報の活用例について紹介した文献が出版されました
分子構造情報の活用例について紹介した文献が出版されました。出版物ページもご覧ください。
工藤高裕「SCCJ Cafe –Season 4– 分子のかたち (3)『分子構造の活用』」
Journal of Computer Chemistry, 14 (1): A3-A5 (2015)
[doi:10.2477/jccj.2015-0004]
電子密度マップの ccp4 形式のファイルを公開しました
ニュース (2015年2月14日)
2015年4月10日より、PDBのアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれて行われるようになります。
2015年4月10日より、毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなります。 今後は毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列からリガンドの結合配置を予測したりできるようになります。
PDBエントリーの登録とアノテーション処理は、 国際蛋白質構造データバンク(wwPDB; wwpdb.org)によって、共同で運営されています。 現在は、４つの地域のデータセンターである RCSB PDB (米国)、 PDBe (ヨーロッパ)、 PDBj (日本)、BioMagResBank (米国)がwwPDBのメンバーとなっています。
PDBエントリーの公開タイミングは、以下のいずれかの条件に従います。
- REL: 登録とアノテーション処理が完了し次第、直ちに公開する
- HPUB: 登録構造の主要文献が出版されるときに公開する
- HOLD: 登録日から一年以内の所定の日に公開する
これらの公開条件に従って、登録構造は、 FTPサイト拠点であるRCSB PDB、PDBe、PDBjの間で同期された、週１回のスケジュールで、PDBアーカイブに加えられます。
今後、PDBアーカイブデータの毎週の公開手続きは、以下のように改訂されます。
第一段階: 毎週土曜日 PM 12時（JST）/ 3時(UTC)
新規公開されるエントリーに対して、各ポリマー鎖に対する配列（アミノ酸、ヌクレオチド）と、リガンドが含まれる場合には各々のリガンドに対するInChI文字列が、wwPDBのウェブサイトから提供されます。
第二段階: 毎週水曜日 AM 9時（JST）/ 0時(UTC)
新規公開されるエントリー及び更新されるエントリーは全て、wwPDB メンバーの各FTPサイトで更新されます。
この変更は、wwPDBの詰問委員会（wwPDB Advisory Committee）の助言と賛同を得て行われます。
[ wwPDB ニュース ]
ニュース (2015年1月27日)
2015年1月27日の日本時間午前9時以降、PDBjのADITはX線結晶構造の登録にはご利用頂けなくなりました。 新規にX線結晶構造の登録を開始する場合、wwPDB登録ツールをご利用ください。 登録途中のセッションは、2015年7月19日までに登録を完了してください。 NMRや電子顕微鏡法などX線結晶解析以外の手法による構造は、当面はADITにてご登録ください。
2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、登録ツールの提供を開始しました。 4200件以上の構造が新しいシステムを使って登録され、アノテーション処理が行われました。そのうち1700件以上がすでに公開されています。 またユーザからの意見に基づいて、定期的にシステムの改良を進めてきました。
新しい登録ツールの公開が成功したことを受けて、RCSB PDBとPDBjは、2015年1月27日からは、 X線結晶構造に対しては、wwPDBの新登録ツールでの登録のみ受け付けます。 同時に、従来のADIT登録システムでは、結晶構造の新しい登録の受付は停止します。 既にADITで登録処理を開始し登録を完了していないセッションについては、2015年7月19日までに登録を完了してください。
X線以外の実験手法で解析された構造の登録には、ADITを引き続きご利用頂けます。 NMRや電子顕微鏡法（3DEM）のための登録ツールは、wwPDBが現在開発を進めています。
新しいシステムには以下のような特徴があります。 PDBx/mmCIFフォーマットを利用することにより、より統一されたデータを作成できます。 登録の前でも後でも、データファイルを差し替えることができます。 アノテータと登録者間のコミュニケーション方法が改善されています。 アノテーション処理が改良されています。 幾何学的データや実験データに対して専門家から成る委員会（task force）からの提言に基づいたチェックが行われます。 より詳細な情報と ビデオチュートリアルもご覧ください。
ご質問やコメントは、info@wwpdb.orgまでご連絡ください。
ニュース (2014年12月24日)
2015年1月27日の日本時間午前9時以降、PDBjのADITはX線結晶構造の登録にはご利用できず wwPDB登録ツールをご利用いただくことになります。 NMRや電子顕微鏡法などX線結晶解析以外の手法による構造の登録は、その後もADITにてご利用頂けます。
2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、登録ツールの提供を開始しました。 3000件以上の構造が新しいシステムを使って登録され、アノテーション処理が行われました。そのうち1200件はすでに公開されています。 またユーザからの意見に基づいて、定期的にシステムの改良を進めてきました。
新しい登録ツールの公開が成功したことを受けて、RCSB PDBとPDBjは、2015年1月27日からは、 X線結晶構造に対しては、wwPDBの新登録ツールでの登録のみ受け付けます。 同時に、従来のADIT登録システムでは、結晶構造の新しい登録の受付は停止します。 既にADITで登録処理を開始し登録を完了していないセッションについては、2015年7月19日までに登録を完了してください。
X線以外の実験手法で解析された構造の登録には、ADITを引き続きご利用頂けます。 NMRや電子顕微鏡法（3DEM）のための登録ツールは、wwPDBが現在開発を進めています。
新しいシステムには以下のような特徴があります。 PDBx/mmCIFフォーマットを利用することにより、より統一されたデータを作成できます。 登録の前でも後でも、データファイルを差し替えることができます。 アノテータと登録者間のコミュニケーション方法が改善されています。 アノテーション処理が改良されています。 幾何学的データや実験データに対して専門家から成る委員会（task force）からの提言に基づいたチェックが行われます。 より詳細な情報と ビデオチュートリアルもご覧ください。
ご質問やコメントは、info@wwpdb.orgまでご連絡ください。
