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News on 2016-1-11

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wwPDB新數據登記以及註釋系統開放接受NMR和3DEM結構數據

wwPDB合作夥伴隆重推出新數據登記系統,全面支持使用3DEM,NMR和X射線,中子線和電子晶體學測定的各種結構數據。 請從下述網頁提交新數據:
http://deposit-next.wwpdb.org/deposition/

新系統實現了與EMDB和BMRB群集交互操作,可將原子坐標(PDB)文件與EM電子密度圖(EMDB)或核磁共振實驗數據(BMRB)同時登記,並同時發行PDB,EMDB以及BMRB編號。

請參考簡略教程
http://www.wwpdb.org/deposition/tutorial.

wwPDB於2014年1月推出新登記系統。作為第一階段,首先確立了X射線晶體學結構數據的登記與註釋系統。目前為止,已有超過12000件X射線結構數據通過新系統登記註釋,其中已公佈數據達6800件以上。

根據wwPDB專門委員會(wwPDB Task Force)的建議,1,2,3 新系統對數據登記和註釋做了很多改進,比如配體情報的提取和檢驗,數據提交前後的原子坐標文件或實驗數據文件的替換,登記人和wwPDB編輯人員的交流方式等等。

至少到2016年上半年為止,原有數據登記工具(EMDep, ADIT-NMR, AutoDep)仍將接受新數據。

一旦新系統確認運行穩定,原有登記工具將被逐步淘汰。屆時對原有系統中未完成登記的數據,將提供一定的期間予以完成提交。此項手續已成功試用於2015年初,順利關閉了ADIT的X射線結構的登記。

【參考文獻】

  1. A New Generation of Crystallographic Validation Tools for the Protein Data Bank, Randy J. Read, Paul D. Adams, W. Bryan Arendall III, Axel T. Brunger, Paul Emsley, Robbie P. Joosten, Gerard J. Kleywegt, Eugene B. Krissinel, Thomas Lütteke, Zbyszek Otwinowski, Anastassis Perrakis, Jane S. Richardson, William H. Sheffler, Janet L. Smith, Ian J. Tickle, Gert Vriend and Peter H. Zwart. (2011) Structure 19: 1395-1412 doi: 10.1016/j.str.2011.08.006
  2. Outcome of the First Electron Microscopy Validation Task Force Meeting, Richard Henderson, Andrej Sali, Matthew L. Baker, Bridget Carragher, Batsal Devkota, Kenneth H. Downing, Edward H. Egelman, Zukang Feng, Joachim Frank, Nikolaus Grigorieff, Wen Jiang, Steven J. Ludtke, Ohad Medalia, Pawel A. Penczek, Peter B. Rosenthal, Michael G. Rossmann, Michael F. Schmid, Gunnar F. Schröder, Alasdair C. Steven, David L. Stokes, John D. Westbrook, Willy Wriggers, Huanwang Yang, Jasmine Young, Helen M. Berman, Wah Chiu, Gerard J. Kleywegt, and Catherine L. Lawson. (2012) Structure 20: 205-214 doi:10.1016/j.str.2011.12.014
  3. Recommendations of the wwPDB NMR Validation Task Force, Gaetano T. Montelione, Michael Nilges, Ad Bax, Peter Güntert, Torsten Herrmann, Jane S. Richardson, Charles D. Schwieters, Wim F. Vranken, Geerten W. Vuister, David S. Wishart, Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, and John L. Markley. (2013) Structure 21: 1563-1570 doi:10.1016/j.str.2013.07.021

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Created: 2016-01-28 (last edited: more than 1 year ago)2016-01-28

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數據於2024-04-24公開中

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