wwPDB新数据登记以及注释系统开放接受NMR和3DEM结构数据

wwPDB合作伙伴隆重推出新数据登记系统，全面支持使用3DEM，NMR和X射线，中子线和电子晶体学测定的各种结构数据。 请从下述网页提交新数据：
http://deposit-next.wwpdb.org/deposition/

新系统实现了与EMDB和BMRB群集交互操作，可将原子坐标（PDB）文件与EM电子密度图（EMDB）或核磁共振实验数据（BMRB）同时登记，并同时发行PDB，EMDB以及BMRB编号。

请参考简略教程
http://www.wwpdb.org/deposition/tutorial.

wwPDB于2014年1月推出新登记系统。作为第一阶段，首先确立了X射线晶体学结构数据的登记与注释系统。目前为止，已有超过12000件 X射线结构数据通过新系统登记注释，其中已公布数据达6800件以上。

根据wwPDB专门委员会（wwPDB Task Force）的建议,^1,2,3 新系统对数据登记和注释做了很多改进，比如配体情报的提取和检验，数据提交前后的原子坐标文件或实验数据文件的替换，登记人和wwPDB编辑人员的交流方式等等。

至少到2016年上半年为止，原有数据登记工具（EMDep, ADIT-NMR, AutoDep）仍将接受新数据。

一旦新系统确认运行稳定，原有登记工具将逐步淘汰。届时对原有系统中未完成登记的数据，将提供一定的期间予以完成提交。此项手续已成功试用于2015年初，顺利关闭了ADIT的X射线结构的登记。

【参考文献】

1. A New Generation of Crystallographic Validation Tools for the Protein Data Bank, Randy J. Read, Paul D. Adams, W. Bryan Arendall III, Axel T. Brunger, Paul Emsley, Robbie P. Joosten, Gerard J. Kleywegt, Eugene B. Krissinel, Thomas Lütteke, Zbyszek Otwinowski, Anastassis Perrakis, Jane S. Richardson, William H. Sheffler, Janet L. Smith, Ian J. Tickle, Gert Vriend and Peter H. Zwart. (2011) Structure 19: 1395-1412 doi: 10.1016/j.str.2011.08.006
2. Outcome of the First Electron Microscopy Validation Task Force Meeting, Richard Henderson, Andrej Sali, Matthew L. Baker, Bridget Carragher, Batsal Devkota, Kenneth H. Downing, Edward H. Egelman, Zukang Feng, Joachim Frank, Nikolaus Grigorieff, Wen Jiang, Steven J. Ludtke, Ohad Medalia, Pawel A. Penczek, Peter B. Rosenthal, Michael G. Rossmann, Michael F. Schmid, Gunnar F. Schröder, Alasdair C. Steven, David L. Stokes, John D. Westbrook, Willy Wriggers, Huanwang Yang, Jasmine Young, Helen M. Berman, Wah Chiu, Gerard J. Kleywegt, and Catherine L. Lawson. (2012) Structure 20: 205-214 doi:10.1016/j.str.2011.12.014
3. Recommendations of the wwPDB NMR Validation Task Force, Gaetano T. Montelione, Michael Nilges, Ad Bax, Peter Güntert, Torsten Herrmann, Jane S. Richardson, Charles D. Schwieters, Wim F. Vranken, Geerten W. Vuister, David S. Wishart, Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, and John L. Markley. (2013) Structure 21: 1563-1570 doi:10.1016/j.str.2013.07.021

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